More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1481 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 698 aa  1418    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.96 
 
 		 683 aa  991    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  90.24 
 
 		 702 aa  1197    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.76 
 
 		 666 aa  869    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.59 
 
 		 667 aa  817    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.77 
 
 		 672 aa  920    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.49 
 
 		 685 aa  1005    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.2 
 
 		 638 aa  779    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.69 
 
 		 666 aa  918    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.62 
 
 		 664 aa  835    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.47 
 
 		 681 aa  943    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  87.05 
 
 		 717 aa  1209    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.34 
 
 		 668 aa  805    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.75 
 
 		 656 aa  936    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.03 
 
 		 685 aa  938    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.6 
 
 		 666 aa  994    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.47 
 
 		 696 aa  835    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.75 
 
 		 659 aa  937    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.12 
 
 		 667 aa  919    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  90.76 
 
 		 714 aa  1199    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.18 
 
 		 667 aa  783    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.54 
 
 		 668 aa  806    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  88.32 
 
 		 702 aa  1185    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  92.84 
 
 		 711 aa  1223    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.21 
 
 		 649 aa  840    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  86.27 
 
 		 717 aa  1212    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.6 
 
 		 664 aa  814    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.88 
 
 		 669 aa  800    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.28 
 
 		 650 aa  802    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.75 
 
 		 668 aa  919    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.07 
 
 		 671 aa  922    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.98 
 
 		 674 aa  805    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.65 
 
 		 710 aa  819    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.32 
 
 		 685 aa  941    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.34 
 
 		 668 aa  805    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.99 
 
 		 684 aa  929    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.77 
 
 		 672 aa  919    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.01 
 
 		 665 aa  948    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.28 
 
 		 666 aa  965    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.69 
 
 		 718 aa  919    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.37 
 
 		 664 aa  786    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.34 
 
 		 683 aa  587  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.99 
 
 		 622 aa  560  1e-158  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.25 
 
 		 622 aa  560  1e-158  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.61 
 
 		 707 aa  543  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.75 
 
 		 599 aa  522  1e-146  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.06 
 
 		 610 aa  520  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.49 
 
 		 611 aa  518  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.13 
 
 		 623 aa  520  1e-146  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.13 
 
 		 623 aa  519  1e-146  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.81 
 
 		 855 aa  516  1.0000000000000001e-145  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.09 
 
 		 612 aa  517  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.66 
 
 		 629 aa  514  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.15 
 
 		 608 aa  515  1e-144  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.95 
 
 		 620 aa  513  1e-144  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.3 
 
 		 616 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.03 
 
 		 620 aa  511  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.89 
 
 		 619 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.89 
 
 		 619 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.89 
 
 		 619 aa  510  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.06 
 
 		 754 aa  508  9.999999999999999e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.33 
 
 		 595 aa  507  9.999999999999999e-143  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.08 
 
 		 614 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.93 
 
 		 612 aa  502  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.8 
 
 		 635 aa  493  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.02 
 
 		 698 aa  488  1e-136  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.02 
 
 		 698 aa  487  1e-136  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.4 
 
 		 642 aa  480  1e-134  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  45.06 
 
 		 594 aa  479  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  41.14 
 
 		 647 aa  464  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  59.01 
 
 		 602 aa  458  1e-127  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.35 
 
 		 620 aa  455  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  66.09 
 
 		 598 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.94 
 
 		 618 aa  452  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 615 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 615 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 615 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.22 
 
 		 584 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  59.26 
 
 		 644 aa  449  1e-125  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  41.03 
 
 		 665 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 615 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.43 
 
 		 619 aa  452  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 615 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  63.13 
 
 		 613 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  63.94 
 
 		 616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.34 
 
 		 621 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.79 
 
 		 615 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.23 
 
 		 616 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.07 
 
 		 584 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.23 
 
 		 615 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  63.13 
 
 		 602 aa  448  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 631 aa  447  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.41 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>