More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1120 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  100 
 
 		 646 aa  1340    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  39.11 
 
 		 660 aa  436  1e-121  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  34.21 
 
 		 644 aa  311  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  33.61 
 
 		 646 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  34.72 
 
 		 644 aa  303  8.000000000000001e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  34.57 
 
 		 644 aa  301  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  34.57 
 
 		 644 aa  301  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  34.57 
 
 		 644 aa  301  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  34.57 
 
 		 644 aa  301  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  34.57 
 
 		 644 aa  300  4e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  33.95 
 
 		 644 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  32.14 
 
 		 644 aa  300  5e-80  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  32.14 
 
 		 644 aa  300  7e-80  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  34.41 
 
 		 644 aa  299  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  34.41 
 
 		 644 aa  299  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  34.41 
 
 		 644 aa  299  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  33.9 
 
 		 644 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  33.9 
 
 		 644 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  33.74 
 
 		 644 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  33.74 
 
 		 644 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  32.45 
 
 		 645 aa  298  2e-79  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  32.14 
 
 		 644 aa  296  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  34.36 
 
 		 644 aa  296  9e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  33.64 
 
 		 657 aa  295  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  33.02 
 
 		 671 aa  293  5e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  31.93 
 
 		 644 aa  293  9e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  33.33 
 
 		 643 aa  292  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  33.18 
 
 		 659 aa  292  1e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  34 
 
 		 644 aa  291  2e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  31.84 
 
 		 656 aa  271  2e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  30.15 
 
 		 667 aa  268  2.9999999999999995e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  29.91 
 
 		 678 aa  263  6e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  31.32 
 
 		 758 aa  249  1e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  30.05 
 
 		 801 aa  249  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.7 
 
 		 805 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  29.39 
 
 		 877 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  29.81 
 
 		 833 aa  244  3e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  30.64 
 
 		 840 aa  244  3e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  29.57 
 
 		 810 aa  244  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  31.05 
 
 		 937 aa  244  5e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  30.08 
 
 		 819 aa  243  6e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  29.44 
 
 		 876 aa  243  1e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  29.46 
 
 		 828 aa  242  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  29.12 
 
 		 857 aa  240  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  29.27 
 
 		 857 aa  240  6.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  28.94 
 
 		 877 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  30.5 
 
 		 736 aa  239  1e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  30.53 
 
 		 749 aa  239  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  29.81 
 
 		 826 aa  239  1e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  28.88 
 
 		 861 aa  239  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  29.12 
 
 		 857 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  30.39 
 
 		 818 aa  238  2e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  28.85 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  28.85 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  28.85 
 
 		 813 aa  238  3e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.85 
 
 		 813 aa  237  4e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  28.85 
 
 		 813 aa  237  4e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  28.85 
 
 		 813 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  28.85 
 
 		 813 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  28.85 
 
 		 813 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 812 aa  237  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  28.85 
 
 		 813 aa  237  5.0000000000000005e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.36 
 
 		 824 aa  237  5.0000000000000005e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  28.89 
 
 		 870 aa  237  6e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  28.04 
 
 		 758 aa  237  6e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  28.37 
 
 		 804 aa  236  8e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.16 
 
 		 735 aa  236  9e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  29.28 
 
 		 770 aa  236  9e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  28.94 
 
 		 1055 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  28.92 
 
 		 859 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.58 
 
 		 817 aa  236  1.0000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 812 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 812 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 812 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 812 aa  235  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  29.67 
 
 		 848 aa  234  3e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  29.97 
 
 		 808 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  29.97 
 
 		 808 aa  234  4.0000000000000004e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  29.89 
 
 		 749 aa  233  6e-60  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  29.2 
 
 		 824 aa  233  7.000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  30.35 
 
 		 817 aa  233  1e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  30.56 
 
 		 817 aa  232  1e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  29.9 
 
 		 828 aa  233  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  29.75 
 
 		 827 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  30.35 
 
 		 817 aa  233  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  29.16 
 
 		 907 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  29.75 
 
 		 827 aa  232  1e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  29.39 
 
 		 808 aa  232  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  29.47 
 
 		 807 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  29.47 
 
 		 807 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  29.75 
 
 		 827 aa  232  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  29.47 
 
 		 807 aa  231  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  29.39 
 
 		 834 aa  232  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  29.08 
 
 		 864 aa  231  3e-59  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  29.62 
 
 		 807 aa  231  3e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  28.3 
 
 		 819 aa  231  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  30.12 
 
 		 895 aa  231  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  29.78 
 
 		 833 aa  230  7e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  28.85 
 
 		 906 aa  229  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  30.12 
 
 		 812 aa  229  9e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>