More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0979 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.98 
 
 		 665 aa  794    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.48 
 
 		 681 aa  813    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.31 
 
 		 666 aa  759    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.09 
 
 		 666 aa  783    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.04 
 
 		 666 aa  796    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.52 
 
 		 671 aa  798    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.09 
 
 		 649 aa  758    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.08 
 
 		 672 aa  801    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.33 
 
 		 666 aa  771    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.03 
 
 		 684 aa  809    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.98 
 
 		 685 aa  812    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.11 
 
 		 717 aa  799    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.98 
 
 		 685 aa  811    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.55 
 
 		 668 aa  770    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.44 
 
 		 656 aa  808    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.08 
 
 		 672 aa  801    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.75 
 
 		 696 aa  807    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.62 
 
 		 667 aa  769    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.91 
 
 		 664 aa  794    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.29 
 
 		 698 aa  789    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  60 
 
 		 714 aa  784    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.69 
 
 		 667 aa  1039    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.17 
 
 		 668 aa  761    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.33 
 
 		 702 aa  781    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.73 
 
 		 638 aa  784    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.55 
 
 		 711 aa  789    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.37 
 
 		 717 aa  809    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.62 
 
 		 659 aa  782    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  78.8 
 
 		 674 aa  1025    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.49 
 
 		 664 aa  759    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.12 
 
 		 664 aa  784    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 669 aa  1362    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.43 
 
 		 650 aa  805    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.99 
 
 		 668 aa  788    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.55 
 
 		 668 aa  770    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.82 
 
 		 702 aa  787    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.17 
 
 		 710 aa  771    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.24 
 
 		 685 aa  785    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.14 
 
 		 683 aa  768    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.7 
 
 		 667 aa  769    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.48 
 
 		 718 aa  773    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.51 
 
 		 707 aa  571  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.23 
 
 		 683 aa  571  1e-161  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.24 
 
 		 610 aa  542  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.24 
 
 		 598 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  47.63 
 
 		 599 aa  537  1e-151  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.47 
 
 		 621 aa  533  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.29 
 
 		 622 aa  526  1e-148  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0996  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.02 
 
 		 616 aa  525  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0289616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.05 
 
 		 629 aa  528  1e-148  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.24 
 
 		 611 aa  525  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.61 
 
 		 623 aa  524  1e-147  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.87 
 
 		 620 aa  525  1e-147  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.21 
 
 		 623 aa  523  1e-147  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.42 
 
 		 805 aa  523  1e-147  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.86 
 
 		 647 aa  522  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.73 
 
 		 681 aa  522  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.19 
 
 		 622 aa  523  1e-147  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  44.96 
 
 		 644 aa  524  1e-147  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.95 
 
 		 620 aa  525  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.48 
 
 		 612 aa  522  1e-147  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.73 
 
 		 804 aa  522  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.79 
 
 		 616 aa  520  1e-146  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.26 
 
 		 612 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.27 
 
 		 683 aa  518  1e-146  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.26 
 
 		 627 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.58 
 
 		 808 aa  521  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1188  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.26 
 
 		 627 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.438947  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1153  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.1 
 
 		 611 aa  521  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000483168  normal  0.0896301 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.58 
 
 		 680 aa  521  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.1 
 
 		 611 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.04 
 
 		 615 aa  519  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.27 
 
 		 805 aa  519  1e-146  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  45.26 
 
 		 746 aa  517  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.51 
 
 		 754 aa  517  1.0000000000000001e-145  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.14 
 
 		 616 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.99 
 
 		 616 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.31 
 
 		 618 aa  518  1.0000000000000001e-145  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.45 
 
 		 797 aa  517  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  47.26 
 
 		 627 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.3 
 
 		 801 aa  513  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.28 
 
 		 595 aa  514  1e-144  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.19 
 
 		 614 aa  514  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  45.06 
 
 		 754 aa  508  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.25 
 
 		 621 aa  503  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.25 
 
 		 621 aa  502  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.37 
 
 		 698 aa  502  1e-141  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  45.33 
 
 		 784 aa  502  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.52 
 
 		 698 aa  502  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.93 
 
 		 678 aa  497  1e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  46.44 
 
 		 599 aa  498  1e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.38 
 
 		 900 aa  494  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.77 
 
 		 635 aa  489  1e-137  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1558  sigma 70 (RpoD)  44.65 
 
 		 783 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.990853  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7094  sigma 70 (RpoD)  41.27 
 
 		 677 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.678093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  40.3 
 
 		 647 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  43.72 
 
 		 736 aa  463  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.43 
 
 		 642 aa  460  9.999999999999999e-129  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.61 
 
 		 665 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  40.37 
 
 		 624 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>