More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1646 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  100 
 
 		 781 aa  1533    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  58.82 
 
 		 745 aa  810    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  48.96 
 
 		 842 aa  636    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  47.44 
 
 		 754 aa  585  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  46.03 
 
 		 752 aa  578  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  45.94 
 
 		 761 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  45.9 
 
 		 752 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  44.04 
 
 		 778 aa  572  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  46.55 
 
 		 750 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  46.91 
 
 		 762 aa  566  1e-160  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  44.36 
 
 		 782 aa  561  1e-158  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  44.58 
 
 		 781 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  45.9 
 
 		 762 aa  555  1e-157  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  44.74 
 
 		 790 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  43.96 
 
 		 783 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  44.21 
 
 		 781 aa  546  1e-154  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  45.05 
 
 		 791 aa  544  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  44.1 
 
 		 783 aa  543  1e-153  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  42.77 
 
 		 790 aa  543  1e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  46.48 
 
 		 751 aa  539  9.999999999999999e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  44 
 
 		 783 aa  541  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  43.7 
 
 		 790 aa  537  1e-151  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  43.78 
 
 		 787 aa  538  1e-151  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  43.57 
 
 		 776 aa  534  1e-150  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  43.98 
 
 		 790 aa  535  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  42.07 
 
 		 792 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  43.86 
 
 		 792 aa  530  1e-149  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  44.37 
 
 		 795 aa  527  1e-148  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  43.69 
 
 		 765 aa  527  1e-148  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  44.14 
 
 		 788 aa  524  1e-147  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  43.76 
 
 		 782 aa  524  1e-147  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  44.79 
 
 		 788 aa  523  1e-147  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  42.88 
 
 		 789 aa  521  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  43.48 
 
 		 754 aa  519  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  41.96 
 
 		 777 aa  516  1.0000000000000001e-145  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  45.37 
 
 		 773 aa  514  1e-144  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  43.69 
 
 		 787 aa  513  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  41.49 
 
 		 769 aa  487  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  38.84 
 
 		 681 aa  483  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.23 
 
 		 759 aa  476  1e-133  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  43.14 
 
 		 766 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  38.95 
 
 		 819 aa  414  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  38.3 
 
 		 722 aa  410  1e-113  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.05 
 
 		 840 aa  402  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  36.21 
 
 		 804 aa  401  9.999999999999999e-111  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  38.25 
 
 		 842 aa  398  1e-109  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.52 
 
 		 735 aa  395  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  36.65 
 
 		 821 aa  394  1e-108  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  40.56 
 
 		 833 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.47 
 
 		 805 aa  392  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  36.26 
 
 		 830 aa  391  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  38.29 
 
 		 842 aa  392  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  36.16 
 
 		 834 aa  389  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  37.84 
 
 		 848 aa  391  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  38.4 
 
 		 758 aa  392  1e-107  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  39.58 
 
 		 896 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  37.88 
 
 		 864 aa  389  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  38.07 
 
 		 871 aa  389  1e-106  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  39.58 
 
 		 838 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  39.74 
 
 		 812 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  40.06 
 
 		 870 aa  386  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  39.58 
 
 		 896 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  39.51 
 
 		 828 aa  389  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  40.62 
 
 		 895 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  40.23 
 
 		 833 aa  389  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  39.58 
 
 		 838 aa  389  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  39.58 
 
 		 838 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  39.58 
 
 		 886 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  42.38 
 
 		 805 aa  383  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  39.74 
 
 		 827 aa  386  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.35 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  39.43 
 
 		 876 aa  383  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  39.57 
 
 		 827 aa  385  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  35.87 
 
 		 824 aa  383  1e-105  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  39.57 
 
 		 827 aa  385  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  36.09 
 
 		 813 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.09 
 
 		 813 aa  379  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.35 
 
 		 812 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  36.09 
 
 		 813 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  40 
 
 		 818 aa  381  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  36.09 
 
 		 813 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  39.77 
 
 		 817 aa  381  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.35 
 
 		 812 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.35 
 
 		 812 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  38.86 
 
 		 836 aa  380  1e-104  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  40.07 
 
 		 817 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  40.07 
 
 		 817 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  36.09 
 
 		 813 aa  380  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.35 
 
 		 812 aa  382  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.56 
 
 		 758 aa  377  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  36.09 
 
 		 813 aa  378  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  36.09 
 
 		 813 aa  378  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  36.09 
 
 		 813 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  36.09 
 
 		 813 aa  378  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  35.27 
 
 		 746 aa  375  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  39.12 
 
 		 838 aa  374  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  34.36 
 
 		 834 aa  375  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  35.27 
 
 		 746 aa  375  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.92 
 
 		 801 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.39 
 
 		 1055 aa  376  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>