More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3036 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.43 
 
 		 666 aa  802    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.66 
 
 		 683 aa  795    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.34 
 
 		 659 aa  813    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.04 
 
 		 672 aa  809    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.35 
 
 		 684 aa  802    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.67 
 
 		 685 aa  791    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.81 
 
 		 717 aa  814    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.31 
 
 		 649 aa  783    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.67 
 
 		 668 aa  778    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.04 
 
 		 638 aa  936    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.88 
 
 		 656 aa  814    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.11 
 
 		 718 aa  808    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.46 
 
 		 685 aa  808    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.65 
 
 		 664 aa  775    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.75 
 
 		 696 aa  843    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.98 
 
 		 671 aa  801    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.65 
 
 		 666 aa  779    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.17 
 
 		 714 aa  788    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.79 
 
 		 667 aa  792    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.61 
 
 		 667 aa  780    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.12 
 
 		 668 aa  768    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.19 
 
 		 702 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.42 
 
 		 664 aa  794    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.96 
 
 		 685 aa  795    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.67 
 
 		 681 aa  812    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.61 
 
 		 674 aa  796    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.51 
 
 		 711 aa  795    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.11 
 
 		 666 aa  808    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.54 
 
 		 717 aa  806    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.57 
 
 		 702 aa  797    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.67 
 
 		 668 aa  778    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.04 
 
 		 672 aa  808    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.82 
 
 		 664 aa  781    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.5 
 
 		 669 aa  805    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.44 
 
 		 698 aa  799    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.06 
 
 		 665 aa  811    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.4 
 
 		 668 aa  796    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 650 aa  1313    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  57 
 
 		 710 aa  749    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.42 
 
 		 667 aa  801    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.72 
 
 		 666 aa  821    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.19 
 
 		 683 aa  593  1e-168  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.56 
 
 		 707 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.8 
 
 		 624 aa  559  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.8 
 
 		 631 aa  560  1e-158  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  49.37 
 
 		 644 aa  560  1e-158  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.4 
 
 		 610 aa  560  1e-158  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  50 
 
 		 611 aa  556  1e-157  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.85 
 
 		 622 aa  556  1e-157  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.79 
 
 		 631 aa  555  1e-157  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.29 
 
 		 612 aa  556  1e-157  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 615 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.61 
 
 		 612 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 615 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.11 
 
 		 612 aa  553  1e-156  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.84 
 
 		 602 aa  552  1e-156  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.62 
 
 		 621 aa  552  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.37 
 
 		 647 aa  552  1e-156  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 615 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 615 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 615 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  49.13 
 
 		 612 aa  554  1e-156  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.16 
 
 		 598 aa  552  1e-156  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.61 
 
 		 612 aa  554  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50.48 
 
 		 619 aa  554  1e-156  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.58 
 
 		 608 aa  551  1e-155  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.88 
 
 		 657 aa  548  1e-154  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.34 
 
 		 622 aa  546  1e-154  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.98 
 
 		 629 aa  545  1e-154  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  49.21 
 
 		 599 aa  545  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.76 
 
 		 602 aa  543  1e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.58 
 
 		 621 aa  542  1e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.73 
 
 		 621 aa  544  1e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.98 
 
 		 855 aa  545  1e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  47.95 
 
 		 617 aa  543  1e-153  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.08 
 
 		 613 aa  544  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.92 
 
 		 613 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.8 
 
 		 616 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.55 
 
 		 620 aa  540  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  49.53 
 
 		 616 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.54 
 
 		 616 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.24 
 
 		 620 aa  538  9.999999999999999e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.88 
 
 		 584 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.92 
 
 		 595 aa  540  9.999999999999999e-153  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50 
 
 		 627 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50 
 
 		 611 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.16 
 
 		 620 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  50 
 
 		 627 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50 
 
 		 627 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.92 
 
 		 619 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.07 
 
 		 623 aa  535  1e-151  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.07 
 
 		 623 aa  535  1e-151  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.45 
 
 		 666 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>