More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_2956 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.41 
 
 		 666 aa  952    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.23 
 
 		 650 aa  800    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  98.98 
 
 		 685 aa  1368    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.51 
 
 		 672 aa  1087    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.02 
 
 		 685 aa  972    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.64 
 
 		 666 aa  945    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.53 
 
 		 668 aa  811    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.66 
 
 		 666 aa  972    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.34 
 
 		 649 aa  869    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.07 
 
 		 717 aa  934    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.38 
 
 		 671 aa  1078    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.53 
 
 		 668 aa  811    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.86 
 
 		 638 aa  773    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.57 
 
 		 656 aa  950    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.59 
 
 		 683 aa  943    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.36 
 
 		 672 aa  1085    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  92.87 
 
 		 684 aa  1238    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.28 
 
 		 696 aa  832    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.21 
 
 		 664 aa  837    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.32 
 
 		 665 aa  955    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.83 
 
 		 714 aa  719    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.24 
 
 		 667 aa  786    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.43 
 
 		 674 aa  810    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.1 
 
 		 668 aa  820    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.63 
 
 		 702 aa  716    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 685 aa  1381    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  91.82 
 
 		 681 aa  1251    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.39 
 
 		 659 aa  929    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.07 
 
 		 711 aa  929    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.93 
 
 		 718 aa  944    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.94 
 
 		 717 aa  947    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.99 
 
 		 664 aa  808    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.16 
 
 		 664 aa  806    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.42 
 
 		 669 aa  816    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  80.58 
 
 		 668 aa  1049    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.81 
 
 		 698 aa  941    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.35 
 
 		 667 aa  940    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.31 
 
 		 702 aa  943    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.62 
 
 		 710 aa  841    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.54 
 
 		 666 aa  982    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.53 
 
 		 667 aa  813    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.97 
 
 		 683 aa  585  1.0000000000000001e-165  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  46.32 
 
 		 622 aa  576  1.0000000000000001e-163  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.26 
 
 		 622 aa  565  1e-160  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.15 
 
 		 707 aa  525  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  47.42 
 
 		 644 aa  523  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.74 
 
 		 611 aa  524  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.95 
 
 		 610 aa  521  1e-146  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  45.91 
 
 		 584 aa  520  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  46.67 
 
 		 612 aa  520  1e-146  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.02 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.02 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  48.4 
 
 		 602 aa  515  1.0000000000000001e-145  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  46.06 
 
 		 584 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  48.02 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.63 
 
 		 631 aa  516  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.87 
 
 		 613 aa  514  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.12 
 
 		 647 aa  514  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.42 
 
 		 599 aa  513  1e-144  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.29 
 
 		 627 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.29 
 
 		 627 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.56 
 
 		 615 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.43 
 
 		 621 aa  512  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.56 
 
 		 615 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.56 
 
 		 615 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.29 
 
 		 627 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.56 
 
 		 615 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.56 
 
 		 615 aa  514  1e-144  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.29 
 
 		 611 aa  512  1e-144  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.89 
 
 		 608 aa  511  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.32 
 
 		 614 aa  509  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.98 
 
 		 595 aa  506  9.999999999999999e-143  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.95 
 
 		 797 aa  502  1e-141  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.89 
 
 		 754 aa  502  1e-141  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  45.85 
 
 		 586 aa  503  1e-141  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.83 
 
 		 623 aa  504  1e-141  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  46.15 
 
 		 746 aa  504  1e-141  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.83 
 
 		 623 aa  504  1e-141  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.19 
 
 		 616 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.58 
 
 		 616 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  45.39 
 
 		 784 aa  501  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.87 
 
 		 623 aa  499  1e-140  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.88 
 
 		 801 aa  501  1e-140  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.58 
 
 		 781 aa  497  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.43 
 
 		 635 aa  498  1e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.44 
 
 		 736 aa  497  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.69 
 
 		 612 aa  498  1e-139  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.44 
 
 		 642 aa  495  9.999999999999999e-139  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  44.73 
 
 		 588 aa  493  9.999999999999999e-139  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.73 
 
 		 754 aa  492  1e-137  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  44.89 
 
 		 783 aa  489  1e-136  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.7 
 
 		 698 aa  477  1e-133  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.7 
 
 		 698 aa  477  1e-133  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.43 
 
 		 588 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.87 
 
 		 602 aa  456  1e-127  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.2 
 
 		 598 aa  457  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.48 
 
 		 589 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.07 
 
 		 616 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.05 
 
 		 620 aa  451  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>