More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3104 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.02 
 
 		 702 aa  931    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.54 
 
 		 667 aa  816    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.87 
 
 		 672 aa  1089    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.49 
 
 		 718 aa  941    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.8 
 
 		 649 aa  878    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.59 
 
 		 664 aa  834    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.79 
 
 		 717 aa  712    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.38 
 
 		 668 aa  811    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.95 
 
 		 666 aa  954    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 681 aa  1377    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  84.46 
 
 		 671 aa  1083    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.31 
 
 		 696 aa  838    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.72 
 
 		 672 aa  1088    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.22 
 
 		 659 aa  923    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.6 
 
 		 714 aa  931    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 		 667 aa  797    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.58 
 
 		 668 aa  809    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.32 
 
 		 683 aa  945    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.7 
 
 		 702 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.29 
 
 		 666 aa  940    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.55 
 
 		 674 aa  826    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.99 
 
 		 666 aa  969    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.48 
 
 		 711 aa  932    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.21 
 
 		 717 aa  946    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.38 
 
 		 666 aa  979    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.58 
 
 		 685 aa  970    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.18 
 
 		 664 aa  800    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.73 
 
 		 669 aa  812    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.21 
 
 		 656 aa  954    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.09 
 
 		 668 aa  1058    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.26 
 
 		 665 aa  948    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.81 
 
 		 710 aa  836    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  91.82 
 
 		 685 aa  1232    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.64 
 
 		 667 aa  939    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.27 
 
 		 638 aa  770    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.38 
 
 		 668 aa  811    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.2 
 
 		 698 aa  924    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.23 
 
 		 650 aa  799    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  92.12 
 
 		 685 aa  1239    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.12 
 
 		 664 aa  798    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  91.37 
 
 		 684 aa  1226    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  47.22 
 
 		 622 aa  578  1e-164  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.67 
 
 		 683 aa  576  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 		 622 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.62 
 
 		 599 aa  527  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.33 
 
 		 707 aa  527  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.4 
 
 		 598 aa  527  1e-148  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.4 
 
 		 610 aa  520  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  47.35 
 
 		 602 aa  519  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 		 631 aa  520  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.26 
 
 		 612 aa  519  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.19 
 
 		 584 aa  516  1.0000000000000001e-145  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 		 621 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.85 
 
 		 619 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.55 
 
 		 631 aa  516  1.0000000000000001e-145  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.48 
 
 		 647 aa  513  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.63 
 
 		 612 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46.34 
 
 		 584 aa  514  1e-144  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.01 
 
 		 808 aa  513  1e-144  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.35 
 
 		 595 aa  514  1e-144  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.35 
 
 		 627 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.35 
 
 		 611 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.48 
 
 		 612 aa  511  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.35 
 
 		 627 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.48 
 
 		 612 aa  511  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.35 
 
 		 627 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.47 
 
 		 797 aa  508  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.16 
 
 		 801 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  45.86 
 
 		 784 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  46.2 
 
 		 617 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.93 
 
 		 623 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 		 623 aa  503  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.02 
 
 		 754 aa  505  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.63 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46 
 
 		 586 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.76 
 
 		 614 aa  503  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.86 
 
 		 736 aa  502  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.31 
 
 		 635 aa  499  1e-140  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.85 
 
 		 781 aa  501  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.09 
 
 		 616 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.62 
 
 		 621 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.62 
 
 		 621 aa  501  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.09 
 
 		 616 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.01 
 
 		 623 aa  499  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  46.01 
 
 		 746 aa  501  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.17 
 
 		 754 aa  498  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  44.41 
 
 		 783 aa  489  1e-137  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.44 
 
 		 642 aa  486  1e-136  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  46.89 
 
 		 698 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.89 
 
 		 698 aa  481  1e-134  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.73 
 
 		 588 aa  476  1e-133  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.69 
 
 		 678 aa  475  1e-132  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  43.62 
 
 		 587 aa  472  1.0000000000000001e-131  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.16 
 
 		 602 aa  456  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.55 
 
 		 616 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.11 
 
 		 620 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.35 
 
 		 615 aa  455  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.55 
 
 		 616 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.55 
 
 		 616 aa  452  1e-125  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.64 
 
 		 611 aa  451  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>