More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1943 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  59.73 
 
 		 698 aa  890    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  50.2 
 
 		 735 aa  690    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  100 
 
 		 735 aa  1482    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  63.76 
 
 		 698 aa  940    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  45.99 
 
 		 680 aa  615  9.999999999999999e-175  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  44.32 
 
 		 689 aa  611  1e-173  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  25.78 
 
 		 666 aa  170  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  25.31 
 
 		 680 aa  157  9e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  25.04 
 
 		 674 aa  138  3.0000000000000003e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  25.72 
 
 		 676 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  27.94 
 
 		 671 aa  126  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  30.37 
 
 		 659 aa  125  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  29.6 
 
 		 685 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  24.79 
 
 		 617 aa  119  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  27.82 
 
 		 637 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  26.32 
 
 		 810 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  27.52 
 
 		 676 aa  114  5e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.65 
 
 		 671 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  29.23 
 
 		 686 aa  112  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  26.98 
 
 		 813 aa  112  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  25.39 
 
 		 671 aa  111  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  24.23 
 
 		 670 aa  110  1e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  26.48 
 
 		 907 aa  110  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  25.27 
 
 		 822 aa  109  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  26.32 
 
 		 819 aa  108  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  27.45 
 
 		 861 aa  108  4e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  27.46 
 
 		 619 aa  108  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  27.55 
 
 		 622 aa  107  7e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  26.92 
 
 		 906 aa  107  7e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3602  exoribonuclease R  25.65 
 
 		 818 aa  107  9e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  24.87 
 
 		 813 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  24.87 
 
 		 813 aa  105  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  25.13 
 
 		 813 aa  106  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  24.87 
 
 		 813 aa  105  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  27.73 
 
 		 637 aa  105  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  25.07 
 
 		 821 aa  105  2e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  24.79 
 
 		 646 aa  106  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  26.83 
 
 		 819 aa  105  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  26.08 
 
 		 830 aa  106  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  24.87 
 
 		 813 aa  105  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  25.49 
 
 		 877 aa  105  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  25.07 
 
 		 818 aa  105  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  26.15 
 
 		 657 aa  105  4e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  24.87 
 
 		 813 aa  104  5e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  26.49 
 
 		 833 aa  104  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  24.87 
 
 		 813 aa  104  5e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  24.87 
 
 		 813 aa  104  5e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  24.87 
 
 		 813 aa  104  5e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  28.5 
 
 		 635 aa  104  6e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  28.64 
 
 		 692 aa  103  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  28.64 
 
 		 692 aa  103  8e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  28.64 
 
 		 692 aa  104  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  28.64 
 
 		 639 aa  103  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  28.64 
 
 		 692 aa  103  8e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  28.64 
 
 		 692 aa  103  8e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  28.64 
 
 		 692 aa  104  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  25.07 
 
 		 804 aa  103  8e-21  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  27.84 
 
 		 644 aa  103  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  27.08 
 
 		 824 aa  103  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  25.25 
 
 		 877 aa  103  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  26.51 
 
 		 722 aa  103  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  26.32 
 
 		 674 aa  103  1e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  26.91 
 
 		 707 aa  103  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  26.42 
 
 		 695 aa  103  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  25.37 
 
 		 763 aa  103  1e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  26.01 
 
 		 826 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0438  exoribonuclease R  25.06 
 
 		 828 aa  103  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.845016  unclonable  0.0000000698245 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  26.53 
 
 		 643 aa  102  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  25 
 
 		 876 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  26.4 
 
 		 857 aa  102  2e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  25.27 
 
 		 812 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  25.27 
 
 		 812 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  27.13 
 
 		 691 aa  102  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  24.11 
 
 		 805 aa  102  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  25.27 
 
 		 812 aa  102  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  24.21 
 
 		 683 aa  102  3e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  26.13 
 
 		 858 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  26.41 
 
 		 817 aa  102  4e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  25.61 
 
 		 808 aa  101  4e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  25.61 
 
 		 808 aa  101  4e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  25.54 
 
 		 833 aa  102  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  24.37 
 
 		 812 aa  101  5e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  24.8 
 
 		 834 aa  101  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  23.93 
 
 		 427 aa  101  6e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  26 
 
 		 755 aa  100  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  25 
 
 		 812 aa  100  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  26.08 
 
 		 834 aa  100  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  25.33 
 
 		 766 aa  100  1e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  25.07 
 
 		 844 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  25.55 
 
 		 824 aa  99.8  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  24.15 
 
 		 686 aa  100  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  25.07 
 
 		 844 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  27.1 
 
 		 646 aa  100  1e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  28.89 
 
 		 469 aa  99.8  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  25.07 
 
 		 844 aa  100  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  26.89 
 
 		 644 aa  100  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  25.54 
 
 		 809 aa  100  1e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  25.88 
 
 		 808 aa  99.8  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  25.4 
 
 		 807 aa  99.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  25.4 
 
 		 807 aa  99.4  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>