More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oant_1688 on replicon NC_009667
Organism: Ochrobactrum anthropi ATCC 49188



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  77.61 
 
 		 666 aa  1023    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.97 
 
 		 683 aa  943    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.04 
 
 		 667 aa  925    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  96.28 
 
 		 672 aa  1246    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.95 
 
 		 674 aa  810    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.39 
 
 		 656 aa  936    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.19 
 
 		 666 aa  937    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.59 
 
 		 717 aa  933    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.95 
 
 		 665 aa  946    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.99 
 
 		 668 aa  816    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.91 
 
 		 638 aa  778    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.89 
 
 		 685 aa  971    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.39 
 
 		 650 aa  804    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.82 
 
 		 685 aa  1107    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.53 
 
 		 696 aa  838    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  66 
 
 		 664 aa  848    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.18 
 
 		 714 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.53 
 
 		 667 aa  781    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.36 
 
 		 698 aa  927    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.69 
 
 		 668 aa  821    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.17 
 
 		 649 aa  872    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.93 
 
 		 702 aa  703    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.08 
 
 		 711 aa  918    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.65 
 
 		 684 aa  1103    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.97 
 
 		 717 aa  928    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.71 
 
 		 702 aa  915    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 664 aa  806    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.63 
 
 		 669 aa  806    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.94 
 
 		 668 aa  1065    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.35 
 
 		 667 aa  816    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.04 
 
 		 718 aa  926    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.14 
 
 		 666 aa  957    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.81 
 
 		 659 aa  920    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.44 
 
 		 710 aa  813    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.38 
 
 		 685 aa  1102    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.99 
 
 		 668 aa  816    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  96.13 
 
 		 672 aa  1244    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.9 
 
 		 666 aa  924    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 671 aa  1351    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  84.6 
 
 		 681 aa  1119    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.25 
 
 		 664 aa  818    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.42 
 
 		 622 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  46.84 
 
 		 622 aa  578  1e-164  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.63 
 
 		 707 aa  536  1e-151  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  48.6 
 
 		 617 aa  524  1e-147  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  46.73 
 
 		 784 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.9 
 
 		 610 aa  516  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.86 
 
 		 598 aa  515  1.0000000000000001e-145  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.44 
 
 		 599 aa  514  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.07 
 
 		 621 aa  514  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.28 
 
 		 697 aa  514  1e-144  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  45.82 
 
 		 612 aa  513  1e-144  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.28 
 
 		 736 aa  510  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  46.32 
 
 		 584 aa  510  1e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.61 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.19 
 
 		 635 aa  510  1e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.93 
 
 		 627 aa  509  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.13 
 
 		 808 aa  511  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.61 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.44 
 
 		 781 aa  510  1e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.61 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.29 
 
 		 801 aa  509  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.61 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.61 
 
 		 615 aa  511  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.15 
 
 		 855 aa  509  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.41 
 
 		 746 aa  510  1e-143  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46.56 
 
 		 584 aa  511  1e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.59 
 
 		 797 aa  509  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.45 
 
 		 631 aa  510  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.09 
 
 		 627 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0958  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.46 
 
 		 616 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000123062  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.41 
 
 		 621 aa  508  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.34 
 
 		 621 aa  508  9.999999999999999e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.75 
 
 		 612 aa  506  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.09 
 
 		 627 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.77 
 
 		 647 aa  506  9.999999999999999e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.43 
 
 		 754 aa  508  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  48.13 
 
 		 617 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.31 
 
 		 613 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.08 
 
 		 614 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  48.53 
 
 		 613 aa  505  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.37 
 
 		 613 aa  503  1e-141  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.53 
 
 		 613 aa  505  1e-141  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  48.53 
 
 		 613 aa  505  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 613 aa  504  1e-141  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.36 
 
 		 611 aa  503  1e-141  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.93 
 
 		 595 aa  503  1e-141  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.53 
 
 		 613 aa  505  1e-141  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.46 
 
 		 608 aa  503  1e-141  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.23 
 
 		 612 aa  501  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.9 
 
 		 616 aa  501  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  47.63 
 
 		 611 aa  499  1e-140  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  44.98 
 
 		 783 aa  501  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.59 
 
 		 616 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.37 
 
 		 586 aa  497  1e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.76 
 
 		 612 aa  497  1e-139  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.6 
 
 		 599 aa  497  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.389301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>