More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jann_3450 on replicon NC_007802
Organism: Jannaschia sp. CCS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.06 
 
 		 685 aa  840    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.28 
 
 		 666 aa  815    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.27 
 
 		 672 aa  827    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.38 
 
 		 638 aa  759    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.08 
 
 		 702 aa  810    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.69 
 
 		 674 aa  777    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.55 
 
 		 666 aa  818    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.93 
 
 		 685 aa  827    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.09 
 
 		 668 aa  1041    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.09 
 
 		 668 aa  1041    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.82 
 
 		 656 aa  845    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.06 
 
 		 718 aa  791    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  65.27 
 
 		 672 aa  827    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.57 
 
 		 696 aa  805    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.06 
 
 		 666 aa  791    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.93 
 
 		 685 aa  826    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 		 714 aa  803    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.52 
 
 		 667 aa  751    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 668 aa  1357    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.87 
 
 		 702 aa  806    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.17 
 
 		 711 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.41 
 
 		 717 aa  833    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.6 
 
 		 659 aa  803    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.5 
 
 		 667 aa  795    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  83.61 
 
 		 664 aa  1085    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.94 
 
 		 669 aa  782    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.59 
 
 		 668 aa  801    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.77 
 
 		 671 aa  831    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.61 
 
 		 710 aa  786    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.61 
 
 		 698 aa  809    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  82.96 
 
 		 667 aa  1056    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 681 aa  823    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.8 
 
 		 684 aa  816    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.56 
 
 		 665 aa  813    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.28 
 
 		 683 aa  821    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.97 
 
 		 650 aa  778    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  85.41 
 
 		 664 aa  1098    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.02 
 
 		 649 aa  781    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  81.13 
 
 		 664 aa  1031    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.68 
 
 		 666 aa  795    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  71.33 
 
 		 717 aa  629  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  48.16 
 
 		 683 aa  587  1e-166  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.26 
 
 		 622 aa  551  1e-155  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.68 
 
 		 622 aa  547  1e-154  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.09 
 
 		 707 aa  535  1e-150  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  46.68 
 
 		 602 aa  528  1e-148  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.02 
 
 		 610 aa  526  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 615 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 615 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 615 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 615 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.16 
 
 		 598 aa  519  1e-146  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.94 
 
 		 615 aa  520  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  48.23 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.23 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.23 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.93 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.93 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.63 
 
 		 608 aa  517  1.0000000000000001e-145  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.93 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  46.85 
 
 		 617 aa  517  1.0000000000000001e-145  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.87 
 
 		 621 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.93 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  48.23 
 
 		 613 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48 
 
 		 613 aa  514  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.88 
 
 		 621 aa  510  1e-143  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  46.88 
 
 		 621 aa  509  1e-143  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  47.17 
 
 		 616 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.17 
 
 		 616 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.73 
 
 		 623 aa  500  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.88 
 
 		 623 aa  500  1e-140  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.48 
 
 		 698 aa  488  1e-136  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  45.48 
 
 		 698 aa  488  1e-136  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.28 
 
 		 642 aa  484  1e-135  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.98 
 
 		 754 aa  478  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  42.77 
 
 		 587 aa  458  1e-127  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61.58 
 
 		 602 aa  452  1.0000000000000001e-126  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  60.36 
 
 		 619 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  62.53 
 
 		 620 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.26 
 
 		 612 aa  446  1.0000000000000001e-124  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  40.72 
 
 		 665 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  55.05 
 
 		 584 aa  443  1e-123  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  62.36 
 
 		 616 aa  443  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0553  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.98 
 
 		 612 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000359129  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0634  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.98 
 
 		 612 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0230181  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  40.06 
 
 		 647 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0976  sigma 70 (RpoD)  58.85 
 
 		 614 aa  442  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.741163  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  69.38 
 
 		 611 aa  442  1e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.36 
 
 		 616 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.22 
 
 		 612 aa  441  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.94 
 
 		 611 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.53 
 
 		 620 aa  441  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  67.5 
 
 		 599 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.81 
 
 		 612 aa  442  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  39.7 
 
 		 624 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.74 
 
 		 611 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3489  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.26 
 
 		 611 aa  439  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0495804  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  54.09 
 
 		 584 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3087  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  62.09 
 
 		 619 aa  442  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0259525  hitchhiker  0.0013173 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.43 
 
 		 647 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>