More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_3299 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.67 
 
 		 666 aa  899    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.91 
 
 		 656 aa  936    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.78 
 
 		 671 aa  964    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.93 
 
 		 672 aa  964    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.96 
 
 		 698 aa  986    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.97 
 
 		 668 aa  822    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.96 
 
 		 649 aa  868    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.96 
 
 		 666 aa  1023    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.55 
 
 		 684 aa  957    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.88 
 
 		 665 aa  994    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.78 
 
 		 672 aa  962    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.46 
 
 		 717 aa  998    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.06 
 
 		 666 aa  1005    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.97 
 
 		 668 aa  822    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.62 
 
 		 702 aa  978    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 685 aa  1385    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.11 
 
 		 664 aa  815    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.7 
 
 		 696 aa  843    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.86 
 
 		 685 aa  966    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.29 
 
 		 681 aa  975    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.05 
 
 		 666 aa  957    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.25 
 
 		 714 aa  970    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.68 
 
 		 667 aa  770    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.37 
 
 		 668 aa  821    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  84.2 
 
 		 702 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.13 
 
 		 659 aa  961    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.92 
 
 		 638 aa  754    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.08 
 
 		 664 aa  839    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.3 
 
 		 711 aa  973    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.06 
 
 		 685 aa  968    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.35 
 
 		 717 aa  1002    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.05 
 
 		 718 aa  956    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.46 
 
 		 650 aa  814    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.25 
 
 		 664 aa  808    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.12 
 
 		 669 aa  787    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.4 
 
 		 668 aa  939    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.14 
 
 		 674 aa  796    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.43 
 
 		 710 aa  823    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.72 
 
 		 667 aa  829    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  90.22 
 
 		 683 aa  1196    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.19 
 
 		 667 aa  955    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.82 
 
 		 683 aa  570  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  46.59 
 
 		 622 aa  568  1e-160  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.88 
 
 		 622 aa  561  1e-158  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.9 
 
 		 707 aa  530  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.9 
 
 		 611 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  45.02 
 
 		 644 aa  523  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.97 
 
 		 610 aa  525  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.65 
 
 		 620 aa  521  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.65 
 
 		 620 aa  519  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  45.86 
 
 		 617 aa  521  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.99 
 
 		 621 aa  520  1e-146  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.42 
 
 		 602 aa  521  1e-146  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.97 
 
 		 629 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  45.22 
 
 		 612 aa  518  1.0000000000000001e-145  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.15 
 
 		 635 aa  510  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.99 
 
 		 614 aa  511  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  45.77 
 
 		 599 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.33 
 
 		 623 aa  507  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.07 
 
 		 754 aa  508  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.33 
 
 		 623 aa  506  9.999999999999999e-143  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.04 
 
 		 805 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.06 
 
 		 736 aa  508  9.999999999999999e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.37 
 
 		 797 aa  503  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.3 
 
 		 621 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.58 
 
 		 680 aa  502  1e-141  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.73 
 
 		 805 aa  503  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.3 
 
 		 801 aa  504  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.88 
 
 		 805 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.15 
 
 		 621 aa  500  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.04 
 
 		 808 aa  502  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.88 
 
 		 683 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.88 
 
 		 805 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.58 
 
 		 681 aa  502  1e-140  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.51 
 
 		 595 aa  496  1e-139  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.96 
 
 		 642 aa  484  1e-135  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 		 698 aa  483  1e-135  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  46.5 
 
 		 698 aa  483  1e-135  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.99 
 
 		 678 aa  481  1e-134  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  44.5 
 
 		 594 aa  475  1e-132  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.2 
 
 		 619 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.92 
 
 		 615 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  65.07 
 
 		 616 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.07 
 
 		 616 aa  452  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.35 
 
 		 620 aa  449  1.0000000000000001e-124  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 612 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.35 
 
 		 616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  58.91 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 611 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.69 
 
 		 612 aa  449  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.35 
 
 		 616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  40.9 
 
 		 647 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 612 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.35 
 
 		 616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  65.62 
 
 		 598 aa  447  1.0000000000000001e-124  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.64 
 
 		 631 aa  446  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.97 
 
 		 624 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.85 
 
 		 613 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.08 
 
 		 612 aa  442  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 612 aa  445  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>