More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3972 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  93.11 
 
 		 698 aa  1237    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.81 
 
 		 666 aa  914    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.63 
 
 		 667 aa  806    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.91 
 
 		 666 aa  872    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.51 
 
 		 672 aa  932    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.18 
 
 		 638 aa  777    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.35 
 
 		 666 aa  962    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.58 
 
 		 683 aa  981    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  87.53 
 
 		 717 aa  1230    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.49 
 
 		 668 aa  799    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.58 
 
 		 665 aa  947    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.44 
 
 		 656 aa  723    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.81 
 
 		 718 aa  915    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.56 
 
 		 696 aa  828    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.26 
 
 		 674 aa  800    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.98 
 
 		 685 aa  945    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.49 
 
 		 668 aa  799    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  96.5 
 
 		 714 aa  1264    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.77 
 
 		 667 aa  788    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.29 
 
 		 668 aa  803    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.56 
 
 		 685 aa  943    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  74.06 
 
 		 649 aa  650    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  87.76 
 
 		 702 aa  1197    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.19 
 
 		 684 aa  934    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.25 
 
 		 659 aa  936    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.84 
 
 		 681 aa  952    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 711 aa  1444    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  88.46 
 
 		 717 aa  1251    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.09 
 
 		 650 aa  804    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.75 
 
 		 664 aa  803    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.61 
 
 		 669 aa  806    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.12 
 
 		 668 aa  913    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  73.1 
 
 		 685 aa  998    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.66 
 
 		 710 aa  817    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  89.34 
 
 		 702 aa  1206    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.51 
 
 		 672 aa  931    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.94 
 
 		 667 aa  914    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  72.95 
 
 		 666 aa  979    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.73 
 
 		 664 aa  833    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.3 
 
 		 664 aa  781    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.55 
 
 		 671 aa  927    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.4 
 
 		 683 aa  578  1.0000000000000001e-163  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.66 
 
 		 622 aa  556  1e-157  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.24 
 
 		 622 aa  552  1e-156  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  46.42 
 
 		 599 aa  526  1e-148  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.48 
 
 		 611 aa  524  1e-147  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2908  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.47 
 
 		 619 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.32821  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2990  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.47 
 
 		 619 aa  514  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0529376  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.29 
 
 		 642 aa  473  1e-132  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.94 
 
 		 618 aa  453  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  57.95 
 
 		 602 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  40 
 
 		 647 aa  455  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.44 
 
 		 624 aa  454  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  66.38 
 
 		 598 aa  454  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.07 
 
 		 620 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.16 
 
 		 619 aa  451  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.46 
 
 		 613 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.46 
 
 		 615 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.86 
 
 		 584 aa  449  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.46 
 
 		 615 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  57 
 
 		 602 aa  447  1.0000000000000001e-124  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.46 
 
 		 615 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.87 
 
 		 707 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.46 
 
 		 615 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  60.86 
 
 		 584 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.68 
 
 		 855 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.07 
 
 		 595 aa  448  1.0000000000000001e-124  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.46 
 
 		 615 aa  449  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.13 
 
 		 631 aa  446  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  58.71 
 
 		 613 aa  448  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.16 
 
 		 755 aa  444  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  63.76 
 
 		 621 aa  442  1e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.94 
 
 		 615 aa  445  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.95 
 
 		 612 aa  443  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.66 
 
 		 612 aa  445  1e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.68 
 
 		 821 aa  444  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.55 
 
 		 829 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.99 
 
 		 586 aa  443  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  58.73 
 
 		 644 aa  445  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  62.01 
 
 		 612 aa  443  1e-123  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.31 
 
 		 621 aa  444  1e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  58.51 
 
 		 631 aa  442  1e-123  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  68.67 
 
 		 618 aa  442  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.66 
 
 		 616 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.57 
 
 		 612 aa  441  9.999999999999999e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.66 
 
 		 616 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.21 
 
 		 623 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  63.76 
 
 		 621 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.75 
 
 		 627 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  39.2 
 
 		 624 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  56.55 
 
 		 611 aa  439  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.66 
 
 		 616 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  61.73 
 
 		 620 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>