More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2575 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  100 
 
 		 619 aa  1253    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  52.69 
 
 		 617 aa  640    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  51.61 
 
 		 635 aa  633  1e-180  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  51.97 
 
 		 622 aa  625  1e-178  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  51.36 
 
 		 637 aa  620  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  47.8 
 
 		 698 aa  556  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  48.11 
 
 		 698 aa  558  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  48.48 
 
 		 709 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  46.36 
 
 		 714 aa  546  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  47.18 
 
 		 695 aa  545  1e-154  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  46.75 
 
 		 696 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  47.18 
 
 		 696 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  46.75 
 
 		 694 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  47.18 
 
 		 696 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  46.75 
 
 		 694 aa  546  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  47.34 
 
 		 690 aa  545  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  47.33 
 
 		 693 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  47.43 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  47.43 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.43 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  48.31 
 
 		 705 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.43 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  46.3 
 
 		 685 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  47.43 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.43 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  45.51 
 
 		 712 aa  538  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  47.11 
 
 		 701 aa  535  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  45.7 
 
 		 695 aa  528  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  45.23 
 
 		 707 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  46.41 
 
 		 693 aa  519  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  45.9 
 
 		 691 aa  513  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  44.55 
 
 		 705 aa  506  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  45.54 
 
 		 692 aa  507  9.999999999999999e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  47.1 
 
 		 637 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  47.45 
 
 		 639 aa  491  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  44.06 
 
 		 695 aa  486  1e-136  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  42.92 
 
 		 702 aa  482  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  44.63 
 
 		 686 aa  480  1e-134  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  42.66 
 
 		 723 aa  471  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  41.45 
 
 		 676 aa  451  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  41.54 
 
 		 680 aa  449  1e-125  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  28.42 
 
 		 659 aa  156  1e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  26.29 
 
 		 698 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  24.29 
 
 		 671 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  24.29 
 
 		 671 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  25.32 
 
 		 666 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  27.63 
 
 		 735 aa  110  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  24.8 
 
 		 676 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  27.46 
 
 		 735 aa  107  7e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  28.21 
 
 		 698 aa  105  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  25.77 
 
 		 469 aa  103  9e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  27.35 
 
 		 683 aa  103  1e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  26.32 
 
 		 674 aa  103  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  25.62 
 
 		 645 aa  102  2e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  26.88 
 
 		 680 aa  102  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  24.43 
 
 		 671 aa  99.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  28.19 
 
 		 686 aa  98.2  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  24.02 
 
 		 680 aa  96.7  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  28.7 
 
 		 689 aa  92.8  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  27.1 
 
 		 670 aa  91.3  5e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  28.06 
 
 		 667 aa  90.9  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  26.59 
 
 		 644 aa  86.7  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  27.96 
 
 		 644 aa  85.1  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  25.27 
 
 		 671 aa  85.5  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  26.84 
 
 		 678 aa  84.7  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  27.66 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  26.27 
 
 		 646 aa  81.3  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  26.62 
 
 		 424 aa  79.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  23.53 
 
 		 394 aa  79.3  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  23.28 
 
 		 424 aa  78.2  0.0000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  25 
 
 		 602 aa  78.2  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  26.95 
 
 		 617 aa  77.8  0.0000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  26.83 
 
 		 657 aa  77.8  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  27.52 
 
 		 643 aa  77.4  0.0000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  25.71 
 
 		 623 aa  77  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  25.2 
 
 		 676 aa  73.2  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  22.64 
 
 		 770 aa  73.6  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  22.82 
 
 		 656 aa  73.2  0.00000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0933  putative ribonuclease II  22.92 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0603579  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  26.11 
 
 		 720 aa  72.4  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  24.39 
 
 		 674 aa  71.2  0.00000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  26.16 
 
 		 683 aa  70.9  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  30.9 
 
 		 646 aa  70.5  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  23.93 
 
 		 795 aa  70.5  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  26.13 
 
 		 790 aa  69.3  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  28.69 
 
 		 813 aa  69.7  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0462  exoribonuclease II  28.57 
 
 		 750 aa  68.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  25.2 
 
 		 863 aa  68.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83466  3'-5' RNA exonuclease complex component  20.54 
 
 		 1146 aa  68.6  0.0000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00000298042 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  25.68 
 
 		 790 aa  68.6  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  24.32 
 
 		 737 aa  68.6  0.0000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5873  ribonuclease R  26.11 
 
 		 825 aa  68.2  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  23.49 
 
 		 770 aa  68.2  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09941  ribonuclease II  22.48 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  23.49 
 
 		 771 aa  67  0.0000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1009  Exoribonuclease II  25.46 
 
 		 581 aa  66.6  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0967775  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  24.26 
 
 		 710 aa  65.5  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09921  ribonuclease II  22.85 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  24.26 
 
 		 710 aa  65.5  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  27.16 
 
 		 794 aa  64.7  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>