More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0215 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  84.71 
 
 		 680 aa  1174    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  100 
 
 		 676 aa  1390    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  50.53 
 
 		 712 aa  630  1e-179  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  49.69 
 
 		 698 aa  619  1e-176  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  49.1 
 
 		 714 aa  619  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  49.85 
 
 		 698 aa  620  1e-176  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  49.69 
 
 		 693 aa  609  1e-173  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  47.46 
 
 		 709 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  47.31 
 
 		 705 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  46.3 
 
 		 696 aa  571  1e-161  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  46.18 
 
 		 701 aa  570  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  46.15 
 
 		 696 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  46.25 
 
 		 695 aa  571  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  46.15 
 
 		 694 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  46.15 
 
 		 696 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  46.15 
 
 		 694 aa  571  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  46.3 
 
 		 690 aa  568  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  45.84 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  45.84 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  45.84 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  45.84 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  45.84 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  45.84 
 
 		 692 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  46.85 
 
 		 639 aa  518  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  46.39 
 
 		 637 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  42.75 
 
 		 693 aa  489  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  41.78 
 
 		 695 aa  481  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  41.09 
 
 		 723 aa  473  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  41.08 
 
 		 692 aa  471  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  40.59 
 
 		 617 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  40.98 
 
 		 705 aa  466  9.999999999999999e-131  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  40.48 
 
 		 695 aa  456  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  40 
 
 		 635 aa  456  1e-127  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  39.7 
 
 		 707 aa  452  1.0000000000000001e-126  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  40.57 
 
 		 691 aa  455  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  41.45 
 
 		 619 aa  451  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  38.19 
 
 		 702 aa  450  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  40.47 
 
 		 685 aa  451  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  40.12 
 
 		 637 aa  449  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  41.04 
 
 		 686 aa  448  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  38.65 
 
 		 622 aa  414  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  27.9 
 
 		 659 aa  147  5e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.04 
 
 		 671 aa  141  4.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  24.88 
 
 		 671 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  25.95 
 
 		 666 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  31.35 
 
 		 469 aa  124  7e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  23.56 
 
 		 676 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  24.58 
 
 		 671 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  27.66 
 
 		 698 aa  106  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  27.9 
 
 		 686 aa  105  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  29.44 
 
 		 698 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  26.25 
 
 		 683 aa  102  2e-20  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  21.91 
 
 		 674 aa  101  5e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  26.43 
 
 		 670 aa  98.6  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  26.95 
 
 		 671 aa  97.8  5e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09491  ribonuclease II  25.32 
 
 		 394 aa  97.8  6e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.595683  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  26.81 
 
 		 646 aa  97.4  8e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  25.66 
 
 		 667 aa  94.4  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  27.97 
 
 		 644 aa  93.6  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  26.91 
 
 		 735 aa  92.4  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09941  ribonuclease II  25.57 
 
 		 394 aa  92.8  2e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09921  ribonuclease II  26.21 
 
 		 394 aa  92.4  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  26.16 
 
 		 645 aa  91.3  6e-17  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0933  putative ribonuclease II  25.57 
 
 		 394 aa  90.9  7e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0603579  n/a   
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  24.12 
 
 		 645 aa  90.9  7e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0429  exoribonuclease II  28.14 
 
 		 678 aa  88.2  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000107443  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  28.33 
 
 		 424 aa  87.8  6e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  27.76 
 
 		 680 aa  87.4  7e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1825  exoribonuclease II  25.96 
 
 		 644 aa  86.7  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.517880000000001e-23 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  27.08 
 
 		 646 aa  86.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  27.75 
 
 		 680 aa  87  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  28.33 
 
 		 424 aa  85.9  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  25.71 
 
 		 644 aa  85.5  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  25.71 
 
 		 644 aa  85.5  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1448  exoribonuclease II  25.71 
 
 		 644 aa  85.1  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0894921  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1830  exoribonuclease II  25.71 
 
 		 644 aa  85.1  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.336461  hitchhiker  0.00426066 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  29.23 
 
 		 427 aa  85.1  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  24.71 
 
 		 735 aa  84.3  0.000000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  27.48 
 
 		 676 aa  84.3  0.000000000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0765  ribonuclease R  24.61 
 
 		 795 aa  83.6  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.429506  normal  0.51814 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  24.73 
 
 		 689 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  24.87 
 
 		 644 aa  83.2  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  26.41 
 
 		 644 aa  82  0.00000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  23.64 
 
 		 751 aa  82.4  0.00000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  24.27 
 
 		 643 aa  82  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  23.64 
 
 		 751 aa  81.6  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  25.3 
 
 		 710 aa  81.3  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2270  exoribonuclease II  23.72 
 
 		 656 aa  81.6  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0115056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  25.3 
 
 		 710 aa  81.3  0.00000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2244  exoribonuclease II  25.57 
 
 		 644 aa  80.5  0.0000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.469162  normal  0.153134 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  25.57 
 
 		 644 aa  80.1  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  27.08 
 
 		 683 aa  79  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1904  exoribonuclease II  25.57 
 
 		 644 aa  78.6  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.629828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2357  exoribonuclease II  26.11 
 
 		 644 aa  79  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.804019  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  25.19 
 
 		 863 aa  77.8  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  25.45 
 
 		 657 aa  77.4  0.0000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  23.42 
 
 		 623 aa  76.3  0.000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  24.63 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  24.63 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  24.63 
 
 		 644 aa  75.5  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>