More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2830 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  49.01 
 
 		 754 aa  676    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  49.6 
 
 		 752 aa  697    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  54.3 
 
 		 783 aa  791    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  54.12 
 
 		 781 aa  738    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  51.04 
 
 		 776 aa  713    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  53.26 
 
 		 773 aa  703    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  53.87 
 
 		 788 aa  732    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  52.97 
 
 		 782 aa  747    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  54.46 
 
 		 795 aa  744    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  49.47 
 
 		 752 aa  697    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  54.68 
 
 		 788 aa  735    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  53.03 
 
 		 790 aa  787    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  52.45 
 
 		 792 aa  734    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  51.86 
 
 		 842 aa  692    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  52.69 
 
 		 783 aa  743    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  50.69 
 
 		 778 aa  695    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  54.18 
 
 		 790 aa  736    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  50.78 
 
 		 777 aa  691    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  53.62 
 
 		 781 aa  743    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  52.15 
 
 		 789 aa  758    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  51.94 
 
 		 790 aa  743    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  51.77 
 
 		 751 aa  661    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  100 
 
 		 782 aa  1574    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  51.27 
 
 		 761 aa  715    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  50.53 
 
 		 750 aa  696    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  52.49 
 
 		 792 aa  751    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  54.43 
 
 		 783 aa  793    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  56.19 
 
 		 765 aa  770    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  53.38 
 
 		 787 aa  777    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  52.28 
 
 		 790 aa  769    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  51.63 
 
 		 791 aa  733    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  52.05 
 
 		 754 aa  715    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  53.82 
 
 		 762 aa  766    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  53.31 
 
 		 762 aa  767    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  51.84 
 
 		 787 aa  691    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  47.24 
 
 		 769 aa  615  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  46.59 
 
 		 745 aa  603  1.0000000000000001e-171  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  45.72 
 
 		 681 aa  588  1e-166  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  44.2 
 
 		 781 aa  561  1e-158  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  44.29 
 
 		 759 aa  551  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  44.36 
 
 		 766 aa  551  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  36.94 
 
 		 819 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  37.17 
 
 		 758 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  36.12 
 
 		 842 aa  397  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  34.67 
 
 		 871 aa  395  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.44 
 
 		 870 aa  391  1e-107  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  36.72 
 
 		 722 aa  392  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  34.92 
 
 		 859 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  33.73 
 
 		 840 aa  389  1e-107  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  37.89 
 
 		 848 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  35.8 
 
 		 864 aa  390  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  34.67 
 
 		 857 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  34.54 
 
 		 857 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.36 
 
 		 818 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  35.58 
 
 		 876 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  34.97 
 
 		 857 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  34.73 
 
 		 1055 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  35.97 
 
 		 842 aa  382  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  36.17 
 
 		 755 aa  381  1e-104  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  35.28 
 
 		 817 aa  380  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  35.69 
 
 		 827 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  34.33 
 
 		 896 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  35.82 
 
 		 828 aa  382  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  34.73 
 
 		 895 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.18 
 
 		 833 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  35.69 
 
 		 827 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  34.33 
 
 		 838 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  35.58 
 
 		 817 aa  380  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  35.18 
 
 		 833 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  34.33 
 
 		 838 aa  379  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  34.33 
 
 		 896 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  34.33 
 
 		 838 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  36.23 
 
 		 803 aa  381  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  35.69 
 
 		 827 aa  381  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  34.33 
 
 		 886 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  35.03 
 
 		 813 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.03 
 
 		 813 aa  376  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  35.03 
 
 		 813 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  34.41 
 
 		 812 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  36.06 
 
 		 836 aa  378  1e-103  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.03 
 
 		 813 aa  376  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  33.42 
 
 		 824 aa  379  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  37.01 
 
 		 838 aa  378  1e-103  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  35.01 
 
 		 801 aa  379  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  34.45 
 
 		 804 aa  377  1e-103  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  33.87 
 
 		 834 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  35.69 
 
 		 817 aa  379  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  35.03 
 
 		 833 aa  379  1e-103  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  35.81 
 
 		 763 aa  373  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  34.9 
 
 		 813 aa  374  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.03 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  34.15 
 
 		 819 aa  374  1e-102  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  33.72 
 
 		 812 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.03 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.45 
 
 		 819 aa  373  1e-102  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  33.72 
 
 		 812 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.03 
 
 		 813 aa  375  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  33.72 
 
 		 812 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  33.72 
 
 		 812 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  35.69 
 
 		 818 aa  374  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>