More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2418 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  48.89 
 
 		 681 aa  653    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  62.8 
 
 		 762 aa  890    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  67.08 
 
 		 776 aa  955    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  56.61 
 
 		 783 aa  836    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  62.27 
 
 		 791 aa  873    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  63.11 
 
 		 762 aa  888    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  51.26 
 
 		 750 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  73.46 
 
 		 782 aa  1136    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  50.6 
 
 		 752 aa  671    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  58.05 
 
 		 790 aa  832    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  86.61 
 
 		 781 aa  1349    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  52.62 
 
 		 777 aa  658    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  49.87 
 
 		 842 aa  645    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  58.13 
 
 		 790 aa  828    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  61.5 
 
 		 788 aa  868    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  100 
 
 		 783 aa  1556    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  49.24 
 
 		 778 aa  637    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  56.99 
 
 		 783 aa  841    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  79.62 
 
 		 790 aa  1238    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  58.44 
 
 		 787 aa  834    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  91.8 
 
 		 781 aa  1405    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  75.45 
 
 		 790 aa  1169    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  50.46 
 
 		 752 aa  667    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  50.42 
 
 		 761 aa  646    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  63.3 
 
 		 795 aa  860    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  74.26 
 
 		 792 aa  1150    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  61.17 
 
 		 765 aa  860    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  61.06 
 
 		 788 aa  870    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  52.69 
 
 		 782 aa  727    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  63.74 
 
 		 787 aa  871    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  58.11 
 
 		 792 aa  823    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  61.88 
 
 		 773 aa  836    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  59.51 
 
 		 789 aa  838    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  49.3 
 
 		 754 aa  626  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  48.76 
 
 		 754 aa  622  1e-177  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  50.68 
 
 		 751 aa  603  1.0000000000000001e-171  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  47.43 
 
 		 745 aa  567  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  43.95 
 
 		 781 aa  538  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  43.98 
 
 		 769 aa  535  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  43.11 
 
 		 766 aa  519  1e-146  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.37 
 
 		 759 aa  500  1e-140  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.73 
 
 		 840 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  33.54 
 
 		 834 aa  393  1e-108  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.43 
 
 		 804 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  37 
 
 		 819 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  40.91 
 
 		 842 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  37.71 
 
 		 808 aa  388  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  37.71 
 
 		 808 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.45 
 
 		 763 aa  385  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.33 
 
 		 871 aa  386  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  37.23 
 
 		 836 aa  386  1e-105  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  34.96 
 
 		 848 aa  384  1e-105  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  37.21 
 
 		 838 aa  385  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.86 
 
 		 819 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.2 
 
 		 864 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  33.75 
 
 		 821 aa  380  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  37.35 
 
 		 809 aa  382  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  35.36 
 
 		 777 aa  379  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  36.23 
 
 		 808 aa  377  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  34.53 
 
 		 830 aa  376  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  38.67 
 
 		 1055 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  34.63 
 
 		 833 aa  378  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  38.14 
 
 		 810 aa  377  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.27 
 
 		 812 aa  378  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  35.01 
 
 		 812 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  35.06 
 
 		 859 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  35.01 
 
 		 812 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  35.71 
 
 		 818 aa  373  1e-102  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  36.96 
 
 		 819 aa  373  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.61 
 
 		 828 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  36.67 
 
 		 937 aa  374  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  35.14 
 
 		 812 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.63 
 
 		 857 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  33.75 
 
 		 824 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  35.01 
 
 		 812 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  36.07 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.93 
 
 		 813 aa  369  1e-101  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  36.07 
 
 		 813 aa  369  1e-101  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  36.07 
 
 		 813 aa  369  1e-101  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.33 
 
 		 861 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  36.07 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.48 
 
 		 805 aa  372  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.83 
 
 		 870 aa  372  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  35.7 
 
 		 818 aa  372  1e-101  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  33.63 
 
 		 763 aa  370  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.32 
 
 		 759 aa  370  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  36.07 
 
 		 813 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  36.07 
 
 		 813 aa  371  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  36.07 
 
 		 813 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  33.87 
 
 		 829 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  36.07 
 
 		 813 aa  369  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  38.41 
 
 		 826 aa  370  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  35.24 
 
 		 857 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  36.32 
 
 		 844 aa  367  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  35.97 
 
 		 842 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  36.69 
 
 		 833 aa  368  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  38.99 
 
 		 808 aa  366  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  36.32 
 
 		 844 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  36.32 
 
 		 844 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  34.31 
 
 		 824 aa  368  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>