More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_2513 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  100 
 
 		 659 aa  1275    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  30.96 
 
 		 666 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  31.07 
 
 		 674 aa  272  1e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  32.94 
 
 		 671 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  32.12 
 
 		 676 aa  248  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  31.48 
 
 		 671 aa  243  7e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  31.09 
 
 		 671 aa  243  7e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  32.45 
 
 		 683 aa  238  3e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  31.64 
 
 		 686 aa  234  4.0000000000000004e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  31.74 
 
 		 670 aa  233  9e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  30.81 
 
 		 680 aa  231  4e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  36.83 
 
 		 676 aa  206  8e-52  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3671  ribonuclease R  28.51 
 
 		 705 aa  198  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0988555  normal  0.127593 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  34.74 
 
 		 674 aa  195  2e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  30.24 
 
 		 645 aa  189  2e-46  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  30.28 
 
 		 683 aa  187  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  32.98 
 
 		 813 aa  186  9e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  27.3 
 
 		 698 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  29.18 
 
 		 619 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  29.35 
 
 		 750 aa  186  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  28.19 
 
 		 702 aa  184  4.0000000000000006e-45  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  28.43 
 
 		 698 aa  184  5.0000000000000004e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  28.45 
 
 		 706 aa  183  8.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  28.64 
 
 		 617 aa  181  4e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0915  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  32.35 
 
 		 756 aa  180  5.999999999999999e-44  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  28.49 
 
 		 689 aa  180  7e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  31.64 
 
 		 863 aa  179  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  31.6 
 
 		 910 aa  179  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  29.24 
 
 		 801 aa  176  9.999999999999999e-43  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  29.42 
 
 		 690 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.7 
 
 		 762 aa  176  9.999999999999999e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  28.66 
 
 		 694 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  28.66 
 
 		 694 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  27.83 
 
 		 810 aa  176  9.999999999999999e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  29.49 
 
 		 685 aa  176  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  28.66 
 
 		 696 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  29.25 
 
 		 695 aa  175  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  29.45 
 
 		 705 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  29.29 
 
 		 709 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1604  RNAse R  34.86 
 
 		 535 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0268007  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  27.47 
 
 		 709 aa  174  5.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  29.23 
 
 		 696 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  29.51 
 
 		 736 aa  172  1e-41  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  29.46 
 
 		 696 aa  172  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0674  exoribonuclease R  29.05 
 
 		 817 aa  172  2e-41  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  29.51 
 
 		 749 aa  172  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  28.2 
 
 		 676 aa  172  2e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  34.32 
 
 		 602 aa  171  3e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  28.54 
 
 		 815 aa  171  4e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  29.41 
 
 		 826 aa  171  4e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  28.67 
 
 		 716 aa  171  4e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  25.71 
 
 		 795 aa  171  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  30.68 
 
 		 817 aa  171  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0676  VacB/Rnb family exoribonuclease  27.95 
 
 		 692 aa  170  7e-41  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  32.56 
 
 		 776 aa  170  9e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  29.37 
 
 		 825 aa  170  9e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  27.21 
 
 		 735 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  30.87 
 
 		 857 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  31.42 
 
 		 857 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  29.74 
 
 		 833 aa  168  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  30.51 
 
 		 807 aa  169  2e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  30.68 
 
 		 808 aa  169  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  30.68 
 
 		 808 aa  169  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  30.51 
 
 		 807 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0830  ribonuclease R  25.72 
 
 		 742 aa  168  2.9999999999999998e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  30.51 
 
 		 807 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  30.51 
 
 		 807 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  29.54 
 
 		 819 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  29.17 
 
 		 692 aa  168  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  29.17 
 
 		 692 aa  168  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  29.17 
 
 		 692 aa  168  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  31.11 
 
 		 858 aa  167  4e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  29.17 
 
 		 692 aa  168  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  28.32 
 
 		 712 aa  167  4e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  27.23 
 
 		 751 aa  167  4e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  26.42 
 
 		 705 aa  167  4e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  30.08 
 
 		 693 aa  167  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  26.8 
 
 		 751 aa  167  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  28.25 
 
 		 707 aa  167  5e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  28.92 
 
 		 692 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  28.66 
 
 		 680 aa  167  5.9999999999999996e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  28.92 
 
 		 692 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  29.13 
 
 		 805 aa  166  1.0000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  30.27 
 
 		 807 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf396  VacB-like exoribonuclease II  27.42 
 
 		 718 aa  166  2.0000000000000002e-39  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  29.54 
 
 		 842 aa  166  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  29.77 
 
 		 758 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.78 
 
 		 829 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0424  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.45 
 
 		 665 aa  165  3e-39  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.18374  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  29.98 
 
 		 857 aa  165  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  27.93 
 
 		 791 aa  164  3e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  26.5 
 
 		 794 aa  165  3e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  26.29 
 
 		 795 aa  164  4.0000000000000004e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  30.43 
 
 		 808 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  27.35 
 
 		 770 aa  164  6e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  29.75 
 
 		 857 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.71 
 
 		 824 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  29.75 
 
 		 857 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  30.66 
 
 		 778 aa  163  8.000000000000001e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  29.48 
 
 		 751 aa  163  8.000000000000001e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>