More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0214 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0214  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
550 aa  1122    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.855551  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0893  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  54.71 
 
 
577 aa  574  1.0000000000000001e-162  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.4 
 
 
640 aa  397  1e-109  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0905  RNA polymerase sigma factor  43.35 
 
 
571 aa  393  1e-108  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  41.33 
 
 
688 aa  390  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.35 
 
 
586 aa  375  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.46 
 
 
664 aa  377  1e-103  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.62 
 
 
584 aa  374  1e-102  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.05 
 
 
664 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  38.73 
 
 
584 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  39.19 
 
 
697 aa  373  1e-102  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.45 
 
 
665 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.12 
 
 
666 aa  369  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.77 
 
 
656 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.44 
 
 
638 aa  371  1e-101  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.53 
 
 
664 aa  369  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.66 
 
 
599 aa  370  1e-101  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  37.66 
 
 
621 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  37.66 
 
 
621 aa  366  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.06 
 
 
650 aa  368  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.51 
 
 
666 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.73 
 
 
659 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  39.86 
 
 
579 aa  363  3e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.09 
 
 
666 aa  362  8e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  36 
 
 
672 aa  362  9e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.39 
 
 
718 aa  362  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  38 
 
 
588 aa  362  1e-98  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.39 
 
 
666 aa  362  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.87 
 
 
667 aa  361  2e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  36 
 
 
672 aa  361  2e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.51 
 
 
577 aa  360  4e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.69 
 
 
587 aa  359  8e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.15 
 
 
588 aa  356  7.999999999999999e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.75 
 
 
754 aa  355  1e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.67 
 
 
589 aa  353  5e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.44 
 
 
590 aa  352  7e-96  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  37.35 
 
 
578 aa  352  7e-96  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  39.48 
 
 
738 aa  350  5e-95  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  37.98 
 
 
589 aa  349  6e-95  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  37.67 
 
 
590 aa  349  9e-95  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  37.98 
 
 
594 aa  347  4e-94  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  36.91 
 
 
746 aa  343  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0312  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.5 
 
 
571 aa  341  2e-92  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.593238  hitchhiker  0.00000519497 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  36.86 
 
 
590 aa  336  5.999999999999999e-91  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.29 
 
 
685 aa  335  9e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  65.7 
 
 
574 aa  335  2e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.19 
 
 
668 aa  332  8e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3690  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.98 
 
 
664 aa  332  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.556111  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2136  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  35.12 
 
 
587 aa  331  3e-89  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.52 
 
 
683 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.5 
 
 
702 aa  327  3e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.04 
 
 
717 aa  326  5e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.14 
 
 
711 aa  327  5e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.14 
 
 
698 aa  326  6e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.82 
 
 
714 aa  326  6e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  63.93 
 
 
616 aa  326  7e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.84 
 
 
671 aa  325  9e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.58 
 
 
685 aa  325  9e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1113  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.56 
 
 
373 aa  325  9e-88  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000049377  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.82 
 
 
702 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.04 
 
 
717 aa  325  1e-87  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.33 
 
 
375 aa  324  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.27 
 
 
668 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.27 
 
 
668 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.87 
 
 
669 aa  325  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.18 
 
 
667 aa  324  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.24 
 
 
710 aa  324  3e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.87 
 
 
674 aa  323  4e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.87 
 
 
667 aa  323  4e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.3 
 
 
684 aa  323  5e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.16 
 
 
685 aa  323  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.33 
 
 
374 aa  323  5e-87  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  63.33 
 
 
683 aa  323  5e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.44 
 
 
649 aa  323  6e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0743  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.5 
 
 
380 aa  322  9.000000000000001e-87  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000129687  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.76 
 
 
681 aa  322  9.999999999999999e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  62.14 
 
 
617 aa  322  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0713  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.93 
 
 
417 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  63.64 
 
 
819 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.4 
 
 
613 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1135  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.58 
 
 
602 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00130789  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  63.64 
 
 
805 aa  321  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.83 
 
 
611 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.14 
 
 
598 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1241  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  61.51 
 
 
432 aa  321  1.9999999999999998e-86  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00483871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  52.38 
 
 
586 aa  320  3e-86  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  63.64 
 
 
805 aa  321  3e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 
617 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.99 
 
 
616 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.51 
 
 
668 aa  321  3e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  63.64 
 
 
802 aa  320  3e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 
617 aa  320  3e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.99 
 
 
616 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.99 
 
 
616 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3019  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.5 
 
 
373 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000207905  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 
616 aa  320  5e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 
615 aa  320  5e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.62 
 
 
361 aa  320  5e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 
616 aa  320  6e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 
620 aa  319  6e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>