More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0937 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  69.85 
 
 		 723 aa  981    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  72.36 
 
 		 692 aa  980    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  100 
 
 		 686 aa  1382    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  69.06 
 
 		 702 aa  956    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  72.58 
 
 		 695 aa  990    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  67.44 
 
 		 685 aa  887    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  70.31 
 
 		 691 aa  951    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  73.07 
 
 		 693 aa  999    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  72.99 
 
 		 695 aa  1009    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  68.46 
 
 		 707 aa  931    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  65.5 
 
 		 705 aa  877    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  47.14 
 
 		 714 aa  550  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  47.54 
 
 		 712 aa  545  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  46.73 
 
 		 690 aa  535  1e-150  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  46.02 
 
 		 695 aa  535  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  46.12 
 
 		 694 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  46.12 
 
 		 696 aa  533  1e-150  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  46.12 
 
 		 694 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  46.53 
 
 		 698 aa  529  1e-149  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  46.25 
 
 		 693 aa  530  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  45.41 
 
 		 696 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  45.41 
 
 		 696 aa  530  1e-149  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  46.2 
 
 		 692 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  46.38 
 
 		 698 aa  528  1e-148  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  46.2 
 
 		 692 aa  528  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  46.05 
 
 		 692 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  46.05 
 
 		 692 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  46.05 
 
 		 692 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  46.05 
 
 		 692 aa  525  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  45.21 
 
 		 701 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  45.52 
 
 		 709 aa  521  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  45.29 
 
 		 705 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  45.3 
 
 		 637 aa  514  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  43.75 
 
 		 635 aa  493  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  44.63 
 
 		 619 aa  488  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  46.24 
 
 		 637 aa  484  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  46.49 
 
 		 639 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  43.61 
 
 		 622 aa  465  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  40.78 
 
 		 676 aa  462  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  39.88 
 
 		 680 aa  447  1.0000000000000001e-124  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  39.66 
 
 		 617 aa  430  1e-119  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  29 
 
 		 659 aa  139  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  27.74 
 
 		 698 aa  114  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  24.03 
 
 		 666 aa  113  1.0000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  29.23 
 
 		 735 aa  112  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  23.57 
 
 		 671 aa  110  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  24.78 
 
 		 671 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  28.13 
 
 		 735 aa  108  3e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  25.34 
 
 		 671 aa  105  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  27.06 
 
 		 698 aa  103  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  26.46 
 
 		 670 aa  101  5e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  25.04 
 
 		 676 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  25.74 
 
 		 680 aa  98.6  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  27.64 
 
 		 689 aa  95.9  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  25.93 
 
 		 674 aa  92.4  3e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  24.83 
 
 		 645 aa  90.1  1e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  26.8 
 
 		 680 aa  89.7  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  23.17 
 
 		 623 aa  85.1  0.000000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  26.06 
 
 		 667 aa  85.1  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  26.33 
 
 		 683 aa  84.3  0.000000000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  25.53 
 
 		 671 aa  84  0.000000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  27.79 
 
 		 646 aa  84  0.000000000000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  27.5 
 
 		 676 aa  83.2  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  25 
 
 		 469 aa  82.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  26.81 
 
 		 674 aa  79.7  0.0000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09151  mitochondrial exoribonuclease Cyt-4, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01550)  25.63 
 
 		 1050 aa  78.2  0.0000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.361435 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  25.9 
 
 		 678 aa  78.6  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  25.87 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  27.88 
 
 		 617 aa  77  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  27.35 
 
 		 643 aa  76.6  0.000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  25.38 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  25.38 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  25.38 
 
 		 644 aa  75.1  0.000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  24.78 
 
 		 863 aa  75.1  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  25.38 
 
 		 644 aa  75.1  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  25.38 
 
 		 644 aa  75.1  0.000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  25.38 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  25.69 
 
 		 1182 aa  74.7  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  25.63 
 
 		 644 aa  74.3  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  25.6 
 
 		 644 aa  74.7  0.000000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  25.13 
 
 		 644 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  26.73 
 
 		 683 aa  73.9  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  25.13 
 
 		 644 aa  73.6  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  26.71 
 
 		 657 aa  73.6  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  26.3 
 
 		 710 aa  71.6  0.00000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  26.06 
 
 		 424 aa  71.6  0.00000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  26.3 
 
 		 710 aa  71.6  0.00000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  26.97 
 
 		 644 aa  71.2  0.00000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  26.97 
 
 		 644 aa  71.2  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  27.02 
 
 		 706 aa  71.2  0.00000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  25.15 
 
 		 645 aa  70.9  0.00000000007  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  26.71 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  24.04 
 
 		 644 aa  70.5  0.00000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  26.67 
 
 		 644 aa  70.1  0.0000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  25.6 
 
 		 646 aa  70.1  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  26.67 
 
 		 644 aa  70.5  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  24.04 
 
 		 644 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  25.07 
 
 		 751 aa  69.3  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  24.04 
 
 		 644 aa  69.3  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  24.04 
 
 		 644 aa  69.7  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>