More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2638 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  74.38 
 
 
644 aa  1018    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1022    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  74.84 
 
 
644 aa  1018    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  78.26 
 
 
643 aa  1061    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  100 
 
 
644 aa  1330    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  82.76 
 
 
644 aa  1116    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  50.77 
 
 
671 aa  671    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1022    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  82.92 
 
 
644 aa  1117    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1022    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  74.53 
 
 
644 aa  1020    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  74.38 
 
 
644 aa  1018    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  82.92 
 
 
644 aa  1117    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  52 
 
 
646 aa  669    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  60.96 
 
 
645 aa  831    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  79.81 
 
 
644 aa  1084    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  53.38 
 
 
678 aa  700    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  48.71 
 
 
659 aa  645    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1021    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  78.42 
 
 
657 aa  1060    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  74.53 
 
 
644 aa  1019    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  75.23 
 
 
644 aa  1021    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1014    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  80.43 
 
 
644 aa  1088    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  50.46 
 
 
667 aa  668    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  74.69 
 
 
644 aa  1021    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  39.85 
 
 
656 aa  511  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  31.93 
 
 
646 aa  293  9e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  34.23 
 
 
660 aa  276  6e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  30.88 
 
 
819 aa  244  3e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  31.43 
 
 
842 aa  238  2e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  31.35 
 
 
810 aa  231  2e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  27.58 
 
 
694 aa  218  2e-55  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  29.82 
 
 
735 aa  219  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  30.65 
 
 
838 aa  218  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.74 
 
 
817 aa  218  4e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  29.31 
 
 
805 aa  216  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  30.66 
 
 
836 aa  216  9.999999999999999e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  30.2 
 
 
829 aa  216  9.999999999999999e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  29.06 
 
 
826 aa  214  2.9999999999999995e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  28.61 
 
 
895 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  28.26 
 
 
886 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  28.26 
 
 
838 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  28.26 
 
 
838 aa  213  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  29.86 
 
 
805 aa  213  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  28.26 
 
 
896 aa  212  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  28.3 
 
 
817 aa  212  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  28.3 
 
 
817 aa  213  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  28.26 
 
 
896 aa  212  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  28.26 
 
 
838 aa  213  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  28.26 
 
 
812 aa  212  2e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  28.59 
 
 
827 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  28.59 
 
 
827 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  28.59 
 
 
827 aa  212  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  28.51 
 
 
828 aa  211  3e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1686  ribonuclease R  28.72 
 
 
818 aa  210  8e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.133651 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  28.92 
 
 
804 aa  206  8e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  29.01 
 
 
736 aa  206  9e-52  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  29.01 
 
 
749 aa  206  1e-51  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  28.55 
 
 
807 aa  206  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  26.4 
 
 
763 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  28.88 
 
 
829 aa  205  3e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  30.48 
 
 
1055 aa  204  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  28.35 
 
 
812 aa  204  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  28.35 
 
 
812 aa  204  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  28.35 
 
 
812 aa  204  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  28.25 
 
 
828 aa  204  5e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  28.66 
 
 
857 aa  203  6e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  28.22 
 
 
812 aa  203  7e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  28.42 
 
 
812 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  28.18 
 
 
833 aa  203  9.999999999999999e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  28.93 
 
 
857 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  27.9 
 
 
813 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.9 
 
 
813 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  28.51 
 
 
857 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  27.63 
 
 
813 aa  202  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  27.9 
 
 
813 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1697  ribonuclease R  28.28 
 
 
817 aa  202  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.892677 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  27.41 
 
 
824 aa  202  1.9999999999999998e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  27.89 
 
 
877 aa  201  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.98 
 
 
877 aa  201  3e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  27.63 
 
 
813 aa  201  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  28.27 
 
 
808 aa  201  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  28.29 
 
 
808 aa  201  3.9999999999999996e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  27.63 
 
 
813 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  27.63 
 
 
813 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  27.63 
 
 
813 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  27.63 
 
 
813 aa  201  3.9999999999999996e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  28.14 
 
 
807 aa  201  5e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  28.14 
 
 
807 aa  201  5e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  28.14 
 
 
807 aa  200  5e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  26.59 
 
 
758 aa  200  6e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  29.74 
 
 
720 aa  200  6e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.02 
 
 
824 aa  200  7e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  28.12 
 
 
808 aa  199  9e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  28.78 
 
 
859 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2700  ribonuclease R  28.73 
 
 
796 aa  199  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.749256  normal  0.419976 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>