More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0395 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  84.97 
 
 
577 aa  908    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  79.66 
 
 
584 aa  856    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  66.16 
 
 
588 aa  710    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  100 
 
 
579 aa  1145    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  81.26 
 
 
586 aa  866    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  79.66 
 
 
584 aa  856    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  72.05 
 
 
586 aa  805    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  74.91 
 
 
582 aa  790    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.42 
 
 
819 aa  632  1e-180  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  59.6 
 
 
697 aa  625  1e-178  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.98 
 
 
802 aa  625  1e-178  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  56.98 
 
 
805 aa  625  1e-178  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.92 
 
 
599 aa  619  1e-176  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.85 
 
 
590 aa  545  1e-154  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  51.45 
 
 
589 aa  547  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  53.31 
 
 
574 aa  548  1e-154  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  52.36 
 
 
587 aa  545  1e-153  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.95 
 
 
589 aa  541  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50 
 
 
590 aa  538  1e-151  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.26 
 
 
588 aa  527  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.38 
 
 
650 aa  524  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.61 
 
 
666 aa  523  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.91 
 
 
683 aa  524  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.38 
 
 
665 aa  521  1e-146  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.23 
 
 
685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.51 
 
 
681 aa  517  1.0000000000000001e-145  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.93 
 
 
685 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.99 
 
 
684 aa  512  1e-144  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.76 
 
 
671 aa  509  1e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.62 
 
 
664 aa  510  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.06 
 
 
638 aa  507  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.63 
 
 
666 aa  508  9.999999999999999e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.39 
 
 
672 aa  503  1e-141  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
659 aa  503  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.39 
 
 
672 aa  504  1e-141  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  49.16 
 
 
602 aa  499  1e-140  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.73 
 
 
602 aa  499  1e-140  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  64.01 
 
 
805 aa  497  1e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.69 
 
 
738 aa  496  1e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.95 
 
 
621 aa  492  9.999999999999999e-139  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.44 
 
 
616 aa  491  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.46 
 
 
621 aa  489  1e-137  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.59 
 
 
624 aa  489  1e-137  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.14 
 
 
707 aa  489  1e-137  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.99 
 
 
667 aa  490  1e-137  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.21 
 
 
619 aa  490  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  47.25 
 
 
613 aa  486  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.18 
 
 
608 aa  488  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.96 
 
 
598 aa  488  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.53 
 
 
621 aa  488  1e-136  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.59 
 
 
631 aa  488  1e-136  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.61 
 
 
610 aa  484  1e-135  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  46.4 
 
 
617 aa  484  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.82 
 
 
623 aa  481  1e-134  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.08 
 
 
611 aa  477  1e-133  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.5 
 
 
599 aa  478  1e-133  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.42 
 
 
647 aa  473  1e-132  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  46.74 
 
 
617 aa  473  1e-132  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.62 
 
 
631 aa  473  1e-132  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  46.03 
 
 
698 aa  469  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  45.47 
 
 
594 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.03 
 
 
698 aa  470  1.0000000000000001e-131  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.02 
 
 
623 aa  463  1e-129  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  45.31 
 
 
783 aa  464  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.15 
 
 
801 aa  462  1e-129  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.02 
 
 
623 aa  462  1e-129  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.9 
 
 
595 aa  465  1e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  44.24 
 
 
611 aa  464  1e-129  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.15 
 
 
797 aa  460  9.999999999999999e-129  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.91 
 
 
781 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  44.61 
 
 
784 aa  454  1.0000000000000001e-126  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.43 
 
 
635 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.29 
 
 
808 aa  452  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.58 
 
 
754 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  41.85 
 
 
622 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  42.09 
 
 
677 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.9 
 
 
736 aa  443  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.07 
 
 
754 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.33 
 
 
656 aa  441  9.999999999999999e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.32 
 
 
683 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.03 
 
 
622 aa  442  9.999999999999999e-123  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.49 
 
 
717 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  76.32 
 
 
685 aa  439  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.22 
 
 
698 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.66 
 
 
702 aa  438  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.94 
 
 
714 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.06 
 
 
702 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.5 
 
 
711 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.55 
 
 
668 aa  437  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.09 
 
 
710 aa  437  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.56 
 
 
666 aa  434  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.67 
 
 
674 aa  433  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  70.31 
 
 
717 aa  434  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.46 
 
 
668 aa  433  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  41.37 
 
 
665 aa  433  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.41 
 
 
664 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.91 
 
 
668 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.88 
 
 
696 aa  429  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.56 
 
 
667 aa  430  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.64 
 
 
664 aa  430  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>