More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_4265 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.95 
 
 		 668 aa  769    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.2 
 
 		 685 aa  885    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.01 
 
 		 683 aa  853    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.24 
 
 		 666 aa  874    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 649 aa  1312    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.9 
 
 		 656 aa  891    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.73 
 
 		 659 aa  856    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.14 
 
 		 672 aa  883    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.34 
 
 		 664 aa  806    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.63 
 
 		 685 aa  875    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.21 
 
 		 684 aa  879    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.18 
 
 		 671 aa  878    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.73 
 
 		 717 aa  845    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.23 
 
 		 685 aa  889    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.25 
 
 		 665 aa  881    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.95 
 
 		 668 aa  769    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.99 
 
 		 672 aa  881    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.17 
 
 		 698 aa  836    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.47 
 
 		 667 aa  842    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.56 
 
 		 664 aa  777    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.17 
 
 		 696 aa  786    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.62 
 
 		 718 aa  841    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.39 
 
 		 714 aa  827    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.86 
 
 		 667 aa  763    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.02 
 
 		 668 aa  776    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.97 
 
 		 702 aa  831    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.01 
 
 		 638 aa  752    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.15 
 
 		 711 aa  830    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.05 
 
 		 717 aa  843    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.88 
 
 		 674 aa  775    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.2 
 
 		 702 aa  837    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.13 
 
 		 664 aa  793    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.39 
 
 		 669 aa  765    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.29 
 
 		 666 aa  886    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.06 
 
 		 668 aa  863    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.26 
 
 		 681 aa  891    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.62 
 
 		 666 aa  842    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.1 
 
 		 710 aa  885    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.53 
 
 		 667 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.92 
 
 		 650 aa  796    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.47 
 
 		 666 aa  844    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  47.54 
 
 		 622 aa  572  1e-161  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 		 622 aa  569  1e-161  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.66 
 
 		 683 aa  569  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.89 
 
 		 707 aa  558  1e-158  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.65 
 
 		 808 aa  540  9.999999999999999e-153  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  50.4 
 
 		 602 aa  537  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.26 
 
 		 797 aa  536  1e-151  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  48.49 
 
 		 746 aa  536  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.11 
 
 		 801 aa  533  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  48.67 
 
 		 644 aa  534  1e-150  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 		 855 aa  532  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.49 
 
 		 754 aa  531  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  49.44 
 
 		 784 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.57 
 
 		 754 aa  526  1e-148  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.17 
 
 		 781 aa  528  1e-148  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  49.61 
 
 		 612 aa  528  1e-148  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.49 
 
 		 610 aa  526  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.38 
 
 		 635 aa  521  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.77 
 
 		 599 aa  521  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.59 
 
 		 819 aa  516  1.0000000000000001e-145  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.73 
 
 		 631 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.69 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.73 
 
 		 624 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48 
 
 		 598 aa  515  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.66 
 
 		 621 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.61 
 
 		 631 aa  515  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46.28 
 
 		 805 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.28 
 
 		 802 aa  513  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.71 
 
 		 623 aa  512  1e-144  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.78 
 
 		 681 aa  513  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.78 
 
 		 623 aa  512  1e-144  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  46.32 
 
 		 783 aa  513  1e-144  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.78 
 
 		 680 aa  513  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.21 
 
 		 612 aa  514  1e-144  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.54 
 
 		 697 aa  513  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 		 613 aa  513  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.95 
 
 		 613 aa  510  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.92 
 
 		 736 aa  511  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.78 
 
 		 616 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.63 
 
 		 616 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.99 
 
 		 608 aa  511  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.43 
 
 		 619 aa  511  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 		 618 aa  509  1e-143  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.9 
 
 		 620 aa  507  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.85 
 
 		 614 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.35 
 
 		 647 aa  508  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.04 
 
 		 616 aa  502  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>