More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_0610 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.7 
 
 		 698 aa  936    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.66 
 
 		 685 aa  967    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.67 
 
 		 649 aa  848    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.59 
 
 		 672 aa  925    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.44 
 
 		 672 aa  924    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.08 
 
 		 681 aa  968    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.27 
 
 		 664 aa  824    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.8 
 
 		 717 aa  926    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.19 
 
 		 683 aa  958    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.46 
 
 		 668 aa  796    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.74 
 
 		 702 aa  924    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 718 aa  1456    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  99.85 
 
 		 666 aa  1345    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.86 
 
 		 666 aa  1086    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.7 
 
 		 696 aa  840    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.36 
 
 		 666 aa  948    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.52 
 
 		 666 aa  887    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.94 
 
 		 714 aa  919    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.29 
 
 		 667 aa  762    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  86.04 
 
 		 659 aa  1125    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.62 
 
 		 668 aa  792    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.95 
 
 		 702 aa  921    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.94 
 
 		 674 aa  779    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.47 
 
 		 711 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.91 
 
 		 685 aa  979    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.13 
 
 		 717 aa  929    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.35 
 
 		 638 aa  789    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.43 
 
 		 684 aa  955    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.54 
 
 		 664 aa  794    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.63 
 
 		 664 aa  790    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.07 
 
 		 669 aa  791    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.05 
 
 		 668 aa  916    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.74 
 
 		 671 aa  928    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.88 
 
 		 665 aa  1083    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.59 
 
 		 710 aa  833    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.22 
 
 		 685 aa  963    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.46 
 
 		 668 aa  796    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.88 
 
 		 667 aa  798    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.88 
 
 		 656 aa  932    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.96 
 
 		 650 aa  811    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  97.3 
 
 		 667 aa  1243    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.92 
 
 		 622 aa  565  1e-160  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.92 
 
 		 683 aa  567  1e-160  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.99 
 
 		 622 aa  557  1e-157  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 707 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  47.96 
 
 		 644 aa  546  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.22 
 
 		 610 aa  540  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.77 
 
 		 598 aa  535  1e-151  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.76 
 
 		 620 aa  532  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.61 
 
 		 808 aa  532  1e-150  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  48.21 
 
 		 656 aa  533  1e-150  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.75 
 
 		 602 aa  531  1e-149  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.32 
 
 		 754 aa  532  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  48.9 
 
 		 602 aa  531  1e-149  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.99 
 
 		 620 aa  530  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 855 aa  531  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.85 
 
 		 629 aa  526  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.54 
 
 		 616 aa  528  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  47.34 
 
 		 746 aa  526  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.54 
 
 		 616 aa  527  1e-148  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.77 
 
 		 621 aa  526  1e-148  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  48.75 
 
 		 784 aa  527  1e-148  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.99 
 
 		 781 aa  526  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.11 
 
 		 681 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.27 
 
 		 797 aa  522  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 		 615 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 		 615 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.11 
 
 		 619 aa  522  1e-147  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 		 615 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.43 
 
 		 635 aa  525  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.92 
 
 		 612 aa  523  1e-147  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.11 
 
 		 680 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.28 
 
 		 608 aa  523  1e-147  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 		 615 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.44 
 
 		 631 aa  524  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 		 615 aa  525  1e-147  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.44 
 
 		 611 aa  521  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.21 
 
 		 736 aa  519  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.21 
 
 		 599 aa  519  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  46.64 
 
 		 617 aa  521  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.7 
 
 		 621 aa  521  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.7 
 
 		 621 aa  521  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  47.55 
 
 		 783 aa  520  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.77 
 
 		 612 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  47.43 
 
 		 612 aa  519  1e-146  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.75 
 
 		 612 aa  521  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.77 
 
 		 612 aa  521  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 623 aa  520  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.52 
 
 		 801 aa  522  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.29 
 
 		 623 aa  521  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.99 
 
 		 620 aa  515  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.89 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 		 755 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.44 
 
 		 647 aa  517  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.54 
 
 		 804 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.89 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.89 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.89 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 		 805 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>