254 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3980 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  64.27 
 
 		 692 aa  871    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  63.94 
 
 		 695 aa  885    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  68.89 
 
 		 691 aa  918    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  63.43 
 
 		 723 aa  892    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  100 
 
 		 705 aa  1429    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  65.22 
 
 		 693 aa  887    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  69.66 
 
 		 707 aa  914    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  65.47 
 
 		 695 aa  908    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  61.25 
 
 		 702 aa  847    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  73.25 
 
 		 685 aa  968    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  65.31 
 
 		 686 aa  858    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  49.24 
 
 		 712 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  47.43 
 
 		 714 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  49.21 
 
 		 698 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  49.37 
 
 		 698 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  50.08 
 
 		 693 aa  577  1.0000000000000001e-163  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  47.28 
 
 		 695 aa  549  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  46.97 
 
 		 694 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  46.97 
 
 		 694 aa  547  1e-154  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  46.97 
 
 		 696 aa  548  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  44.62 
 
 		 696 aa  545  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  46.5 
 
 		 696 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  47.08 
 
 		 690 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.05 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  47.05 
 
 		 692 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  46.89 
 
 		 692 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  47.17 
 
 		 637 aa  536  1e-151  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  46.89 
 
 		 692 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  46.85 
 
 		 701 aa  538  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  46.89 
 
 		 692 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  46.89 
 
 		 692 aa  535  1e-151  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  46.69 
 
 		 709 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  46.3 
 
 		 705 aa  534  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  44.55 
 
 		 619 aa  514  1e-144  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  45.01 
 
 		 635 aa  512  1e-144  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  47.36 
 
 		 639 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  46.53 
 
 		 637 aa  492  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  40.32 
 
 		 676 aa  474  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  40.53 
 
 		 680 aa  459  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  41.3 
 
 		 617 aa  457  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  40.85 
 
 		 622 aa  449  1.0000000000000001e-124  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  28.78 
 
 		 659 aa  140  8.999999999999999e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  26.03 
 
 		 671 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  26.03 
 
 		 671 aa  117  6e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  23.87 
 
 		 666 aa  114  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  25.31 
 
 		 676 aa  110  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  28.94 
 
 		 698 aa  106  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  27.84 
 
 		 735 aa  105  3e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  27.25 
 
 		 735 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  27.38 
 
 		 670 aa  102  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  27.04 
 
 		 671 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  25.76 
 
 		 674 aa  102  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  26.48 
 
 		 680 aa  100  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  27.76 
 
 		 698 aa  95.9  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  26.71 
 
 		 689 aa  94.7  6e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  29.18 
 
 		 469 aa  94.4  7e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  26.34 
 
 		 680 aa  93.2  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  27.9 
 
 		 683 aa  90.1  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  23.97 
 
 		 783 aa  90.1  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  25.45 
 
 		 424 aa  83.2  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  26.2 
 
 		 683 aa  82  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  25.19 
 
 		 424 aa  81.6  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  23.9 
 
 		 645 aa  80.9  0.00000000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  23.23 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  24.19 
 
 		 623 aa  80.1  0.0000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  24.87 
 
 		 676 aa  80.1  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  23.89 
 
 		 646 aa  80.5  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  26.87 
 
 		 643 aa  80.1  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  29.04 
 
 		 671 aa  78.6  0.0000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  26.33 
 
 		 678 aa  78.2  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  28.09 
 
 		 667 aa  76.6  0.000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  26.44 
 
 		 863 aa  75.5  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  26.22 
 
 		 657 aa  74.7  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0973  ribonuclease R  23.85 
 
 		 737 aa  74.7  0.000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1800  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  22.61 
 
 		 784 aa  73.9  0.000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  26.75 
 
 		 646 aa  73.9  0.000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  26.33 
 
 		 644 aa  73.2  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  26.33 
 
 		 644 aa  73.2  0.00000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  25 
 
 		 644 aa  72.8  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09921  ribonuclease II  22.51 
 
 		 394 aa  72.4  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83466  3'-5' RNA exonuclease complex component  21.06 
 
 		 1146 aa  72.8  0.00000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  decreased coverage  0.00000298042 
 
 
-
 
NC_002620  TC0676  VacB/Rnb family exoribonuclease  26.67 
 
 		 692 aa  71.6  0.00000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  39.42 
 
 		 686 aa  71.6  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  24.63 
 
 		 674 aa  71.6  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  26.18 
 
 		 645 aa  71.2  0.00000000005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09151  mitochondrial exoribonuclease Cyt-4, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G01550)  24.94 
 
 		 1050 aa  70.9  0.00000000009  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.361435 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1511  RNAse R  25.56 
 
 		 766 aa  70.5  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.193382 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  25.15 
 
 		 644 aa  69.3  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0933  putative ribonuclease II  22.26 
 
 		 394 aa  68.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0603579  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  25.44 
 
 		 644 aa  68.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  24.04 
 
 		 427 aa  67.8  0.0000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  23.8 
 
 		 656 aa  68.2  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09941  ribonuclease II  22.51 
 
 		 394 aa  67.8  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2108  ribonuclease R  21.07 
 
 		 716 aa  67  0.000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0218671  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1518  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  24.05 
 
 		 750 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1545  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  24.05 
 
 		 750 aa  65.5  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.405162  normal  0.0471328 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1319  hypothetical protein  23.82 
 
 		 718 aa  65.9  0.000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.815351 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4503  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  24.73 
 
 		 764 aa  65.5  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.790425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  25.38 
 
 		 766 aa  64.7  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  24.93 
 
 		 644 aa  64.3  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>