More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2016 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  73.91 
 
 		 644 aa  997    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  74.38 
 
 		 644 aa  1003    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  76.86 
 
 		 657 aa  1045    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  99.22 
 
 		 644 aa  1318    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1000    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  47.77 
 
 		 667 aa  639    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  74.22 
 
 		 644 aa  1001    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  48.93 
 
 		 671 aa  650    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  99.84 
 
 		 644 aa  1328    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  74.22 
 
 		 644 aa  1005    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  100 
 
 		 644 aa  1328    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  74.22 
 
 		 644 aa  1002    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  78.11 
 
 		 644 aa  1063    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  82.92 
 
 		 644 aa  1117    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  74.38 
 
 		 644 aa  1003    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  52.47 
 
 		 646 aa  673    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  78.11 
 
 		 644 aa  1065    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  60.93 
 
 		 645 aa  834    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  74.22 
 
 		 644 aa  1002    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  73.91 
 
 		 644 aa  997    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  50.3 
 
 		 659 aa  662    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  50.08 
 
 		 678 aa  664    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  74.07 
 
 		 644 aa  1003    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  75.93 
 
 		 643 aa  1027    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  74.22 
 
 		 644 aa  1002    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  74.81 
 
 		 644 aa  1020    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  41.38 
 
 		 656 aa  537  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  32.14 
 
 		 646 aa  300  5e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.11 
 
 		 660 aa  273  5.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  29.43 
 
 		 819 aa  230  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.94 
 
 		 817 aa  224  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  29.4 
 
 		 804 aa  224  4e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  30.89 
 
 		 842 aa  224  4.9999999999999996e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  31.09 
 
 		 805 aa  223  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  30.59 
 
 		 810 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  29.03 
 
 		 824 aa  218  4e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  28.77 
 
 		 805 aa  213  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  29.61 
 
 		 836 aa  211  3e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  28.92 
 
 		 808 aa  211  4e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  28.12 
 
 		 807 aa  210  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  28.12 
 
 		 807 aa  210  6e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  28.12 
 
 		 807 aa  210  6e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  28.92 
 
 		 808 aa  210  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  27.96 
 
 		 807 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  28.14 
 
 		 813 aa  209  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.33 
 
 		 813 aa  209  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  28.14 
 
 		 813 aa  209  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  28.77 
 
 		 808 aa  209  1e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  28.53 
 
 		 812 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  28.53 
 
 		 812 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  28.14 
 
 		 813 aa  208  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  28.53 
 
 		 812 aa  209  2e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  28.14 
 
 		 813 aa  208  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  28.53 
 
 		 812 aa  208  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  28.14 
 
 		 813 aa  208  3e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  28.14 
 
 		 813 aa  208  3e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  28.14 
 
 		 813 aa  208  3e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.36 
 
 		 829 aa  207  3e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  28.14 
 
 		 813 aa  208  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  30.53 
 
 		 829 aa  207  4e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  27.57 
 
 		 807 aa  207  4e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  28.51 
 
 		 819 aa  207  5e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  28.31 
 
 		 812 aa  206  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  29.46 
 
 		 838 aa  206  9e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  28.57 
 
 		 809 aa  206  9e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  28.19 
 
 		 826 aa  206  1e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  26.97 
 
 		 817 aa  205  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  28.55 
 
 		 822 aa  205  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  28.35 
 
 		 818 aa  204  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.31 
 
 		 735 aa  205  3e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  28.16 
 
 		 808 aa  204  3e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  28.29 
 
 		 833 aa  204  4e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  27.58 
 
 		 817 aa  204  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  27.58 
 
 		 817 aa  204  5e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  27.72 
 
 		 827 aa  203  7e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  28.31 
 
 		 749 aa  203  7e-51  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  27.72 
 
 		 827 aa  203  7e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  27.72 
 
 		 827 aa  203  7e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  30.62 
 
 		 1055 aa  203  8e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  28.6 
 
 		 758 aa  203  9e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  27.84 
 
 		 746 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  27.84 
 
 		 746 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  28.2 
 
 		 818 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  27.43 
 
 		 828 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001500  ribonuclease R  28.25 
 
 		 748 aa  202  1.9999999999999998e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.77708  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  28.4 
 
 		 819 aa  201  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  27.59 
 
 		 694 aa  201  3.9999999999999996e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  27.58 
 
 		 818 aa  200  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  27.52 
 
 		 826 aa  201  5e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  27.17 
 
 		 833 aa  200  7.999999999999999e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.15 
 
 		 824 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.81 
 
 		 833 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  28.4 
 
 		 749 aa  198  3e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  27.47 
 
 		 838 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  27.47 
 
 		 886 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  27.47 
 
 		 896 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  27.47 
 
 		 838 aa  197  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>