More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_7520 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.92 
 
 		 667 aa  812    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.32 
 
 		 685 aa  952    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.04 
 
 		 656 aa  951    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.18 
 
 		 672 aa  946    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.95 
 
 		 664 aa  837    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.54 
 
 		 684 aa  941    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.05 
 
 		 674 aa  800    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.79 
 
 		 649 aa  870    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.81 
 
 		 666 aa  966    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.63 
 
 		 717 aa  940    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.93 
 
 		 638 aa  777    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.95 
 
 		 668 aa  806    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.04 
 
 		 672 aa  945    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.89 
 
 		 685 aa  949    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.36 
 
 		 659 aa  1087    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.16 
 
 		 667 aa  1065    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.66 
 
 		 664 aa  803    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.46 
 
 		 696 aa  847    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 665 aa  1340    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.21 
 
 		 666 aa  885    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.85 
 
 		 714 aa  936    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.64 
 
 		 667 aa  791    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.25 
 
 		 668 aa  803    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.58 
 
 		 666 aa  1071    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.08 
 
 		 702 aa  936    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  95.65 
 
 		 666 aa  1263    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.18 
 
 		 702 aa  937    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.32 
 
 		 681 aa  962    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.16 
 
 		 711 aa  939    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.57 
 
 		 717 aa  948    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.27 
 
 		 650 aa  811    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.58 
 
 		 718 aa  1068    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.17 
 
 		 664 aa  805    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.22 
 
 		 669 aa  798    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.89 
 
 		 671 aa  941    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.77 
 
 		 668 aa  907    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.55 
 
 		 683 aa  975    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.99 
 
 		 698 aa  948    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.96 
 
 		 710 aa  840    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.95 
 
 		 668 aa  806    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.75 
 
 		 685 aa  1003    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.67 
 
 		 683 aa  579  1e-164  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.97 
 
 		 622 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.86 
 
 		 622 aa  559  1e-158  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 		 707 aa  546  1e-154  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  47.09 
 
 		 644 aa  543  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.06 
 
 		 610 aa  536  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.45 
 
 		 624 aa  534  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.45 
 
 		 631 aa  535  1e-150  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.51 
 
 		 611 aa  529  1e-149  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.58 
 
 		 808 aa  527  1e-148  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.72 
 
 		 602 aa  528  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.06 
 
 		 620 aa  526  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.34 
 
 		 855 aa  528  1e-148  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.22 
 
 		 612 aa  525  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.37 
 
 		 602 aa  524  1e-147  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.39 
 
 		 754 aa  519  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.12 
 
 		 619 aa  519  1e-146  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.22 
 
 		 616 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.51 
 
 		 635 aa  520  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.89 
 
 		 631 aa  521  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.52 
 
 		 801 aa  521  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.52 
 
 		 797 aa  520  1e-146  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.75 
 
 		 598 aa  520  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.98 
 
 		 781 aa  519  1e-146  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.72 
 
 		 629 aa  520  1e-146  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  47.04 
 
 		 617 aa  520  1e-146  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.38 
 
 		 612 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.3 
 
 		 621 aa  518  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.89 
 
 		 620 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.43 
 
 		 647 aa  518  1.0000000000000001e-145  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.9 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.5 
 
 		 620 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 		 616 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.66 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  47.6 
 
 		 746 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.82 
 
 		 615 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  47.26 
 
 		 612 aa  518  1.0000000000000001e-145  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.76 
 
 		 611 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.29 
 
 		 804 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.41 
 
 		 608 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.22 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 683 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.13 
 
 		 736 aa  514  1e-144  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.48 
 
 		 599 aa  512  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.22 
 
 		 612 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.61 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.91 
 
 		 616 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  47.2 
 
 		 784 aa  513  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.22 
 
 		 612 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.3 
 
 		 805 aa  515  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 805 aa  513  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.02 
 
 		 697 aa  514  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.22 
 
 		 616 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 805 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 		 805 aa  515  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.44 
 
 		 680 aa  509  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47 
 
 		 621 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.69 
 
 		 800 aa  511  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  46.63 
 
 		 783 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>