More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_4047 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.08 
 
 
577 aa  870    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  58.43 
 
 
697 aa  641    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  85.15 
 
 
584 aa  931    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  66.84 
 
 
588 aa  728    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  81.26 
 
 
579 aa  867    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  85.84 
 
 
584 aa  937    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  57.53 
 
 
805 aa  639    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  74.87 
 
 
586 aa  835    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
586 aa  1157    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  57.53 
 
 
802 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.12 
 
 
819 aa  644    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  77.42 
 
 
582 aa  822    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57.17 
 
 
599 aa  626  1e-178  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  52.36 
 
 
574 aa  558  1e-157  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2052  sigma-70 factor  50.41 
 
 
589 aa  546  1e-154  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0289381  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0494  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.75 
 
 
590 aa  542  1e-153  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00018772 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1370  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.32 
 
 
590 aa  542  1e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.69514  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1085  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.17 
 
 
589 aa  539  9.999999999999999e-153  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  50.6 
 
 
587 aa  536  1e-151  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.59 
 
 
650 aa  537  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.88 
 
 
683 aa  533  1e-150  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.77 
 
 
666 aa  526  1e-148  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.58 
 
 
588 aa  525  1e-147  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.35 
 
 
656 aa  520  1e-146  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.77 
 
 
684 aa  519  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.56 
 
 
666 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.02 
 
 
665 aa  512  1e-144  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  64.73 
 
 
805 aa  514  1e-144  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 
666 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  48.47 
 
 
602 aa  511  1e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.55 
 
 
659 aa  511  1e-143  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  46.27 
 
 
644 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.19 
 
 
667 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2151  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.94 
 
 
738 aa  501  1e-140  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.74 
 
 
610 aa  499  1e-140  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.41 
 
 
602 aa  499  1e-140  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.54 
 
 
624 aa  499  1e-140  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.86 
 
 
616 aa  498  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.54 
 
 
631 aa  498  1e-139  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.85 
 
 
621 aa  496  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.7 
 
 
616 aa  495  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.4 
 
 
657 aa  493  9.999999999999999e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.45 
 
 
707 aa  493  9.999999999999999e-139  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  47.59 
 
 
612 aa  493  9.999999999999999e-139  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.18 
 
 
616 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.17 
 
 
608 aa  489  1e-137  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.02 
 
 
598 aa  489  1e-137  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.3 
 
 
623 aa  489  1e-137  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.05 
 
 
621 aa  487  1e-136  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  47.05 
 
 
621 aa  487  1e-136  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  46.92 
 
 
613 aa  486  1e-136  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 
612 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.86 
 
 
612 aa  481  1e-134  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 
612 aa  479  1e-134  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  47.19 
 
 
594 aa  478  1e-133  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.42 
 
 
595 aa  478  1e-133  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.1 
 
 
746 aa  472  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  46.02 
 
 
614 aa  474  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.38 
 
 
623 aa  466  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.22 
 
 
623 aa  467  9.999999999999999e-131  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.17 
 
 
698 aa  461  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  46.17 
 
 
698 aa  461  9.999999999999999e-129  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.78 
 
 
900 aa  458  1e-127  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.01 
 
 
754 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.83 
 
 
678 aa  455  1.0000000000000001e-126  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  41.18 
 
 
622 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.12 
 
 
622 aa  451  1e-125  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.72 
 
 
698 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.02 
 
 
702 aa  447  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.71 
 
 
714 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.99 
 
 
711 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.73 
 
 
668 aa  443  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.94 
 
 
666 aa  442  1e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.94 
 
 
718 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.44 
 
 
717 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.01 
 
 
674 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.22 
 
 
702 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.44 
 
 
717 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.46 
 
 
710 aa  440  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.84 
 
 
685 aa  437  1e-121  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.03 
 
 
671 aa  438  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.4 
 
 
672 aa  437  1e-121  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.84 
 
 
649 aa  438  1e-121  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.35 
 
 
683 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.24 
 
 
668 aa  437  1e-121  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.72 
 
 
669 aa  437  1e-121  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.4 
 
 
672 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.08 
 
 
638 aa  434  1e-120  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0327  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  44.61 
 
 
590 aa  434  1e-120  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.72 
 
 
667 aa  434  1e-120  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.84 
 
 
668 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.84 
 
 
668 aa  431  1e-119  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  75.09 
 
 
696 aa  431  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.57 
 
 
667 aa  430  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.63 
 
 
664 aa  426  1e-118  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  40.86 
 
 
624 aa  424  1e-117  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  74.26 
 
 
619 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  39.06 
 
 
647 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0905  RNA polymerase sigma factor  42.69 
 
 
571 aa  412  1e-113  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.79 
 
 
640 aa  412  1e-113  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>