More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmc1_0805 on replicon NC_008576
Organism: Magnetococcus sp. MC-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
683 aa  1387    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.49 
 
 
650 aa  593  1e-168  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.12 
 
 
664 aa  591  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.71 
 
 
681 aa  588  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
664 aa  587  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.65 
 
 
698 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.78 
 
 
669 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.09 
 
 
717 aa  581  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.41 
 
 
666 aa  579  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.64 
 
 
702 aa  581  1e-164  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.81 
 
 
672 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.81 
 
 
672 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.23 
 
 
696 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.03 
 
 
685 aa  577  1.0000000000000001e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.53 
 
 
685 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.68 
 
 
684 aa  574  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.87 
 
 
667 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.96 
 
 
671 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
685 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.3 
 
 
668 aa  575  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.51 
 
 
665 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.29 
 
 
649 aa  570  1e-161  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.76 
 
 
702 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.62 
 
 
711 aa  571  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
666 aa  566  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
674 aa  568  1e-160  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.67 
 
 
664 aa  568  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.89 
 
 
638 aa  566  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.66 
 
 
668 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.66 
 
 
668 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 
659 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.96 
 
 
656 aa  564  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.53 
 
 
668 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.45 
 
 
602 aa  559  1e-158  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  47.71 
 
 
617 aa  561  1e-158  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  48.1 
 
 
602 aa  558  1e-158  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.6 
 
 
598 aa  561  1e-158  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  46 
 
 
710 aa  559  1e-158  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 
683 aa  560  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.49 
 
 
647 aa  552  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.88 
 
 
707 aa  555  1e-156  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.52 
 
 
612 aa  548  1e-155  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.42 
 
 
599 aa  550  1e-155  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.26 
 
 
616 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.3 
 
 
616 aa  548  1e-155  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  48.38 
 
 
616 aa  551  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.01 
 
 
611 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.38 
 
 
619 aa  549  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.86 
 
 
627 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.86 
 
 
627 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  47.21 
 
 
805 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  46.76 
 
 
612 aa  546  1e-154  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.09 
 
 
619 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.24 
 
 
619 aa  548  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.01 
 
 
627 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.83 
 
 
612 aa  542  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.64 
 
 
611 aa  545  1e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.23 
 
 
614 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.76 
 
 
611 aa  545  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  47.51 
 
 
805 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
610 aa  541  9.999999999999999e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.51 
 
 
802 aa  541  9.999999999999999e-153  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  46.74 
 
 
611 aa  539  9.999999999999999e-153  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  45.55 
 
 
621 aa  535  1e-151  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  45.55 
 
 
621 aa  536  1e-151  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.93 
 
 
666 aa  536  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.84 
 
 
666 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  47.11 
 
 
617 aa  538  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.18 
 
 
616 aa  538  1e-151  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  52.71 
 
 
616 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.05 
 
 
616 aa  535  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.93 
 
 
718 aa  535  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.02 
 
 
819 aa  533  1e-150  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.67 
 
 
855 aa  535  1e-150  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.72 
 
 
667 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.67 
 
 
623 aa  523  1e-147  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.36 
 
 
623 aa  523  1e-147  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.01 
 
 
697 aa  523  1e-147  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  44.93 
 
 
698 aa  516  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.93 
 
 
698 aa  516  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.64 
 
 
595 aa  513  1e-144  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.4 
 
 
746 aa  510  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  43.54 
 
 
677 aa  503  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.82 
 
 
808 aa  504  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  44 
 
 
784 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.9 
 
 
801 aa  500  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.1 
 
 
754 aa  495  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.76 
 
 
797 aa  498  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.36 
 
 
678 aa  496  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.46 
 
 
781 aa  498  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.43 
 
 
754 aa  497  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.46 
 
 
635 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.3 
 
 
736 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.46 
 
 
900 aa  494  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  41.29 
 
 
622 aa  491  1e-137  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  43.4 
 
 
783 aa  491  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.27 
 
 
612 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.37 
 
 
624 aa  492  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  42.69 
 
 
624 aa  486  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.26 
 
 
622 aa  483  1e-135  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>