More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1085 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  86.1 
 
 
590 aa  1048    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  87.46 
 
 
590 aa  1039    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  100 
 
 
589 aa  1192    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  85.91 
 
 
589 aa  1038    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  77.08 
 
 
588 aa  904    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  75.72 
 
 
587 aa  904    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  52.28 
 
 
599 aa  553  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.17 
 
 
697 aa  544  1e-153  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  51.27 
 
 
588 aa  534  1e-150  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.34 
 
 
586 aa  523  1e-147  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  51.78 
 
 
579 aa  523  1e-147  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  49.83 
 
 
584 aa  518  1e-146  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  47.03 
 
 
805 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.03 
 
 
802 aa  521  1e-146  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.08 
 
 
584 aa  519  1e-146  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.02 
 
 
586 aa  514  1e-144  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.45 
 
 
577 aa  508  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.92 
 
 
582 aa  497  1e-139  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.68 
 
 
738 aa  485  1e-136  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.11 
 
 
650 aa  485  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
638 aa  477  1e-133  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  47.81 
 
 
574 aa  477  1e-133  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  46.68 
 
 
602 aa  474  1e-132  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.52 
 
 
629 aa  473  1e-132  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.04 
 
 
666 aa  473  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.1 
 
 
665 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  45.68 
 
 
599 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.43 
 
 
666 aa  468  9.999999999999999e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
649 aa  468  9.999999999999999e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.74 
 
 
602 aa  465  1e-129  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.58 
 
 
685 aa  463  1e-129  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.96 
 
 
672 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.73 
 
 
671 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.96 
 
 
672 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.08 
 
 
598 aa  460  9.999999999999999e-129  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.31 
 
 
656 aa  461  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.74 
 
 
619 aa  458  1e-127  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45 
 
 
613 aa  456  1e-127  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.23 
 
 
612 aa  456  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.34 
 
 
659 aa  456  1e-127  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.78 
 
 
666 aa  458  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.93 
 
 
610 aa  458  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.22 
 
 
666 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.16 
 
 
667 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.46 
 
 
623 aa  455  1.0000000000000001e-126  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.22 
 
 
718 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.26 
 
 
707 aa  449  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.02 
 
 
623 aa  451  1e-125  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 
620 aa  447  1.0000000000000001e-124  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 
623 aa  448  1.0000000000000001e-124  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.16 
 
 
620 aa  442  1e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.42 
 
 
783 aa  445  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.81 
 
 
855 aa  445  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  61.83 
 
 
819 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
621 aa  440  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  42.28 
 
 
644 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
616 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
616 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.11 
 
 
616 aa  437  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  41.05 
 
 
746 aa  437  1e-121  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.81 
 
 
804 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  45.25 
 
 
594 aa  437  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  61.02 
 
 
805 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.24 
 
 
624 aa  436  1e-121  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.83 
 
 
615 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
736 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.29 
 
 
681 aa  433  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
736 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
736 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.83 
 
 
615 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 
698 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  40.78 
 
 
656 aa  435  1e-120  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
800 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.79 
 
 
616 aa  435  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.83 
 
 
615 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
800 aa  434  1e-120  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.83 
 
 
615 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.29 
 
 
680 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.83 
 
 
615 aa  434  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  43.25 
 
 
698 aa  433  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
680 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.41 
 
 
666 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.39 
 
 
611 aa  429  1e-119  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  41.12 
 
 
783 aa  429  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
680 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.69 
 
 
680 aa  431  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.96 
 
 
797 aa  427  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.64 
 
 
685 aa  428  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  42.54 
 
 
621 aa  427  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.87 
 
 
657 aa  428  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.95 
 
 
801 aa  428  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  42.38 
 
 
621 aa  424  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.17 
 
 
754 aa  424  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.66 
 
 
635 aa  422  1e-117  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.93 
 
 
808 aa  423  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.34 
 
 
754 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  40.53 
 
 
784 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.5 
 
 
781 aa  421  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.15 
 
 
900 aa  421  1e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.94 
 
 
678 aa  414  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>