More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_2270 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  100 
 
 
656 aa  1360    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  44.26 
 
 
678 aa  566  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  43.4 
 
 
671 aa  565  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  43.8 
 
 
667 aa  561  1e-158  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  41.81 
 
 
646 aa  543  1e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  41.38 
 
 
644 aa  536  1e-151  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  40.34 
 
 
644 aa  535  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  41.38 
 
 
644 aa  537  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  41.38 
 
 
644 aa  538  1e-151  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  41.1 
 
 
643 aa  537  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  40.8 
 
 
644 aa  534  1e-150  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  41.87 
 
 
644 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  41.87 
 
 
644 aa  529  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  41.87 
 
 
644 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  41.85 
 
 
644 aa  529  1e-149  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  41.87 
 
 
644 aa  530  1e-149  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  40.03 
 
 
657 aa  528  1e-148  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  41.87 
 
 
644 aa  528  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  41.23 
 
 
644 aa  519  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  41.23 
 
 
644 aa  519  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  41.23 
 
 
644 aa  519  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  41.38 
 
 
644 aa  521  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  41.23 
 
 
644 aa  520  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  41.23 
 
 
644 aa  520  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  41.38 
 
 
644 aa  521  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  41.23 
 
 
644 aa  519  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  41.23 
 
 
644 aa  519  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  39.85 
 
 
644 aa  511  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  40.18 
 
 
645 aa  504  1e-141  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  41.38 
 
 
659 aa  493  9.999999999999999e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  31.84 
 
 
646 aa  271  2e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.65 
 
 
660 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  28.51 
 
 
805 aa  236  7e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30 
 
 
735 aa  233  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  30.32 
 
 
1055 aa  232  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  29.63 
 
 
749 aa  228  2e-58  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  29.63 
 
 
736 aa  228  3e-58  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  28.15 
 
 
758 aa  224  3e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  31.59 
 
 
895 aa  223  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  31.08 
 
 
818 aa  221  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  30.69 
 
 
812 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  30.69 
 
 
896 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  30.69 
 
 
896 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  30.69 
 
 
886 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  30.69 
 
 
838 aa  221  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  30.69 
 
 
838 aa  221  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  30.69 
 
 
838 aa  221  5e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  30.64 
 
 
817 aa  220  6e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1707  ribonuclease R  30.64 
 
 
833 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.497255  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2540  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  30.44 
 
 
833 aa  220  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0548982  normal  0.714199 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  27.36 
 
 
842 aa  219  2e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  30.68 
 
 
827 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  30.68 
 
 
827 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  30.68 
 
 
827 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  28.12 
 
 
836 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  27.56 
 
 
819 aa  218  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  30.49 
 
 
828 aa  218  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  26.81 
 
 
840 aa  216  8e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  30.35 
 
 
755 aa  216  9e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  30.58 
 
 
817 aa  216  9e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  30.58 
 
 
817 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  27.96 
 
 
838 aa  214  2.9999999999999995e-54  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  28.21 
 
 
758 aa  213  7.999999999999999e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1976  ribonuclease R  30.73 
 
 
746 aa  212  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00374672  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  30.81 
 
 
870 aa  207  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1164  ribonuclease R  28.7 
 
 
848 aa  207  5e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.284134  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2092  RNAse R  30.32 
 
 
876 aa  206  7e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.300457 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  26.51 
 
 
805 aa  207  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2855  ribonuclease R  30.3 
 
 
733 aa  205  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.180659 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  28.97 
 
 
864 aa  205  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  27.49 
 
 
808 aa  204  5e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  28.03 
 
 
826 aa  203  7e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  27.34 
 
 
808 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  29.98 
 
 
796 aa  203  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  26.38 
 
 
817 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  27.34 
 
 
808 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  28.4 
 
 
907 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  27.98 
 
 
824 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  30.58 
 
 
804 aa  202  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  27.65 
 
 
826 aa  201  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  28.82 
 
 
748 aa  201  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  26.72 
 
 
829 aa  201  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1983  exoribonuclease II  29.62 
 
 
744 aa  201  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0944364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  27.93 
 
 
906 aa  201  5e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  27.27 
 
 
833 aa  200  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  27.63 
 
 
876 aa  200  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  27.8 
 
 
871 aa  200  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  26.89 
 
 
807 aa  199  9e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  26.89 
 
 
807 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  26.89 
 
 
807 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  26.89 
 
 
807 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  27.26 
 
 
818 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  27.19 
 
 
809 aa  199  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  26.74 
 
 
807 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.8 
 
 
877 aa  198  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1240  ribonuclease R  29.36 
 
 
764 aa  198  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2568  ribonuclease R  29.36 
 
 
764 aa  198  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0166651 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  27.7 
 
 
810 aa  198  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4951  ribonuclease R  31.13 
 
 
865 aa  197  4.0000000000000005e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.408138 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2988  ribonuclease R  29.49 
 
 
771 aa  197  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.216479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>