More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_1386 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  58.05 
 
 		 791 aa  797    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  58.61 
 
 		 773 aa  789    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  59.12 
 
 		 776 aa  828    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  57.66 
 
 		 781 aa  832    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  78.36 
 
 		 792 aa  1226    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  100 
 
 		 790 aa  1591    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  62.28 
 
 		 783 aa  933    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  62.85 
 
 		 787 aa  936    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  51.04 
 
 		 681 aa  701    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  53.03 
 
 		 782 aa  771    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  56.42 
 
 		 782 aa  805    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  49.2 
 
 		 752 aa  668    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  59.25 
 
 		 792 aa  811    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  59.62 
 
 		 795 aa  823    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  57.45 
 
 		 787 aa  806    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  59.46 
 
 		 762 aa  857    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  58.05 
 
 		 783 aa  832    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  50.21 
 
 		 778 aa  683    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  57.38 
 
 		 790 aa  814    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  57.63 
 
 		 781 aa  836    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  57.69 
 
 		 790 aa  822    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  59.73 
 
 		 762 aa  860    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  49.86 
 
 		 761 aa  672    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  63.78 
 
 		 765 aa  992    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  58.16 
 
 		 788 aa  814    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  77.88 
 
 		 789 aa  1258    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  49.2 
 
 		 752 aa  667    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  50.5 
 
 		 750 aa  654    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  62.42 
 
 		 783 aa  934    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  58.29 
 
 		 788 aa  805    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  94.81 
 
 		 790 aa  1519    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  50.42 
 
 		 754 aa  670    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  47.4 
 
 		 842 aa  631  1e-179  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  48.08 
 
 		 777 aa  625  1e-177  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  49.34 
 
 		 754 aa  625  1e-177  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  50 
 
 		 751 aa  618  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  44.36 
 
 		 745 aa  542  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  43.34 
 
 		 781 aa  529  1e-149  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  43.22 
 
 		 769 aa  528  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  44 
 
 		 759 aa  526  1e-148  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  42.7 
 
 		 766 aa  490  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  37.04 
 
 		 857 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.91 
 
 		 857 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.91 
 
 		 857 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.55 
 
 		 870 aa  411  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  34.8 
 
 		 876 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.64 
 
 		 859 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  35.12 
 
 		 876 aa  405  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  35.18 
 
 		 828 aa  405  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  34.59 
 
 		 840 aa  402  1e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  35.29 
 
 		 861 aa  401  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.72 
 
 		 877 aa  398  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.68 
 
 		 804 aa  396  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.26 
 
 		 813 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.26 
 
 		 813 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.87 
 
 		 871 aa  391  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  35.45 
 
 		 877 aa  391  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.08 
 
 		 818 aa  390  1e-107  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  34.43 
 
 		 833 aa  390  1e-107  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.26 
 
 		 813 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  38.04 
 
 		 848 aa  392  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.04 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.04 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  37.04 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  34.23 
 
 		 833 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  37.04 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  34.19 
 
 		 833 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  37.04 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  34.48 
 
 		 906 aa  389  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.26 
 
 		 864 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.26 
 
 		 813 aa  389  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  36.72 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  35.9 
 
 		 822 aa  384  1e-105  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  36.86 
 
 		 812 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  36.72 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  34.72 
 
 		 834 aa  386  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  37.21 
 
 		 895 aa  383  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  34.23 
 
 		 817 aa  386  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  36.72 
 
 		 812 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  36.99 
 
 		 812 aa  385  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  35.56 
 
 		 808 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  34.1 
 
 		 907 aa  385  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  34.15 
 
 		 821 aa  384  1e-105  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  37.15 
 
 		 842 aa  383  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  36.73 
 
 		 838 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  35.61 
 
 		 808 aa  380  1e-104  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  36.73 
 
 		 812 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  36.4 
 
 		 722 aa  379  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  37.3 
 
 		 828 aa  379  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  36.73 
 
 		 896 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  34.94 
 
 		 830 aa  382  1e-104  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  37.62 
 
 		 827 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  36.73 
 
 		 838 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  37.62 
 
 		 827 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  36.73 
 
 		 838 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  35.55 
 
 		 810 aa  381  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  35.43 
 
 		 808 aa  382  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  36.73 
 
 		 886 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  37.62 
 
 		 827 aa  382  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  35.74 
 
 		 809 aa  382  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>