More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene WD1298 on replicon NC_002978
Organism: Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
642 aa  1290    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  54.78 
 
 
622 aa  669    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.07 
 
 
622 aa  664    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.38 
 
 
664 aa  499  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 
684 aa  499  1e-140  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.81 
 
 
666 aa  499  1e-140  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.59 
 
 
685 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.59 
 
 
685 aa  498  1e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.6 
 
 
681 aa  498  1e-139  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.88 
 
 
671 aa  494  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.59 
 
 
696 aa  491  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.53 
 
 
656 aa  491  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.24 
 
 
649 aa  489  1e-137  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.44 
 
 
665 aa  488  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.8 
 
 
685 aa  488  1e-136  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.81 
 
 
672 aa  486  1e-136  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 
672 aa  488  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.63 
 
 
668 aa  483  1e-135  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.86 
 
 
659 aa  480  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.74 
 
 
666 aa  481  1e-134  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.18 
 
 
710 aa  479  1e-134  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.23 
 
 
717 aa  476  1e-133  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.45 
 
 
698 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.62 
 
 
664 aa  477  1e-133  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.31 
 
 
666 aa  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.31 
 
 
718 aa  474  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.3 
 
 
668 aa  475  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.61 
 
 
702 aa  472  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.25 
 
 
667 aa  474  1e-132  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.55 
 
 
664 aa  475  1e-132  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.83 
 
 
668 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.45 
 
 
666 aa  472  1.0000000000000001e-131  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.8 
 
 
667 aa  469  1.0000000000000001e-131  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.47 
 
 
674 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.83 
 
 
711 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.09 
 
 
683 aa  471  1.0000000000000001e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.83 
 
 
668 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.16 
 
 
702 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.46 
 
 
667 aa  469  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.66 
 
 
714 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.77 
 
 
650 aa  468  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.09 
 
 
669 aa  464  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.62 
 
 
638 aa  432  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.22 
 
 
707 aa  404  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  37.27 
 
 
594 aa  384  1e-105  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.44 
 
 
608 aa  385  1e-105  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.34 
 
 
717 aa  382  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.66 
 
 
602 aa  377  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0658  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.48 
 
 
618 aa  374  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.271928  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0418  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.9 
 
 
616 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.24 
 
 
587 aa  369  1e-100  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.45 
 
 
595 aa  369  1e-100  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.01 
 
 
598 aa  368  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.96 
 
 
616 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  37.67 
 
 
616 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  37.71 
 
 
621 aa  364  3e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.36 
 
 
616 aa  364  3e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  38.01 
 
 
698 aa  364  3e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  37.22 
 
 
621 aa  363  5.0000000000000005e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.01 
 
 
698 aa  363  5.0000000000000005e-99  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  34.45 
 
 
624 aa  360  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.23 
 
 
623 aa  360  6e-98  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.23 
 
 
623 aa  358  1.9999999999999998e-97  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  35.09 
 
 
665 aa  350  4e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0312  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.45 
 
 
620 aa  343  4e-93  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  60.47 
 
 
697 aa  340  5e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  61 
 
 
683 aa  340  5.9999999999999996e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  61.81 
 
 
599 aa  335  1e-90  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.47 
 
 
577 aa  334  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  62.35 
 
 
586 aa  334  3e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  59.46 
 
 
602 aa  333  5e-90  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  61.6 
 
 
588 aa  333  5e-90  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.23 
 
 
620 aa  333  8e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD-like  60.08 
 
 
579 aa  333  8e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309099  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  60.23 
 
 
620 aa  332  9e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02937  RNA polymerase sigma factor  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00570536  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3360  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0343174  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0632  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0281134  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  57.55 
 
 
611 aa  332  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3502  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00613431  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3248  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0316286  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3532  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000451825  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02887  hypothetical protein  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00855324  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4380  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.69 
 
 
613 aa  332  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00205022  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  61.94 
 
 
584 aa  332  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3397  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
615 aa  332  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000443649  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  56.85 
 
 
802 aa  332  2e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
615 aa  332  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3465  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
615 aa  332  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268708  hitchhiker  0.00491171 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  56.85 
 
 
805 aa  332  2e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3694  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  61.94 
 
 
584 aa  331  2e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3471  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
615 aa  332  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3567  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
615 aa  332  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.942992  normal  0.234837 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  56.85 
 
 
805 aa  331  3e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  59.69 
 
 
629 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0548  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
612 aa  330  6e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128359  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  56.34 
 
 
611 aa  330  6e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  60.78 
 
 
586 aa  330  6e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0633  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  56.34 
 
 
613 aa  329  8e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000780039  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  63.87 
 
 
599 aa  329  8e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>