More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0179 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  51.57 
 
 		 735 aa  699    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  100 
 
 		 698 aa  1418    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  60.49 
 
 		 698 aa  859    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  63.76 
 
 		 735 aa  941    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  46.21 
 
 		 689 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  46.86 
 
 		 680 aa  600  1e-170  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  25.87 
 
 		 680 aa  161  4e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  27.71 
 
 		 659 aa  161  5e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  23.46 
 
 		 666 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  24.8 
 
 		 617 aa  131  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  27.93 
 
 		 676 aa  127  6e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  24.79 
 
 		 674 aa  123  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  26.07 
 
 		 635 aa  117  6e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  27.93 
 
 		 671 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  30.77 
 
 		 646 aa  117  7.999999999999999e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  26.13 
 
 		 766 aa  112  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  26.41 
 
 		 646 aa  112  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  30.03 
 
 		 685 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4960  ribonuclease R  27.78 
 
 		 1004 aa  111  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.51612 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  24.71 
 
 		 683 aa  111  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  28.21 
 
 		 637 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  27 
 
 		 674 aa  110  8.000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  28.57 
 
 		 637 aa  109  1e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  29.76 
 
 		 762 aa  110  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  27.96 
 
 		 692 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  27.96 
 
 		 692 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  27.96 
 
 		 692 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  27.96 
 
 		 639 aa  109  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  27.96 
 
 		 692 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  24.6 
 
 		 670 aa  109  2e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  27.96 
 
 		 692 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  27.96 
 
 		 692 aa  109  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  30.06 
 
 		 762 aa  108  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  30.67 
 
 		 863 aa  108  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1581  ribonuclease R  27.12 
 
 		 813 aa  107  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.917433  normal  0.242875 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  30.03 
 
 		 680 aa  107  9e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  29.53 
 
 		 763 aa  106  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  27.66 
 
 		 676 aa  106  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  27.9 
 
 		 707 aa  105  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  24.84 
 
 		 751 aa  106  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  24.92 
 
 		 751 aa  106  2e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  28.21 
 
 		 619 aa  105  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  24.78 
 
 		 710 aa  104  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  30.65 
 
 		 787 aa  105  4e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  22.74 
 
 		 676 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  24.88 
 
 		 710 aa  104  5e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  28.07 
 
 		 695 aa  104  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  29.38 
 
 		 693 aa  104  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1439  exoribonuclease R  25.86 
 
 		 726 aa  103  9e-21  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  27.35 
 
 		 622 aa  103  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  25.26 
 
 		 427 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  25.87 
 
 		 736 aa  102  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  29.91 
 
 		 795 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  28.81 
 
 		 803 aa  102  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  28.54 
 
 		 705 aa  103  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  27.06 
 
 		 686 aa  102  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  29.54 
 
 		 788 aa  102  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  26.17 
 
 		 826 aa  102  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  25.58 
 
 		 749 aa  102  3e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  27.18 
 
 		 1182 aa  101  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  29.23 
 
 		 788 aa  101  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  28.4 
 
 		 698 aa  101  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2599  ribonuclease II  28.4 
 
 		 615 aa  101  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  28.4 
 
 		 698 aa  101  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  28.96 
 
 		 755 aa  100  7e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0146  ribonuclease R  25.99 
 
 		 757 aa  100  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.234188  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0915  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.05 
 
 		 756 aa  100  8e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  29.14 
 
 		 691 aa  100  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  25.5 
 
 		 681 aa  99.8  1e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  29.39 
 
 		 783 aa  99.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  28.12 
 
 		 817 aa  100  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3445  exoribonuclease R  25.95 
 
 		 818 aa  100  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.866643  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3715  ribonuclease R  23.76 
 
 		 795 aa  99.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.713746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  30.51 
 
 		 782 aa  99.8  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  28.74 
 
 		 790 aa  99.4  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  28.36 
 
 		 712 aa  99.8  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  25.94 
 
 		 643 aa  99.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  25.56 
 
 		 644 aa  99  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  26.17 
 
 		 819 aa  98.6  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  25.86 
 
 		 833 aa  99  3e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  25.56 
 
 		 644 aa  99  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  27.73 
 
 		 758 aa  98.6  3e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  25.39 
 
 		 704 aa  98.2  4e-19  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  30.55 
 
 		 469 aa  98.2  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  27.81 
 
 		 694 aa  98.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.22 
 
 		 671 aa  98.2  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  27.81 
 
 		 694 aa  98.6  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  27.55 
 
 		 696 aa  97.8  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  26.98 
 
 		 759 aa  97.4  8e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  27.5 
 
 		 815 aa  96.7  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  26.73 
 
 		 813 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  26.73 
 
 		 813 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  24.44 
 
 		 702 aa  96.7  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  26.96 
 
 		 824 aa  97.1  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  23.35 
 
 		 686 aa  96.7  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  26.73 
 
 		 813 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  27.44 
 
 		 810 aa  96.7  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  25.52 
 
 		 702 aa  96.7  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  29.08 
 
 		 1055 aa  96.7  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  25.91 
 
 		 857 aa  96.7  1e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>