271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_0513 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  88.07 
 
 		 692 aa  1192    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  63.17 
 
 		 693 aa  795    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  86.85 
 
 		 701 aa  1152    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  61.29 
 
 		 698 aa  788    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  80.79 
 
 		 705 aa  1160    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  88.07 
 
 		 692 aa  1192    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  88.22 
 
 		 692 aa  1196    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  60 
 
 		 714 aa  795    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  87.36 
 
 		 639 aa  1092    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  92.54 
 
 		 695 aa  1285    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  94.41 
 
 		 696 aa  1287    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  87.73 
 
 		 637 aa  1096    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  85.62 
 
 		 709 aa  1145    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  99.28 
 
 		 696 aa  1407    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  61.01 
 
 		 712 aa  798    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  94.68 
 
 		 694 aa  1288    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  88.07 
 
 		 692 aa  1192    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  88.22 
 
 		 692 aa  1196    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  88.07 
 
 		 692 aa  1192    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  100 
 
 		 696 aa  1415    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  61.29 
 
 		 698 aa  789    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  94.68 
 
 		 694 aa  1288    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  94.2 
 
 		 690 aa  1283    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  45.81 
 
 		 676 aa  575  1.0000000000000001e-163  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  46.71 
 
 		 637 aa  569  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  47.14 
 
 		 685 aa  568  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  48.64 
 
 		 622 aa  568  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  47.58 
 
 		 635 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  45.17 
 
 		 695 aa  557  1e-157  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  43.94 
 
 		 680 aa  553  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  45.38 
 
 		 693 aa  554  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  45.85 
 
 		 691 aa  551  1e-155  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  47.18 
 
 		 619 aa  546  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  45.91 
 
 		 617 aa  547  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  46.17 
 
 		 692 aa  546  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  44.59 
 
 		 705 aa  540  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  43.78 
 
 		 723 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  44.67 
 
 		 707 aa  537  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  44.77 
 
 		 695 aa  529  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  45.41 
 
 		 686 aa  522  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  42.48 
 
 		 702 aa  508  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  29.07 
 
 		 659 aa  157  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  26.82 
 
 		 671 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  26.01 
 
 		 666 aa  112  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.65 
 
 		 671 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  25.49 
 
 		 671 aa  104  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  28.93 
 
 		 698 aa  101  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  27.08 
 
 		 674 aa  99.8  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  24.54 
 
 		 676 aa  97.8  5e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  26.17 
 
 		 680 aa  97.4  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  23.7 
 
 		 645 aa  96.7  1e-18  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  27.23 
 
 		 735 aa  95.5  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  28.12 
 
 		 735 aa  94.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  28.85 
 
 		 644 aa  94  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  30.79 
 
 		 683 aa  93.6  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  27.2 
 
 		 698 aa  93.6  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  29.04 
 
 		 644 aa  92.8  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  25.8 
 
 		 670 aa  93.2  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  28.57 
 
 		 644 aa  91.3  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  28.57 
 
 		 644 aa  91.3  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  30.7 
 
 		 469 aa  91.3  6e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  28.57 
 
 		 644 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  28.57 
 
 		 644 aa  90.1  1e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  25.66 
 
 		 686 aa  88.6  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  28.74 
 
 		 646 aa  87.4  8e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  26.86 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  25.78 
 
 		 676 aa  85.5  0.000000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  28.01 
 
 		 424 aa  84.7  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  33.73 
 
 		 646 aa  84  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  27.14 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  27.14 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  27.14 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  27.14 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  27.61 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  27.11 
 
 		 689 aa  84  0.00000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  27.14 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  27.35 
 
 		 644 aa  84  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  27.14 
 
 		 644 aa  83.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  28.01 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  27.61 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  26.86 
 
 		 644 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  26.41 
 
 		 643 aa  81.6  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  26.86 
 
 		 644 aa  81.6  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  24 
 
 		 427 aa  81.6  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  28.65 
 
 		 657 aa  81.3  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  27.04 
 
 		 644 aa  80.9  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  26.32 
 
 		 863 aa  80.1  0.0000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  27.24 
 
 		 623 aa  79.3  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  25.36 
 
 		 656 aa  79.3  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  27.04 
 
 		 644 aa  78.6  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3367  hypothetical protein  27.14 
 
 		 602 aa  78.2  0.0000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.140616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  27.9 
 
 		 644 aa  77.4  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  24.64 
 
 		 645 aa  77  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  26.69 
 
 		 680 aa  76.3  0.000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  24.76 
 
 		 683 aa  76.3  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  25.51 
 
 		 678 aa  75.5  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1513  ribonuclease R  25.55 
 
 		 704 aa  73.6  0.00000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0815616  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  26.29 
 
 		 674 aa  73.2  0.00000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  24.44 
 
 		 783 aa  70.9  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  27.27 
 
 		 710 aa  70.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>