More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1013 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.79 
 
 
577 aa  810    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.44 
 
 
819 aa  641    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.53 
 
 
802 aa  638    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  63.41 
 
 
588 aa  702    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  74.24 
 
 
579 aa  801    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  76.81 
 
 
586 aa  822    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  75.38 
 
 
584 aa  813    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  74.87 
 
 
584 aa  805    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  100 
 
 
586 aa  1161    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.53 
 
 
805 aa  639    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  77.3 
 
 
582 aa  842    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  58.77 
 
 
697 aa  623  1e-177  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.84 
 
 
599 aa  610  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  53.82 
 
 
574 aa  550  1e-155  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  51.67 
 
 
590 aa  541  1e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  51.61 
 
 
589 aa  538  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.58 
 
 
590 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.82 
 
 
650 aa  536  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.86 
 
 
587 aa  534  1e-150  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.27 
 
 
589 aa  529  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  51.53 
 
 
588 aa  527  1e-148  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.63 
 
 
681 aa  525  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.02 
 
 
666 aa  524  1e-147  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.72 
 
 
683 aa  521  1e-147  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.79 
 
 
656 aa  515  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
685 aa  518  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.88 
 
 
666 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.18 
 
 
664 aa  510  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.9 
 
 
665 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.68 
 
 
664 aa  511  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  48.58 
 
 
602 aa  506  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 
638 aa  506  9.999999999999999e-143  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.25 
 
 
738 aa  503  1e-141  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.48 
 
 
666 aa  502  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  64.78 
 
 
805 aa  503  1e-141  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.99 
 
 
602 aa  499  1e-140  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
659 aa  501  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.01 
 
 
631 aa  497  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.01 
 
 
624 aa  497  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.2 
 
 
616 aa  495  1e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.67 
 
 
718 aa  498  1e-139  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.1 
 
 
631 aa  498  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.05 
 
 
644 aa  498  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.17 
 
 
667 aa  498  1e-139  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.36 
 
 
666 aa  498  1e-139  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.62 
 
 
615 aa  497  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.05 
 
 
615 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.76 
 
 
599 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  48.03 
 
 
616 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.05 
 
 
615 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.05 
 
 
615 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.52 
 
 
707 aa  494  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.05 
 
 
615 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.05 
 
 
615 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.18 
 
 
649 aa  495  9.999999999999999e-139  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.02 
 
 
647 aa  490  1e-137  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.14 
 
 
621 aa  489  1e-137  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.35 
 
 
621 aa  491  1e-137  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.2 
 
 
612 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.2 
 
 
612 aa  489  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.37 
 
 
612 aa  491  1e-137  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.71 
 
 
616 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  46.4 
 
 
612 aa  491  1e-137  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.17 
 
 
620 aa  490  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.17 
 
 
620 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.24 
 
 
619 aa  489  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  47.19 
 
 
616 aa  487  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.98 
 
 
621 aa  487  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.66 
 
 
617 aa  488  1e-136  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.85 
 
 
608 aa  487  1e-136  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  47.34 
 
 
656 aa  487  1e-136  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.95 
 
 
612 aa  488  1e-136  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.27 
 
 
610 aa  487  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.96 
 
 
855 aa  488  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.14 
 
 
613 aa  486  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.63 
 
 
598 aa  486  1e-136  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.73 
 
 
611 aa  486  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.97 
 
 
613 aa  483  1e-135  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.03 
 
 
611 aa  484  1e-135  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.48 
 
 
616 aa  484  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.13 
 
 
681 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.13 
 
 
680 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  46.68 
 
 
616 aa  481  1e-134  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.14 
 
 
611 aa  480  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.5 
 
 
683 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  47.21 
 
 
613 aa  481  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.55 
 
 
612 aa  481  1e-134  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.48 
 
 
627 aa  481  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.84 
 
 
619 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.53 
 
 
805 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.53 
 
 
805 aa  481  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  46.68 
 
 
619 aa  479  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>