More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_2285 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  100 
 
 		 689 aa  1394    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  48.37 
 
 		 680 aa  634  1e-180  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  46.21 
 
 		 698 aa  622  1e-177  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  44.18 
 
 		 735 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  46.21 
 
 		 698 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  42.78 
 
 		 735 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  28.65 
 
 		 680 aa  204  6e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  25.65 
 
 		 666 aa  184  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  26.15 
 
 		 671 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.99 
 
 		 671 aa  150  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  24.77 
 
 		 674 aa  149  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  34.18 
 
 		 659 aa  145  2e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  25.6 
 
 		 676 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  26.26 
 
 		 670 aa  142  3e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  28.06 
 
 		 671 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  31.9 
 
 		 676 aa  136  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  30.33 
 
 		 683 aa  135  1.9999999999999998e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  26.45 
 
 		 427 aa  131  3e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  30.59 
 
 		 674 aa  123  9e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  25.68 
 
 		 686 aa  123  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  29.71 
 
 		 777 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  28.08 
 
 		 858 aa  118  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  28.2 
 
 		 706 aa  116  1.0000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  26.67 
 
 		 752 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  24.8 
 
 		 694 aa  115  2.0000000000000002e-24  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2866  ribonuclease R  25.59 
 
 		 716 aa  113  1.0000000000000001e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0172601  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  27.75 
 
 		 645 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  29.14 
 
 		 712 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  24.75 
 
 		 792 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3792  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.76 
 
 		 660 aa  112  3e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  31.14 
 
 		 685 aa  111  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  26.62 
 
 		 683 aa  110  7.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  27.03 
 
 		 857 aa  110  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  25.76 
 
 		 709 aa  110  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  29.13 
 
 		 707 aa  109  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  29.39 
 
 		 886 aa  109  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  28.89 
 
 		 469 aa  109  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  28.66 
 
 		 910 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  26.77 
 
 		 857 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  25.76 
 
 		 806 aa  108  3e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  26.01 
 
 		 814 aa  108  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  29.18 
 
 		 646 aa  108  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  25.76 
 
 		 808 aa  108  4e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  25.76 
 
 		 804 aa  108  4e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  25.76 
 
 		 810 aa  108  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  25.76 
 
 		 808 aa  108  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  25.76 
 
 		 808 aa  108  4e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1629  ribonuclease R  24.73 
 
 		 709 aa  108  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.290975 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  25.76 
 
 		 812 aa  108  4e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  25.76 
 
 		 806 aa  108  4e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  25.76 
 
 		 806 aa  108  4e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  25.49 
 
 		 758 aa  107  5e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  26.09 
 
 		 720 aa  107  6e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0817  ribonuclease II  26.8 
 
 		 497 aa  107  7e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0711  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  25.41 
 
 		 619 aa  107  7e-22  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0424  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.3 
 
 		 665 aa  107  8e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.18374  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0773  ribonuclease R  24.36 
 
 		 695 aa  107  1e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000896455  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  26.86 
 
 		 863 aa  106  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  24.75 
 
 		 617 aa  106  2e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  28.48 
 
 		 656 aa  106  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  27.35 
 
 		 745 aa  105  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  24.35 
 
 		 788 aa  106  2e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  25.88 
 
 		 623 aa  105  3e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  29.97 
 
 		 644 aa  105  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  26.92 
 
 		 749 aa  104  7e-21  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0063  ribonuclease R  25.15 
 
 		 721 aa  103  8e-21  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  24.67 
 
 		 792 aa  103  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  25.52 
 
 		 722 aa  103  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  23.7 
 
 		 759 aa  103  1e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0210  ribonuclease R  30.35 
 
 		 715 aa  103  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0123436  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  26.44 
 
 		 757 aa  103  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  30.68 
 
 		 602 aa  102  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  28.35 
 
 		 644 aa  102  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  25.3 
 
 		 762 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  28.89 
 
 		 643 aa  102  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  27.59 
 
 		 781 aa  102  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  28.35 
 
 		 644 aa  102  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  25.42 
 
 		 895 aa  102  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  24.93 
 
 		 758 aa  102  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  25.75 
 
 		 842 aa  101  4e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  28.27 
 
 		 702 aa  101  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  23 
 
 		 751 aa  101  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  23 
 
 		 751 aa  101  4e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  25.59 
 
 		 763 aa  101  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  26.55 
 
 		 815 aa  100  6e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  27.94 
 
 		 657 aa  100  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  28.61 
 
 		 691 aa  100  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  28.17 
 
 		 644 aa  100  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  24.33 
 
 		 718 aa  100  1e-19  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  26.55 
 
 		 813 aa  100  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  24.94 
 
 		 838 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  25.4 
 
 		 701 aa  99.8  2e-19  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  24.94 
 
 		 838 aa  99  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  24.94 
 
 		 812 aa  99.4  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  24.94 
 
 		 896 aa  99.4  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  27.76 
 
 		 791 aa  99.4  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1726  exoribonuclease R  24.29 
 
 		 774 aa  99  2e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.388166  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  24.94 
 
 		 838 aa  99  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  25.4 
 
 		 906 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  24.94 
 
 		 896 aa  99.4  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>