More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1126 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  51.51 
 
 		 791 aa  665    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  49.67 
 
 		 792 aa  679    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  48.68 
 
 		 783 aa  679    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  49.2 
 
 		 790 aa  683    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  51.26 
 
 		 788 aa  646    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  50.86 
 
 		 762 aa  669    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  49.06 
 
 		 790 aa  678    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  50.53 
 
 		 762 aa  660    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  49.23 
 
 		 782 aa  644    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  52.3 
 
 		 773 aa  654    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  100 
 
 		 752 aa  1498    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  51.19 
 
 		 781 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  68.95 
 
 		 751 aa  941    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  48.81 
 
 		 787 aa  662    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  49.93 
 
 		 842 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  48.81 
 
 		 783 aa  679    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  51.33 
 
 		 788 aa  644    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  51.26 
 
 		 789 aa  701    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  50.6 
 
 		 783 aa  683    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  67.64 
 
 		 778 aa  957    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  49.73 
 
 		 790 aa  659    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  51.74 
 
 		 781 aa  676    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  49.1 
 
 		 790 aa  657    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  92.95 
 
 		 750 aa  1362    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  65.58 
 
 		 761 aa  991    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  49.13 
 
 		 765 aa  657    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  51.96 
 
 		 795 aa  663    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  99.47 
 
 		 752 aa  1489    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  49.47 
 
 		 782 aa  691    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  49.86 
 
 		 776 aa  648    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  73.48 
 
 		 754 aa  1022    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  49.45 
 
 		 792 aa  630  1e-179  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  50.27 
 
 		 787 aa  628  1e-178  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  47.14 
 
 		 754 aa  620  1e-176  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  49.09 
 
 		 777 aa  608  9.999999999999999e-173  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  47.08 
 
 		 745 aa  585  1e-166  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  46.95 
 
 		 781 aa  571  1e-161  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  45.22 
 
 		 769 aa  553  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  43.52 
 
 		 681 aa  539  9.999999999999999e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  44.99 
 
 		 759 aa  533  1e-150  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  44.02 
 
 		 766 aa  506  9.999999999999999e-143  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.7 
 
 		 804 aa  399  1e-109  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  34.85 
 
 		 808 aa  386  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.37 
 
 		 808 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  34.24 
 
 		 808 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  37.7 
 
 		 758 aa  388  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  35.42 
 
 		 807 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  35.42 
 
 		 807 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  35.42 
 
 		 807 aa  383  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  34.46 
 
 		 809 aa  384  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  34.82 
 
 		 807 aa  382  1e-104  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  36.23 
 
 		 810 aa  381  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  38.99 
 
 		 842 aa  382  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  35.42 
 
 		 807 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  37.11 
 
 		 722 aa  378  1e-103  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  35.42 
 
 		 829 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  36.9 
 
 		 844 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  36.9 
 
 		 844 aa  373  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  34.88 
 
 		 834 aa  373  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  36.9 
 
 		 844 aa  373  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  35.29 
 
 		 819 aa  371  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  36.12 
 
 		 813 aa  372  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.12 
 
 		 813 aa  371  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  36.12 
 
 		 813 aa  372  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  36.12 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  36.12 
 
 		 813 aa  372  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  39.8 
 
 		 842 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  36.12 
 
 		 813 aa  371  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  37.3 
 
 		 805 aa  371  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.51 
 
 		 840 aa  372  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  36.12 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  36.12 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  36.12 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  35.17 
 
 		 812 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  35.89 
 
 		 833 aa  367  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  35.17 
 
 		 812 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  34.64 
 
 		 833 aa  369  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  35.17 
 
 		 812 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  37.09 
 
 		 819 aa  369  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  35.17 
 
 		 812 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  35.25 
 
 		 824 aa  369  1e-100  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  36.47 
 
 		 818 aa  365  1e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.12 
 
 		 812 aa  365  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.61 
 
 		 826 aa  364  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  34.8 
 
 		 937 aa  364  4e-99  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  35.58 
 
 		 819 aa  363  5.0000000000000005e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  36.47 
 
 		 818 aa  363  6e-99  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  35.23 
 
 		 821 aa  363  7.0000000000000005e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  35.47 
 
 		 808 aa  363  7.0000000000000005e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  34.59 
 
 		 830 aa  362  1e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  33.91 
 
 		 817 aa  361  4e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  35.47 
 
 		 834 aa  360  5e-98  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  35.73 
 
 		 803 aa  359  9.999999999999999e-98  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  35.1 
 
 		 824 aa  358  1.9999999999999998e-97  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  35.92 
 
 		 746 aa  357  3.9999999999999996e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  35.92 
 
 		 746 aa  357  3.9999999999999996e-97  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.74 
 
 		 871 aa  357  5e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  35.26 
 
 		 828 aa  356  7.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.53 
 
 		 735 aa  355  2e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  36.11 
 
 		 836 aa  352  1e-95  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>