More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0448 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  100 
 
 		 666 aa  1374    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  35.59 
 
 		 680 aa  398  1e-109  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  30.62 
 
 		 671 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  29.96 
 
 		 659 aa  251  2e-65  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  28.23 
 
 		 674 aa  237  5.0000000000000005e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  29.44 
 
 		 671 aa  228  4e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  29.44 
 
 		 671 aa  226  7e-58  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  28.95 
 
 		 686 aa  226  9e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  28.88 
 
 		 670 aa  226  1e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  31.53 
 
 		 676 aa  222  1.9999999999999999e-56  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  29.1 
 
 		 683 aa  216  9e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  28.46 
 
 		 645 aa  200  6e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  27.34 
 
 		 698 aa  191  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  25.65 
 
 		 689 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  26.1 
 
 		 680 aa  180  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  34.62 
 
 		 676 aa  177  4e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0752  ribonuclease R  34.68 
 
 		 794 aa  174  3.9999999999999995e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0521  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  32.76 
 
 		 762 aa  173  7.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00138071  normal  0.147067 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf396  VacB-like exoribonuclease II  33.61 
 
 		 718 aa  173  9e-42  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  32.39 
 
 		 766 aa  173  9e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  30.9 
 
 		 469 aa  173  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  34.86 
 
 		 791 aa  171  4e-41  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  31.56 
 
 		 704 aa  171  4e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  33.53 
 
 		 813 aa  170  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  31.91 
 
 		 674 aa  170  9e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  25.78 
 
 		 735 aa  170  9e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  31.56 
 
 		 762 aa  170  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  30.53 
 
 		 705 aa  168  2e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  31.25 
 
 		 1182 aa  168  2.9999999999999998e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  31.7 
 
 		 795 aa  167  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  34.55 
 
 		 683 aa  167  5e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1911  ribonuclease R  33.25 
 
 		 770 aa  167  6.9999999999999995e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  33.43 
 
 		 709 aa  166  1.0000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  33.14 
 
 		 710 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  33.14 
 
 		 710 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  31.19 
 
 		 716 aa  166  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  32.74 
 
 		 863 aa  165  3e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  30.65 
 
 		 806 aa  164  3e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15730  ribonuclease R  32.93 
 
 		 706 aa  164  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000333488  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  31.51 
 
 		 758 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  30.91 
 
 		 806 aa  164  6e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0668  ribonuclease R  31 
 
 		 795 aa  163  8.000000000000001e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.000000570881  normal  0.0119217 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  32.53 
 
 		 706 aa  163  9e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  30.65 
 
 		 806 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  30.4 
 
 		 808 aa  163  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  30.65 
 
 		 804 aa  162  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  30.4 
 
 		 810 aa  162  1e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  30.4 
 
 		 808 aa  162  1e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  30.4 
 
 		 808 aa  163  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  30.65 
 
 		 814 aa  162  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  30.4 
 
 		 812 aa  162  2e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  32.04 
 
 		 805 aa  162  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  31.23 
 
 		 737 aa  160  6e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  28.8 
 
 		 815 aa  158  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  31.4 
 
 		 716 aa  159  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  32.82 
 
 		 715 aa  158  3e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  29.3 
 
 		 788 aa  157  5.0000000000000005e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  29.51 
 
 		 757 aa  157  5.0000000000000005e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  31.65 
 
 		 833 aa  157  7e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0747  ribonuclease R  31.64 
 
 		 903 aa  156  9e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.197271  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  29.02 
 
 		 857 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_002620  TC0676  VacB/Rnb family exoribonuclease  27.74 
 
 		 692 aa  155  2e-36  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  26.44 
 
 		 709 aa  155  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0273  ribonuclease R  32.5 
 
 		 770 aa  155  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.112412  normal  0.673615 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  28.76 
 
 		 857 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  29.84 
 
 		 792 aa  155  2.9999999999999998e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1962  ribonuclease R  33.74 
 
 		 791 aa  155  2.9999999999999998e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.197804  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0424  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  30.51 
 
 		 665 aa  154  4e-36  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.18374  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  29.02 
 
 		 857 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_006686  CND00800  conserved hypothetical protein  29.47 
 
 		 1002 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.123934  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  28.95 
 
 		 828 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0394  ribonuclease R  29.17 
 
 		 801 aa  153  8e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00157968  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  30.52 
 
 		 702 aa  153  1e-35  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  31.91 
 
 		 695 aa  152  1e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  31.3 
 
 		 749 aa  152  2e-35  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  31.71 
 
 		 886 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0925  ribonuclease R  32.16 
 
 		 1037 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  30.07 
 
 		 736 aa  152  2e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  30.81 
 
 		 819 aa  151  3e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  31.18 
 
 		 758 aa  150  6e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  30.92 
 
 		 751 aa  150  6e-35  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  29.91 
 
 		 751 aa  150  7e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  28.72 
 
 		 859 aa  150  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  29.1 
 
 		 906 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  29.91 
 
 		 751 aa  150  1.0000000000000001e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  29.89 
 
 		 907 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  31.73 
 
 		 826 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  30.29 
 
 		 770 aa  149  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  31.25 
 
 		 824 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1342  exoribonuclease R  30.48 
 
 		 667 aa  149  2.0000000000000003e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1353  ribonuclease R  32.23 
 
 		 722 aa  148  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00219332  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  29.92 
 
 		 810 aa  148  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  28.88 
 
 		 726 aa  148  3e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0770  ribonuclease R  30.22 
 
 		 708 aa  148  3e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.246847  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  30.4 
 
 		 844 aa  148  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  30.4 
 
 		 844 aa  148  4.0000000000000006e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.69 
 
 		 817 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3646  exoribonuclease R  30.4 
 
 		 844 aa  148  4.0000000000000006e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09080  VacB/RNase II-like 3'-5' exoribonuclease  30.33 
 
 		 670 aa  147  5e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.132674 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  31.07 
 
 		 722 aa  147  5e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>