More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4595 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 
640 aa  1305    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1626  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  56.63 
 
 
688 aa  603  1.0000000000000001e-171  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0905  RNA polymerase sigma factor  48.33 
 
 
571 aa  474  1e-132  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4296  sigma 38, RpoS  42.5 
 
 
574 aa  423  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.939988  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.72 
 
 
599 aa  414  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.02 
 
 
584 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  42.74 
 
 
584 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.85 
 
 
697 aa  404  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  41.74 
 
 
599 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.83 
 
 
707 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  41.48 
 
 
586 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.74 
 
 
631 aa  395  1e-109  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.72 
 
 
616 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0214  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.92 
 
 
550 aa  397  1e-109  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.855551  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.46 
 
 
624 aa  395  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  40.55 
 
 
616 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.39 
 
 
616 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.94 
 
 
602 aa  389  1e-107  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.94 
 
 
681 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.94 
 
 
680 aa  392  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1530  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.96 
 
 
578 aa  392  1e-107  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.77 
 
 
615 aa  389  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.26 
 
 
588 aa  382  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
736 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
800 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
800 aa  380  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
736 aa  380  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
680 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
680 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.76 
 
 
680 aa  379  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.12 
 
 
736 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.03 
 
 
595 aa  374  1e-102  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.9 
 
 
685 aa  375  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  39.53 
 
 
746 aa  372  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0713  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  49.87 
 
 
417 aa  364  3e-99  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.27 
 
 
717 aa  363  7.0000000000000005e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.27 
 
 
717 aa  362  8e-99  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.5 
 
 
681 aa  361  2e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.5 
 
 
684 aa  361  2e-98  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.31 
 
 
664 aa  361  2e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.67 
 
 
666 aa  360  3e-98  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.91 
 
 
711 aa  360  6e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  63 
 
 
714 aa  359  7e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.91 
 
 
702 aa  359  7e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.91 
 
 
698 aa  359  8e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.91 
 
 
702 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.93 
 
 
666 aa  358  9.999999999999999e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.77 
 
 
667 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.19 
 
 
685 aa  358  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.77 
 
 
668 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12400  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  69.17 
 
 
358 aa  358  1.9999999999999998e-97  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0607  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.14 
 
 
685 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.14 
 
 
685 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.77 
 
 
664 aa  358  1.9999999999999998e-97  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.77 
 
 
668 aa  358  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.28 
 
 
668 aa  358  1.9999999999999998e-97  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.19 
 
 
683 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.02 
 
 
696 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.77 
 
 
668 aa  357  3.9999999999999996e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.77 
 
 
672 aa  357  5e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 
669 aa  356  5.999999999999999e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1135  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.83 
 
 
602 aa  356  5.999999999999999e-97  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00130789  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.38 
 
 
664 aa  356  5.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.77 
 
 
672 aa  356  6.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.9 
 
 
671 aa  356  6.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1113  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.36 
 
 
373 aa  356  6.999999999999999e-97  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000049377  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.05 
 
 
649 aa  356  7.999999999999999e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.7 
 
 
656 aa  355  1e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0624  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.78 
 
 
361 aa  355  1e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00076534  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 
710 aa  355  1e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.15 
 
 
666 aa  355  1e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.15 
 
 
667 aa  355  1e-96  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.15 
 
 
718 aa  355  2e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.76 
 
 
659 aa  354  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.64 
 
 
674 aa  354  2e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 
665 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.41 
 
 
666 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0743  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.81 
 
 
380 aa  354  2.9999999999999997e-96  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000000129687  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1619  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.81 
 
 
368 aa  354  2.9999999999999997e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.0000324281  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2136  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.46 
 
 
587 aa  354  2.9999999999999997e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1653  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.81 
 
 
368 aa  354  2.9999999999999997e-96  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0157  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.5 
 
 
375 aa  353  4e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0895  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.95 
 
 
358 aa  353  4e-96  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000160053  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2414  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.5 
 
 
374 aa  353  7e-96  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000700134  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.27 
 
 
667 aa  353  7e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1127  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.81 
 
 
368 aa  352  1e-95  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  unclonable  0.00000000000620377  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3521  RpoD family RNA polymerase sigma factor  67.23 
 
 
372 aa  352  1e-95  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0582772  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3019  RNA polymerase sigma factor RpoD  67.36 
 
 
373 aa  351  2e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000207905  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.21 
 
 
616 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.93 
 
 
615 aa  352  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.36 
 
 
618 aa  352  2e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.17 
 
 
616 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.17 
 
 
616 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0526  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.2 
 
 
520 aa  351  3e-95  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000172392  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1241  DNA-directed RNA polymerase, sigma subunit (sigma70/sigma32)  66.11 
 
 
432 aa  350  3e-95  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00483871  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4144  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.58 
 
 
375 aa  350  4e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000635558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4372  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.08 
 
 
375 aa  350  4e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000624256  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4409  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.58 
 
 
375 aa  350  4e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000427068  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_491  DNA-directed RNA polymerase sigma subunit (sigma70/sigma32)  43.46 
 
 
520 aa  350  4e-95  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000448627  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4426  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.08 
 
 
375 aa  350  4e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.0000000104378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>