More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_3846 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  60.03 
 
 		 788 aa  837    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  100 
 
 		 787 aa  1570    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  56.64 
 
 		 792 aa  807    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  55.28 
 
 		 787 aa  794    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  54.72 
 
 		 783 aa  810    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  60.03 
 
 		 788 aa  840    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  70.29 
 
 		 791 aa  1030    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  59.65 
 
 		 782 aa  845    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  49.93 
 
 		 752 aa  640    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  59.86 
 
 		 792 aa  851    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  62.12 
 
 		 762 aa  887    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  50.34 
 
 		 842 aa  639    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  62.76 
 
 		 783 aa  896    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  61.8 
 
 		 790 aa  880    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  63.74 
 
 		 781 aa  892    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  61.28 
 
 		 790 aa  875    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  51.76 
 
 		 782 aa  694    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  49.8 
 
 		 752 aa  637    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  62.23 
 
 		 776 aa  880    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  55.5 
 
 		 789 aa  812    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  57.03 
 
 		 765 aa  816    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  56.79 
 
 		 790 aa  830    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  54.97 
 
 		 783 aa  812    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  48.54 
 
 		 681 aa  643    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  62.31 
 
 		 762 aa  906    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  51.4 
 
 		 754 aa  637    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  56.52 
 
 		 790 aa  823    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  61.11 
 
 		 795 aa  850    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  63.39 
 
 		 773 aa  836    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  63.92 
 
 		 781 aa  899    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  50.97 
 
 		 750 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  50.33 
 
 		 777 aa  630  1e-179  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  49.52 
 
 		 754 aa  626  1e-178  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  48.89 
 
 		 761 aa  625  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  47.7 
 
 		 778 aa  611  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  49.66 
 
 		 751 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  47.65 
 
 		 745 aa  545  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  44.79 
 
 		 769 aa  525  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  44.64 
 
 		 781 aa  521  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.99 
 
 		 759 aa  495  9.999999999999999e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  41.97 
 
 		 766 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.85 
 
 		 805 aa  385  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.3 
 
 		 857 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.3 
 
 		 857 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.05 
 
 		 857 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  33.85 
 
 		 876 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  33.94 
 
 		 818 aa  369  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  36.48 
 
 		 842 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.07 
 
 		 1055 aa  369  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.29 
 
 		 870 aa  367  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  33.64 
 
 		 840 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.05 
 
 		 859 aa  369  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  35.32 
 
 		 829 aa  366  1e-100  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  33.03 
 
 		 828 aa  366  1e-100  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  34.16 
 
 		 848 aa  366  1e-100  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  34 
 
 		 834 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  33.63 
 
 		 876 aa  366  1e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  33.95 
 
 		 808 aa  366  1e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  34.94 
 
 		 827 aa  365  2e-99  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  34.15 
 
 		 833 aa  365  2e-99  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  34.94 
 
 		 827 aa  365  2e-99  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  34.94 
 
 		 827 aa  365  2e-99  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  33.29 
 
 		 871 aa  364  3e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  33.42 
 
 		 736 aa  364  3e-99  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  33.82 
 
 		 808 aa  364  3e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  33.54 
 
 		 864 aa  364  4e-99  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  33.82 
 
 		 809 aa  364  4e-99  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  33.64 
 
 		 819 aa  363  5.0000000000000005e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  38.45 
 
 		 804 aa  363  6e-99  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  34.31 
 
 		 749 aa  363  8e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  34.68 
 
 		 828 aa  363  8e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  35.44 
 
 		 758 aa  363  8e-99  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  34.46 
 
 		 895 aa  362  1e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  38.38 
 
 		 810 aa  362  1e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  33.87 
 
 		 808 aa  362  2e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  33.42 
 
 		 877 aa  362  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  35.49 
 
 		 819 aa  362  2e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  33.73 
 
 		 830 aa  361  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  34.89 
 
 		 818 aa  361  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  33.29 
 
 		 877 aa  360  7e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  34.82 
 
 		 722 aa  359  9e-98  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  33.42 
 
 		 807 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  34.83 
 
 		 937 aa  359  9.999999999999999e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  33.42 
 
 		 807 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  33.42 
 
 		 807 aa  359  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  33.42 
 
 		 807 aa  358  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.07 
 
 		 812 aa  357  3.9999999999999996e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.07 
 
 		 886 aa  357  5e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  34.29 
 
 		 817 aa  357  5e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  35.28 
 
 		 842 aa  357  5e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  33.51 
 
 		 838 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.07 
 
 		 896 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.07 
 
 		 896 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  33.51 
 
 		 838 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  33.51 
 
 		 838 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  34.29 
 
 		 817 aa  357  6.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  35.84 
 
 		 720 aa  356  7.999999999999999e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  36.85 
 
 		 807 aa  356  1e-96  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  33.38 
 
 		 861 aa  355  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.14 
 
 		 758 aa  355  2e-96  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>