More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene A2cp1_0758 on replicon NC_011891
Organism: Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  77.31 
 
 
819 aa  1064    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  99.01 
 
 
805 aa  1317    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  96.27 
 
 
805 aa  1338    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.57 
 
 
697 aa  707    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  100 
 
 
802 aa  1575    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.44 
 
 
584 aa  631  1e-179  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.28 
 
 
584 aa  624  1e-177  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.91 
 
 
599 aa  609  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  56.2 
 
 
579 aa  605  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  55.33 
 
 
586 aa  594  1e-168  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.47 
 
 
650 aa  558  1e-157  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.35 
 
 
683 aa  557  1e-157  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.9 
 
 
590 aa  550  1e-155  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  49.21 
 
 
589 aa  551  1e-155  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  52.4 
 
 
574 aa  551  1e-155  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.74 
 
 
738 aa  540  9.999999999999999e-153  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.65 
 
 
696 aa  539  1e-151  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.88 
 
 
588 aa  536  1e-151  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  48.06 
 
 
590 aa  536  1e-151  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.2 
 
 
638 aa  538  1e-151  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  47.78 
 
 
587 aa  530  1e-149  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.99 
 
 
644 aa  530  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.98 
 
 
669 aa  528  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.02 
 
 
656 aa  524  1e-147  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.19 
 
 
674 aa  523  1e-147  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.97 
 
 
649 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.26 
 
 
681 aa  523  1e-147  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.38 
 
 
698 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
685 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.66 
 
 
666 aa  525  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.56 
 
 
685 aa  519  1e-146  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.71 
 
 
685 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.42 
 
 
717 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
668 aa  518  1.0000000000000001e-145  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.02 
 
 
684 aa  519  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.44 
 
 
666 aa  513  1e-144  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.44 
 
 
718 aa  513  1e-144  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.14 
 
 
711 aa  513  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.78 
 
 
665 aa  515  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.75 
 
 
615 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.75 
 
 
615 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.95 
 
 
659 aa  511  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.88 
 
 
717 aa  510  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.75 
 
 
615 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.31 
 
 
707 aa  511  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.75 
 
 
615 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.86 
 
 
667 aa  512  1e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.25 
 
 
616 aa  512  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.89 
 
 
608 aa  511  1e-143  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
664 aa  510  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.75 
 
 
615 aa  509  1e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  47.28 
 
 
617 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.17 
 
 
702 aa  507  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.83 
 
 
672 aa  507  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.29 
 
 
664 aa  506  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.83 
 
 
672 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.91 
 
 
629 aa  506  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.59 
 
 
617 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.41 
 
 
664 aa  507  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.81 
 
 
683 aa  508  9.999999999999999e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 
620 aa  506  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.24 
 
 
702 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.26 
 
 
666 aa  508  9.999999999999999e-143  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 
671 aa  506  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.16 
 
 
710 aa  506  9.999999999999999e-143  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.65 
 
 
615 aa  503  1e-141  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.07 
 
 
627 aa  502  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  48.68 
 
 
616 aa  503  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.51 
 
 
631 aa  502  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.01 
 
 
602 aa  505  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.02 
 
 
624 aa  504  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.74 
 
 
666 aa  505  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.07 
 
 
627 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  46.51 
 
 
602 aa  503  1e-141  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.16 
 
 
631 aa  504  1e-141  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.07 
 
 
627 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.52 
 
 
619 aa  504  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.52 
 
 
619 aa  503  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.07 
 
 
619 aa  503  1e-141  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.67 
 
 
616 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  68.35 
 
 
588 aa  501  1e-140  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.68 
 
 
613 aa  501  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  48.49 
 
 
613 aa  501  1e-140  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.93 
 
 
618 aa  502  1e-140  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  49.77 
 
 
611 aa  501  1e-140  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  46.87 
 
 
620 aa  501  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.11 
 
 
610 aa  501  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.41 
 
 
613 aa  501  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  47.83 
 
 
613 aa  501  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.64 
 
 
647 aa  500  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.68 
 
 
613 aa  498  1e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.18 
 
 
612 aa  497  1e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  45.98 
 
 
594 aa  497  1e-139  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.04 
 
 
598 aa  496  1e-139  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>