More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_0429 on replicon NC_009456
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  52.23 
 
 		 644 aa  692    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  80.95 
 
 		 667 aa  1114    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  52.53 
 
 		 644 aa  695    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  51.69 
 
 		 657 aa  687    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  52.62 
 
 		 644 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  52.62 
 
 		 644 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  50.08 
 
 		 644 aa  664    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  52.38 
 
 		 644 aa  694    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  50.08 
 
 		 644 aa  665    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  52.38 
 
 		 644 aa  694    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  52.62 
 
 		 644 aa  698    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  53.38 
 
 		 644 aa  700    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  52.62 
 
 		 644 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  52.62 
 
 		 644 aa  697    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  52.15 
 
 		 644 aa  695    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  52.23 
 
 		 644 aa  692    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  52.53 
 
 		 644 aa  695    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  49.92 
 
 		 644 aa  662    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  52.15 
 
 		 644 aa  696    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  52.29 
 
 		 643 aa  697    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  69.62 
 
 		 671 aa  974    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  52.38 
 
 		 644 aa  693    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  52.53 
 
 		 644 aa  695    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  51.31 
 
 		 644 aa  681    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  100 
 
 		 678 aa  1409    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  52.38 
 
 		 644 aa  694    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  47.77 
 
 		 645 aa  625  1e-178  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  46.7 
 
 		 646 aa  612  9.999999999999999e-175  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  44.86 
 
 		 659 aa  576  1.0000000000000001e-163  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  44.26 
 
 		 656 aa  566  1e-160  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.01 
 
 		 660 aa  265  2e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  29.91 
 
 		 646 aa  263  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  28.51 
 
 		 833 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  28.81 
 
 		 826 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  28.17 
 
 		 819 aa  206  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  28.42 
 
 		 817 aa  206  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  28.08 
 
 		 824 aa  204  3e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  27.57 
 
 		 810 aa  204  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  28.6 
 
 		 842 aa  203  9.999999999999999e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  31.12 
 
 		 819 aa  203  9.999999999999999e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  27.77 
 
 		 805 aa  202  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  27.45 
 
 		 755 aa  200  6e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  28.63 
 
 		 808 aa  198  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  28.06 
 
 		 808 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  27.45 
 
 		 836 aa  197  5.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  28.49 
 
 		 808 aa  197  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  27.43 
 
 		 838 aa  196  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  33.19 
 
 		 788 aa  194  3e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  33.55 
 
 		 795 aa  194  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  28.31 
 
 		 829 aa  193  8e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  26.25 
 
 		 770 aa  193  1e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.87 
 
 		 735 aa  193  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  27.88 
 
 		 807 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  32.97 
 
 		 788 aa  192  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  27.88 
 
 		 807 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  27.88 
 
 		 807 aa  192  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  27.74 
 
 		 807 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  28.26 
 
 		 805 aa  190  8e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  27.77 
 
 		 807 aa  189  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  27.91 
 
 		 809 aa  189  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  28.5 
 
 		 803 aa  187  5e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  25.45 
 
 		 749 aa  186  8e-46  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  28.85 
 
 		 848 aa  186  1.0000000000000001e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  25.45 
 
 		 736 aa  186  1.0000000000000001e-45  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  26.12 
 
 		 834 aa  186  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  29.47 
 
 		 1055 aa  185  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  29.11 
 
 		 895 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  28.67 
 
 		 833 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  26.02 
 
 		 804 aa  186  2.0000000000000003e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  27.22 
 
 		 907 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  26.8 
 
 		 906 aa  184  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  25.23 
 
 		 726 aa  185  3e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  26.81 
 
 		 758 aa  184  4.0000000000000006e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  25.23 
 
 		 726 aa  184  5.0000000000000004e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  28.65 
 
 		 864 aa  184  7e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  27.6 
 
 		 833 aa  183  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  28.73 
 
 		 896 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  28.73 
 
 		 812 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  28.73 
 
 		 896 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  28.73 
 
 		 886 aa  183  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  28.73 
 
 		 838 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  29.98 
 
 		 827 aa  182  1e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  28.73 
 
 		 838 aa  182  1e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  28.73 
 
 		 838 aa  182  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  27.25 
 
 		 758 aa  182  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  27.52 
 
 		 818 aa  182  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  30.04 
 
 		 827 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  30.04 
 
 		 827 aa  182  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  29 
 
 		 818 aa  182  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  24.47 
 
 		 833 aa  181  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  26.85 
 
 		 812 aa  181  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  26.85 
 
 		 812 aa  180  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  27.37 
 
 		 818 aa  180  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  29.85 
 
 		 828 aa  180  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  27.59 
 
 		 871 aa  179  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  25.04 
 
 		 857 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  26.44 
 
 		 808 aa  179  1e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  28.54 
 
 		 817 aa  179  2e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  26.7 
 
 		 812 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  26.7 
 
 		 812 aa  179  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>