More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1948 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  63.54 
 
 		 769 aa  901    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  100 
 
 		 759 aa  1517    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  60.61 
 
 		 766 aa  843    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  45.41 
 
 		 762 aa  579  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  45.62 
 
 		 762 aa  569  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  44.29 
 
 		 782 aa  559  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  42.8 
 
 		 783 aa  549  1e-155  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  44 
 
 		 790 aa  550  1e-155  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  42.93 
 
 		 783 aa  550  1e-155  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  45.47 
 
 		 754 aa  548  1e-154  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  44.29 
 
 		 790 aa  548  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  44.99 
 
 		 752 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  44.99 
 
 		 752 aa  546  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  42.99 
 
 		 787 aa  547  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  43.23 
 
 		 776 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  42.35 
 
 		 792 aa  538  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  41.18 
 
 		 789 aa  531  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  42.49 
 
 		 790 aa  531  1e-149  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  41.72 
 
 		 765 aa  531  1e-149  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  44.81 
 
 		 750 aa  531  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  44.01 
 
 		 761 aa  528  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  42.37 
 
 		 783 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  42.62 
 
 		 790 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  42.74 
 
 		 781 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  42.65 
 
 		 781 aa  525  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  44.9 
 
 		 795 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  41.1 
 
 		 792 aa  511  1e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  43.21 
 
 		 778 aa  511  1e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  42.57 
 
 		 782 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  44.21 
 
 		 773 aa  503  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  42.64 
 
 		 791 aa  499  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  43.88 
 
 		 788 aa  500  1e-140  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  42.7 
 
 		 777 aa  500  1e-140  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  42.99 
 
 		 787 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  44.01 
 
 		 788 aa  499  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  44.2 
 
 		 751 aa  494  9.999999999999999e-139  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  42.84 
 
 		 745 aa  490  1e-137  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  41.74 
 
 		 754 aa  487  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  42.09 
 
 		 781 aa  481  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  42.66 
 
 		 842 aa  478  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  39.37 
 
 		 681 aa  471  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  36.74 
 
 		 819 aa  385  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  35.96 
 
 		 842 aa  379  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  36.75 
 
 		 842 aa  376  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  36.42 
 
 		 836 aa  378  1e-103  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  36.86 
 
 		 838 aa  375  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  33.59 
 
 		 821 aa  374  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.18 
 
 		 857 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  33.79 
 
 		 830 aa  371  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  33.94 
 
 		 857 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.18 
 
 		 857 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.45 
 
 		 859 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  33.11 
 
 		 834 aa  366  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.69 
 
 		 735 aa  366  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.11 
 
 		 840 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  32.77 
 
 		 833 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  35.74 
 
 		 722 aa  362  1e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  33.7 
 
 		 810 aa  362  2e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  34.66 
 
 		 906 aa  360  5e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  32.94 
 
 		 812 aa  360  8e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  34.45 
 
 		 726 aa  359  9.999999999999999e-98  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  33.03 
 
 		 812 aa  359  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  33.03 
 
 		 812 aa  359  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  32.81 
 
 		 812 aa  359  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  33.03 
 
 		 812 aa  359  9.999999999999999e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  34.46 
 
 		 726 aa  358  1.9999999999999998e-97  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.32 
 
 		 758 aa  358  1.9999999999999998e-97  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  31.75 
 
 		 804 aa  358  1.9999999999999998e-97  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  34.13 
 
 		 907 aa  358  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  32.42 
 
 		 824 aa  356  8.999999999999999e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  35.15 
 
 		 895 aa  355  1e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  34.22 
 
 		 937 aa  355  1e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  32.61 
 
 		 828 aa  355  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  34.05 
 
 		 824 aa  355  2e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.89 
 
 		 812 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.89 
 
 		 886 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.89 
 
 		 896 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  34.89 
 
 		 838 aa  355  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  34.89 
 
 		 838 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.89 
 
 		 896 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  34.89 
 
 		 838 aa  355  2e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  34.55 
 
 		 763 aa  354  2.9999999999999997e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  32.78 
 
 		 818 aa  354  2.9999999999999997e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  34.11 
 
 		 819 aa  354  4e-96  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 844 aa  354  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 844 aa  354  4e-96  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  33.7 
 
 		 844 aa  354  4e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  32.75 
 
 		 813 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  32.75 
 
 		 813 aa  353  8e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.75 
 
 		 813 aa  353  8e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  32.75 
 
 		 813 aa  353  8e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  32.34 
 
 		 813 aa  352  1e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  33.43 
 
 		 818 aa  353  1e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  32.34 
 
 		 813 aa  352  1e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  32.34 
 
 		 813 aa  352  1e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  32.34 
 
 		 813 aa  352  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  33.56 
 
 		 833 aa  353  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  34.57 
 
 		 758 aa  352  1e-95  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  32.62 
 
 		 877 aa  351  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  32.43 
 
 		 819 aa  351  3e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>