More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH_0760 on replicon NC_007799
Organism: Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.99 
 
 
642 aa  652    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  96.3 
 
 
622 aa  1224    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
622 aa  1265    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.85 
 
 
668 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.58 
 
 
681 aa  561  1e-158  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.28 
 
 
671 aa  561  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.7 
 
 
659 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.37 
 
 
685 aa  556  1e-157  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.93 
 
 
672 aa  557  1e-157  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.93 
 
 
672 aa  557  1e-157  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.43 
 
 
656 aa  557  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.86 
 
 
666 aa  557  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.78 
 
 
664 aa  553  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.91 
 
 
685 aa  552  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.69 
 
 
696 aa  552  1e-156  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.5 
 
 
684 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.52 
 
 
717 aa  553  1e-156  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.47 
 
 
649 aa  555  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.58 
 
 
666 aa  550  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.21 
 
 
685 aa  548  1e-154  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.92 
 
 
665 aa  547  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.36 
 
 
711 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.93 
 
 
698 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.7 
 
 
666 aa  541  9.999999999999999e-153  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.86 
 
 
683 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.74 
 
 
714 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.83 
 
 
702 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.58 
 
 
702 aa  539  9.999999999999999e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.61 
 
 
718 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.99 
 
 
650 aa  538  1e-151  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.61 
 
 
666 aa  538  1e-151  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.43 
 
 
664 aa  533  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.17 
 
 
667 aa  533  1e-150  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.38 
 
 
668 aa  531  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.2 
 
 
664 aa  530  1e-149  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.91 
 
 
667 aa  525  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.94 
 
 
668 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.94 
 
 
668 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.34 
 
 
638 aa  523  1e-147  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.19 
 
 
669 aa  518  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  49.04 
 
 
710 aa  515  1.0000000000000001e-145  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.93 
 
 
674 aa  515  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.05 
 
 
667 aa  511  1e-143  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.24 
 
 
683 aa  476  1e-133  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.41 
 
 
707 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.47 
 
 
717 aa  453  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  44.21 
 
 
621 aa  452  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  44.05 
 
 
621 aa  449  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.35 
 
 
608 aa  449  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.83 
 
 
602 aa  444  1e-123  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  41.01 
 
 
599 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  41.8 
 
 
697 aa  441  9.999999999999999e-123  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  42.31 
 
 
602 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.38 
 
 
624 aa  436  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.54 
 
 
610 aa  437  1e-121  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  42.14 
 
 
644 aa  437  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.38 
 
 
631 aa  437  1e-121  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  40.93 
 
 
616 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.76 
 
 
615 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.76 
 
 
615 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.76 
 
 
615 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  41.23 
 
 
594 aa  433  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.4 
 
 
615 aa  434  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.69 
 
 
855 aa  434  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.76 
 
 
615 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.65 
 
 
616 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.76 
 
 
615 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.67 
 
 
586 aa  435  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0387  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.65 
 
 
616 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.00859546  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.65 
 
 
616 aa  432  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.92 
 
 
617 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  41.63 
 
 
612 aa  429  1e-119  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.8 
 
 
900 aa  431  1e-119  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.36 
 
 
616 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  42.23 
 
 
611 aa  431  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.06 
 
 
618 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.73 
 
 
611 aa  427  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.5 
 
 
611 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
613 aa  426  1e-118  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  39.88 
 
 
598 aa  428  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.27 
 
 
614 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.54 
 
 
616 aa  426  1e-118  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  41.55 
 
 
613 aa  424  1e-117  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.14 
 
 
620 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.71 
 
 
616 aa  424  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  40.55 
 
 
805 aa  423  1e-117  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.38 
 
 
620 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.75 
 
 
621 aa  423  1e-117  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.34 
 
 
595 aa  424  1e-117  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  40.95 
 
 
617 aa  421  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  40.55 
 
 
802 aa  422  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  41.99 
 
 
736 aa  421  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  40.64 
 
 
623 aa  419  1e-116  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>