More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1630 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  90.37 
 
 		 644 aa  1201    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  90.99 
 
 		 644 aa  1207    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1011    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  75.62 
 
 		 643 aa  1033    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  75 
 
 		 657 aa  1028    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  88.32 
 
 		 644 aa  1199    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  76.71 
 
 		 644 aa  1051    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  100 
 
 		 644 aa  1327    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  99.84 
 
 		 644 aa  1326    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  99.38 
 
 		 644 aa  1320    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  90.37 
 
 		 644 aa  1201    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1011    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  90.84 
 
 		 644 aa  1205    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  90.68 
 
 		 644 aa  1204    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  90.68 
 
 		 644 aa  1204    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  52.62 
 
 		 678 aa  701    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  99.84 
 
 		 644 aa  1326    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  52.01 
 
 		 646 aa  680    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  50.69 
 
 		 671 aa  679    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  62.36 
 
 		 645 aa  847    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  90.99 
 
 		 644 aa  1207    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  73.91 
 
 		 644 aa  1007    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  77.02 
 
 		 644 aa  1056    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  100 
 
 		 644 aa  1327    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  50.99 
 
 		 659 aa  677    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  90.68 
 
 		 644 aa  1204    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  51.85 
 
 		 667 aa  692    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  74.69 
 
 		 644 aa  1018    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  90.99 
 
 		 644 aa  1207    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  41.87 
 
 		 656 aa  536  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  33.74 
 
 		 646 aa  305  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.99 
 
 		 660 aa  278  3e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  30.9 
 
 		 842 aa  231  4e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  29.55 
 
 		 819 aa  226  9e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  30.4 
 
 		 810 aa  224  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  29.47 
 
 		 805 aa  218  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  29.4 
 
 		 736 aa  218  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  29.4 
 
 		 749 aa  218  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  29.69 
 
 		 836 aa  206  1e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  27.66 
 
 		 826 aa  205  2e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.79 
 
 		 805 aa  205  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  29.52 
 
 		 838 aa  205  2e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  28.1 
 
 		 737 aa  204  3e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  27.38 
 
 		 827 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  27.38 
 
 		 827 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  27.38 
 
 		 827 aa  204  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  27.53 
 
 		 828 aa  204  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  27.85 
 
 		 857 aa  203  9e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  27.53 
 
 		 838 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  27.53 
 
 		 896 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  27.42 
 
 		 812 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  27.53 
 
 		 896 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  27.53 
 
 		 838 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  27.58 
 
 		 817 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  27.13 
 
 		 817 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  27.13 
 
 		 817 aa  203  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  27.42 
 
 		 886 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  27.53 
 
 		 838 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  27.94 
 
 		 895 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  27.7 
 
 		 857 aa  201  3e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  28.21 
 
 		 937 aa  201  3e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  28.72 
 
 		 749 aa  200  7e-50  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  28.16 
 
 		 758 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  31.24 
 
 		 1055 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  27.2 
 
 		 694 aa  198  3e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  27.1 
 
 		 817 aa  197  6e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  28.26 
 
 		 706 aa  197  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  27.13 
 
 		 818 aa  196  9e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  27.46 
 
 		 801 aa  196  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  29.8 
 
 		 829 aa  196  1e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  25.9 
 
 		 763 aa  196  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  28.17 
 
 		 808 aa  195  2e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  27.13 
 
 		 807 aa  196  2e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  26.82 
 
 		 807 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.32 
 
 		 833 aa  195  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  26.82 
 
 		 807 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  26.82 
 
 		 807 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  27.11 
 
 		 857 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  26.36 
 
 		 833 aa  194  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  27.16 
 
 		 759 aa  194  4e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  27.65 
 
 		 746 aa  194  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  27.65 
 
 		 746 aa  194  5e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  28.17 
 
 		 808 aa  194  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  28.88 
 
 		 833 aa  193  8e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  26.85 
 
 		 859 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  32.8 
 
 		 776 aa  193  1e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  26.67 
 
 		 807 aa  192  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  28.02 
 
 		 808 aa  192  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  30.14 
 
 		 864 aa  192  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  27.22 
 
 		 876 aa  192  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  26.99 
 
 		 763 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.75 
 
 		 735 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  28.41 
 
 		 848 aa  191  4e-47  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  28.73 
 
 		 877 aa  190  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  29.73 
 
 		 796 aa  190  5.999999999999999e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  29.14 
 
 		 715 aa  190  5.999999999999999e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  34.82 
 
 		 762 aa  190  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  27.04 
 
 		 828 aa  190  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  27.13 
 
 		 809 aa  190  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  27.79 
 
 		 819 aa  189  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>