More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmar10_2129 on replicon NC_008347
Organism: Maricaulis maris MCS10



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 659 aa  837    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.67 
 
 		 674 aa  782    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.92 
 
 		 702 aa  829    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.06 
 
 		 683 aa  823    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.68 
 
 		 667 aa  790    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.95 
 
 		 672 aa  840    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.55 
 
 		 684 aa  848    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.58 
 
 		 698 aa  827    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  66.14 
 
 		 649 aa  889    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.08 
 
 		 717 aa  832    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.81 
 
 		 672 aa  838    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.68 
 
 		 668 aa  780    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.86 
 
 		 685 aa  858    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.46 
 
 		 718 aa  830    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.09 
 
 		 671 aa  835    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.67 
 
 		 696 aa  796    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.64 
 
 		 714 aa  826    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.45 
 
 		 667 aa  771    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.86 
 
 		 668 aa  781    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  65 
 
 		 685 aa  860    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.52 
 
 		 702 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.57 
 
 		 665 aa  843    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.21 
 
 		 711 aa  825    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.87 
 
 		 685 aa  842    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.49 
 
 		 717 aa  844    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.07 
 
 		 681 aa  868    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.46 
 
 		 667 aa  827    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.58 
 
 		 664 aa  803    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.92 
 
 		 669 aa  806    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.82 
 
 		 668 aa  828    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.94 
 
 		 666 aa  838    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.32 
 
 		 656 aa  857    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.94 
 
 		 650 aa  758    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 710 aa  1440    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.53 
 
 		 638 aa  734    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.31 
 
 		 666 aa  804    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.91 
 
 		 666 aa  856    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.68 
 
 		 668 aa  780    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.37 
 
 		 664 aa  767    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.73 
 
 		 664 aa  815    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.75 
 
 		 666 aa  830    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  45.09 
 
 		 622 aa  547  1e-154  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.12 
 
 		 622 aa  540  9.999999999999999e-153  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.51 
 
 		 707 aa  535  1e-150  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.75 
 
 		 610 aa  526  1e-148  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  44.57 
 
 		 698 aa  499  1e-140  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.52 
 
 		 623 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1604  RpoD family RNA polymerase sigma factor  45.48 
 
 		 736 aa  501  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.362235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.57 
 
 		 698 aa  499  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.04 
 
 		 642 aa  497  1e-139  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.94 
 
 		 623 aa  498  1e-139  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.97 
 
 		 595 aa  489  1e-137  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  60.64 
 
 		 602 aa  468  9.999999999999999e-131  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  58.51 
 
 		 683 aa  466  9.999999999999999e-131  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  57.92 
 
 		 644 aa  464  1e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  57.41 
 
 		 754 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  40.23 
 
 		 624 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.04 
 
 		 783 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.37 
 
 		 808 aa  457  1e-127  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.45 
 
 		 624 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.68 
 
 		 821 aa  458  1e-127  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.45 
 
 		 631 aa  457  1e-127  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.68 
 
 		 829 aa  458  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  58.99 
 
 		 599 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.96 
 
 		 804 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  67.99 
 
 		 598 aa  455  1.0000000000000001e-126  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  56.24 
 
 		 746 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.14 
 
 		 755 aa  451  1e-125  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  63.36 
 
 		 616 aa  450  1e-125  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  56.13 
 
 		 797 aa  452  1e-125  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  62.37 
 
 		 620 aa  452  1e-125  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  56.6 
 
 		 781 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.4 
 
 		 611 aa  449  1e-125  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  40.88 
 
 		 647 aa  450  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.4 
 
 		 612 aa  449  1e-125  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  63.09 
 
 		 616 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.9 
 
 		 801 aa  448  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  61.25 
 
 		 666 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.77 
 
 		 615 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  55.99 
 
 		 754 aa  448  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3370  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.4 
 
 		 612 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.264997  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.77 
 
 		 615 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  58.97 
 
 		 612 aa  449  1.0000000000000001e-124  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.77 
 
 		 615 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.77 
 
 		 615 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  68.77 
 
 		 615 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1104  RpoD family RNA polymerase sigma factor  68.99 
 
 		 616 aa  444  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0640269  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  59.59 
 
 		 802 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0421  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.15 
 
 		 616 aa  445  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0853887  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1284  RNA polymerase sigma-70 factor  68.99 
 
 		 616 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  59.78 
 
 		 584 aa  442  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  69.18 
 
 		 612 aa  444  1e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.21 
 
 		 657 aa  445  1e-123  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  62.36 
 
 		 656 aa  446  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  64.53 
 
 		 615 aa  445  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.15 
 
 		 616 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  59.34 
 
 		 805 aa  442  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  59.59 
 
 		 805 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  69.09 
 
 		 631 aa  445  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  59.95 
 
 		 618 aa  444  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>