More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Maqu_3792 on replicon NC_008740
Organism: Marinobacter aquaeolei VT8



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  100 
 
 		 660 aa  1365    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  39.11 
 
 		 646 aa  436  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  32.97 
 
 		 758 aa  336  9e-91  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  32.35 
 
 		 805 aa  333  5e-90  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  32.5 
 
 		 840 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  31.89 
 
 		 735 aa  323  7e-87  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  32.42 
 
 		 815 aa  323  9.000000000000001e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  32.27 
 
 		 857 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  31.75 
 
 		 736 aa  322  9.999999999999999e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  31.75 
 
 		 749 aa  322  9.999999999999999e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  32.12 
 
 		 857 aa  321  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  31.22 
 
 		 859 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  32.17 
 
 		 1055 aa  317  5e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  31.76 
 
 		 857 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  30.36 
 
 		 818 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  31.2 
 
 		 758 aa  316  9.999999999999999e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  31.36 
 
 		 755 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  30.2 
 
 		 937 aa  313  9e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  31.22 
 
 		 722 aa  311  2e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  31.38 
 
 		 803 aa  312  2e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  31.6 
 
 		 906 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  30.67 
 
 		 810 aa  310  4e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  30.75 
 
 		 749 aa  310  5.9999999999999995e-83  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  31.6 
 
 		 907 aa  310  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  29.97 
 
 		 834 aa  308  1.0000000000000001e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  30.52 
 
 		 821 aa  309  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  31 
 
 		 861 aa  307  5.0000000000000004e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  31.06 
 
 		 876 aa  306  7e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  31.12 
 
 		 813 aa  306  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  30.46 
 
 		 833 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  31.55 
 
 		 829 aa  306  1.0000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  30.89 
 
 		 865 aa  305  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.408138 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  30.97 
 
 		 813 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  30.97 
 
 		 813 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  30.37 
 
 		 833 aa  304  4.0000000000000003e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  30.97 
 
 		 813 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  30.97 
 
 		 813 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  30.97 
 
 		 813 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  30.97 
 
 		 813 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  29.92 
 
 		 830 aa  303  8.000000000000001e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  30.97 
 
 		 813 aa  303  8.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  30.57 
 
 		 771 aa  302  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.216479 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  30.91 
 
 		 877 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  30.76 
 
 		 877 aa  301  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  30.91 
 
 		 870 aa  302  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  30.52 
 
 		 812 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  30.52 
 
 		 812 aa  302  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  29.89 
 
 		 826 aa  301  3e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  30.16 
 
 		 828 aa  300  4e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  29.53 
 
 		 804 aa  300  4e-80  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  30.52 
 
 		 812 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  30.52 
 
 		 812 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  30.52 
 
 		 812 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  30.63 
 
 		 836 aa  300  6e-80  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  30.14 
 
 		 819 aa  300  7e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  30.7 
 
 		 813 aa  300  8e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  30.71 
 
 		 818 aa  299  1e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.31 
 
 		 838 aa  298  2e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1407  ribonuclease R  28.55 
 
 		 880 aa  297  4e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243044  normal  0.755444 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  28.88 
 
 		 828 aa  297  5e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  30.19 
 
 		 819 aa  297  5e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  34.45 
 
 		 646 aa  296  9e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  30.4 
 
 		 818 aa  296  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  31.09 
 
 		 796 aa  296  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  29.51 
 
 		 801 aa  295  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  30.4 
 
 		 848 aa  294  3e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1425  ribonuclease R  31.11 
 
 		 752 aa  294  3e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  30.77 
 
 		 764 aa  294  3e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  29.62 
 
 		 726 aa  293  5e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  30.27 
 
 		 746 aa  293  5e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  30.77 
 
 		 764 aa  293  5e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  29.47 
 
 		 726 aa  293  7e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  30.25 
 
 		 864 aa  293  8e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  29.46 
 
 		 834 aa  292  1e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.98 
 
 		 824 aa  292  1e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  32.5 
 
 		 671 aa  290  5.0000000000000004e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  30.09 
 
 		 822 aa  290  7e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  30 
 
 		 807 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  30 
 
 		 807 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  30.05 
 
 		 805 aa  289  1e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  30 
 
 		 807 aa  289  1e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  30.28 
 
 		 746 aa  288  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  30.28 
 
 		 746 aa  288  2e-76  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  30 
 
 		 807 aa  287  4e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  29.85 
 
 		 807 aa  287  5e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  29.41 
 
 		 808 aa  287  5e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  31.09 
 
 		 842 aa  287  5e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  30.13 
 
 		 871 aa  286  5.999999999999999e-76  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  29.41 
 
 		 808 aa  286  5.999999999999999e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  28.84 
 
 		 844 aa  286  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  28.84 
 
 		 844 aa  286  7e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  28.84 
 
 		 844 aa  286  7e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  29.41 
 
 		 808 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  29.45 
 
 		 824 aa  286  1.0000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  30.89 
 
 		 842 aa  285  2.0000000000000002e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  30.31 
 
 		 876 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  29.73 
 
 		 812 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  29.73 
 
 		 886 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  29.73 
 
 		 838 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  29.73 
 
 		 838 aa  284  4.0000000000000003e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>