More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1743 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  75.31 
 
 		 644 aa  1021    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  75.62 
 
 		 644 aa  1025    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  75.93 
 
 		 644 aa  1028    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  75.62 
 
 		 644 aa  1025    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  88.49 
 
 		 657 aa  1195    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  51 
 
 		 671 aa  681    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  74.14 
 
 		 644 aa  1013    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  75.31 
 
 		 644 aa  1021    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  100 
 
 		 643 aa  1323    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  75.78 
 
 		 644 aa  1025    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  75.78 
 
 		 644 aa  1026    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  76.09 
 
 		 644 aa  1026    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  52.29 
 
 		 678 aa  697    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  75.78 
 
 		 644 aa  1026    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  83.23 
 
 		 644 aa  1122    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  51.62 
 
 		 646 aa  673    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  75.62 
 
 		 644 aa  1025    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  75.78 
 
 		 644 aa  1026    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  61.9 
 
 		 645 aa  856    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  50.46 
 
 		 667 aa  671    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  75.93 
 
 		 644 aa  1028    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  75.93 
 
 		 644 aa  1026    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  78.26 
 
 		 644 aa  1061    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  50.53 
 
 		 659 aa  669    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  75.78 
 
 		 644 aa  1026    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  82.61 
 
 		 644 aa  1117    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  75.93 
 
 		 644 aa  1027    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  75.93 
 
 		 644 aa  1028    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  75.62 
 
 		 644 aa  1025    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  41.1 
 
 		 656 aa  537  1e-151  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  33.33 
 
 		 646 aa  292  1e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  33.44 
 
 		 660 aa  256  6e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  31.61 
 
 		 842 aa  229  8e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  29.28 
 
 		 819 aa  219  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  30.58 
 
 		 805 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.23 
 
 		 838 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  30.23 
 
 		 836 aa  214  3.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  29.2 
 
 		 810 aa  213  5.999999999999999e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  28.63 
 
 		 828 aa  208  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  28.19 
 
 		 817 aa  209  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  28.49 
 
 		 827 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  28.19 
 
 		 817 aa  209  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  28.49 
 
 		 827 aa  208  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  28.49 
 
 		 827 aa  208  3e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  28.94 
 
 		 749 aa  207  6e-52  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  28.88 
 
 		 736 aa  206  8e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  27.88 
 
 		 812 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  26.77 
 
 		 763 aa  204  3e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  27.88 
 
 		 838 aa  204  4e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  27.88 
 
 		 838 aa  204  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  27.88 
 
 		 886 aa  204  4e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  27.88 
 
 		 838 aa  204  4e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  27.88 
 
 		 896 aa  204  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  27.88 
 
 		 896 aa  204  5e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  28.53 
 
 		 805 aa  203  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  28.05 
 
 		 895 aa  203  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  30.03 
 
 		 829 aa  202  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  27.86 
 
 		 818 aa  200  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  27.91 
 
 		 817 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  27.31 
 
 		 817 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  33.09 
 
 		 795 aa  198  3e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  27.8 
 
 		 807 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  30.76 
 
 		 1055 aa  197  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  28.31 
 
 		 826 aa  197  7e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  27.13 
 
 		 833 aa  197  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  26.98 
 
 		 833 aa  197  7e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  27.09 
 
 		 737 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  27.47 
 
 		 807 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  27.47 
 
 		 807 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  27.47 
 
 		 807 aa  195  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  32.61 
 
 		 754 aa  195  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  26.55 
 
 		 758 aa  194  3e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  28.72 
 
 		 937 aa  194  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  28.05 
 
 		 808 aa  194  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  28.41 
 
 		 796 aa  194  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  27.31 
 
 		 807 aa  194  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.46 
 
 		 735 aa  193  7e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  26.07 
 
 		 694 aa  193  9e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  34.95 
 
 		 762 aa  192  1e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  28.46 
 
 		 833 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  34.66 
 
 		 762 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  28.4 
 
 		 720 aa  192  2e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1891  ribonuclease R  27.63 
 
 		 746 aa  192  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1565  ribonuclease R  27.63 
 
 		 746 aa  192  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000702631 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  28.48 
 
 		 808 aa  192  2e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  32.47 
 
 		 761 aa  191  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  32.53 
 
 		 787 aa  191  4e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  33.99 
 
 		 788 aa  191  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  34.2 
 
 		 788 aa  190  5e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  28.33 
 
 		 808 aa  191  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  28.97 
 
 		 829 aa  189  9e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.23 
 
 		 877 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  28.51 
 
 		 809 aa  189  1e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  27.19 
 
 		 857 aa  188  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  28.55 
 
 		 715 aa  189  2e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  27.08 
 
 		 877 aa  189  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2601  ribonuclease R  26.74 
 
 		 737 aa  188  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0821887  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  27.38 
 
 		 808 aa  187  5e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  27.04 
 
 		 828 aa  187  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  27.04 
 
 		 857 aa  187  6e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>