More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1713 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  49.85 
 
 		 681 aa  667    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  61.68 
 
 		 762 aa  877    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  56.75 
 
 		 783 aa  833    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  59.53 
 
 		 792 aa  831    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  59.64 
 
 		 788 aa  839    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  56.43 
 
 		 783 aa  828    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  57.03 
 
 		 790 aa  811    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  100 
 
 		 782 aa  1551    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  56.42 
 
 		 790 aa  815    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  49.23 
 
 		 752 aa  646    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  58.05 
 
 		 789 aa  806    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  75.76 
 
 		 781 aa  1153    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  51.58 
 
 		 842 aa  639    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  61.63 
 
 		 795 aa  841    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  62.53 
 
 		 776 aa  931    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  73.46 
 
 		 783 aa  1148    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  49.45 
 
 		 778 aa  653    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  52.97 
 
 		 782 aa  741    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  75.92 
 
 		 790 aa  1160    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  60.05 
 
 		 787 aa  831    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  62.24 
 
 		 762 aa  869    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  76.36 
 
 		 781 aa  1165    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  87.1 
 
 		 790 aa  1354    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  58.96 
 
 		 773 aa  792    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  59.73 
 
 		 791 aa  841    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  50.92 
 
 		 761 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  57.49 
 
 		 787 aa  817    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  57.99 
 
 		 765 aa  824    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  51.17 
 
 		 777 aa  647    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  59.41 
 
 		 788 aa  843    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  71.57 
 
 		 792 aa  1097    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  52.34 
 
 		 750 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  49.36 
 
 		 752 aa  646    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  49.8 
 
 		 754 aa  644    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  50.34 
 
 		 754 aa  629  1e-179  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  53.15 
 
 		 751 aa  628  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  48.38 
 
 		 745 aa  560  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  44.28 
 
 		 769 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  43.8 
 
 		 781 aa  520  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.57 
 
 		 759 aa  496  1e-139  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  42.25 
 
 		 766 aa  491  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  38.34 
 
 		 819 aa  399  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  34.55 
 
 		 819 aa  399  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  35.31 
 
 		 826 aa  398  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  36.52 
 
 		 844 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  36.52 
 
 		 844 aa  393  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  36.52 
 
 		 844 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  35.4 
 
 		 808 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  36.62 
 
 		 763 aa  390  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  37.82 
 
 		 836 aa  392  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  34.43 
 
 		 833 aa  391  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  37.75 
 
 		 838 aa  390  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.25 
 
 		 840 aa  390  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  35.4 
 
 		 808 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  35.97 
 
 		 808 aa  389  1e-106  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.4 
 
 		 828 aa  387  1e-106  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  35.62 
 
 		 824 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  35.35 
 
 		 809 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  35.47 
 
 		 807 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  35.47 
 
 		 807 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  35.05 
 
 		 807 aa  385  1e-105  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  35.47 
 
 		 807 aa  384  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  35.2 
 
 		 812 aa  380  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.38 
 
 		 804 aa  380  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  35.52 
 
 		 807 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  35.41 
 
 		 813 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.33 
 
 		 871 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  33.29 
 
 		 834 aa  376  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.41 
 
 		 805 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  38.59 
 
 		 1055 aa  379  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  34.06 
 
 		 763 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.07 
 
 		 812 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  37.5 
 
 		 842 aa  378  1e-103  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  35.07 
 
 		 812 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  35.07 
 
 		 812 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.41 
 
 		 813 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  35.07 
 
 		 812 aa  379  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  35.41 
 
 		 813 aa  376  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.41 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  33.46 
 
 		 857 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.41 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  34.04 
 
 		 758 aa  373  1e-102  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.36 
 
 		 813 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  35.37 
 
 		 819 aa  375  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.68 
 
 		 801 aa  375  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.17 
 
 		 857 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  34.36 
 
 		 906 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  33.46 
 
 		 857 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.41 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  34.43 
 
 		 829 aa  374  1e-102  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  35.41 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.41 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  34.34 
 
 		 861 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  37.07 
 
 		 848 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  35.15 
 
 		 828 aa  372  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  33.33 
 
 		 821 aa  372  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  38.89 
 
 		 810 aa  372  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  33.83 
 
 		 859 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  33.98 
 
 		 907 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  33.59 
 
 		 870 aa  369  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>