More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene NSE_0312 on replicon NC_007798
Organism: Neorickettsia sennetsu str. Miyayama



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007798  NSE_0312  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 
620 aa  1256    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0315  RNA polymerase sigma factor rpoD  39.14 
 
 
622 aa  409  1e-113  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0760  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.48 
 
 
622 aa  410  1e-113  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.856067  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.15 
 
 
656 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.31 
 
 
672 aa  360  3e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3036  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.14 
 
 
650 aa  361  3e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.672133  normal  0.0730738 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.31 
 
 
672 aa  360  4e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.13 
 
 
671 aa  360  6e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.8 
 
 
669 aa  356  5e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.18 
 
 
666 aa  354  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0183053  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.83 
 
 
685 aa  352  8e-96  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7520  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.39 
 
 
665 aa  351  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2261  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.5 
 
 
664 aa  351  2e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.435799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.47 
 
 
659 aa  350  3e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4265  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.58 
 
 
649 aa  350  5e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.914604  normal  0.695759 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.55 
 
 
702 aa  348  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2141  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.32 
 
 
664 aa  345  1e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.320176  normal  0.578732 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.48 
 
 
683 aa  345  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.75 
 
 
598 aa  345  2e-93  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.27 
 
 
685 aa  342  9e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.27 
 
 
685 aa  342  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.36 
 
 
698 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.49 
 
 
666 aa  340  4e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.67 
 
 
711 aa  340  5.9999999999999996e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  36.42 
 
 
608 aa  339  7e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  36.45 
 
 
602 aa  339  9.999999999999999e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1212  RpoD family RNA polymerase sigma factor  37.81 
 
 
599 aa  339  9.999999999999999e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.389301 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.92 
 
 
707 aa  338  1.9999999999999998e-91  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2129  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.65 
 
 
710 aa  338  1.9999999999999998e-91  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.22382 
 
 
-
 
NC_002978  WD1298  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.54 
 
 
642 aa  337  2.9999999999999997e-91  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.902939  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1041  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  37.33 
 
 
612 aa  337  2.9999999999999997e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.28445  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1465  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.15 
 
 
668 aa  337  3.9999999999999995e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  35.78 
 
 
644 aa  335  1e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.95 
 
 
684 aa  335  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  37.56 
 
 
638 aa  334  3e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.53 
 
 
718 aa  331  2e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.53 
 
 
666 aa  331  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3473  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.94 
 
 
631 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0442977  normal  0.143212 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2457  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  37.54 
 
 
588 aa  331  3e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.36607  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.63 
 
 
667 aa  330  4e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4334  RNA polymerase sigma-70 factor  35 
 
 
616 aa  328  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0537  RNA polymerase sigma-70 factor  36.98 
 
 
616 aa  329  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.67 
 
 
616 aa  327  6e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.5 
 
 
624 aa  325  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.5 
 
 
631 aa  325  2e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  35.81 
 
 
612 aa  325  2e-87  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  35.57 
 
 
599 aa  323  8e-87  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1894  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  38.02 
 
 
587 aa  322  9.999999999999999e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0780433  normal  0.0147198 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2485  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.37 
 
 
801 aa  320  3.9999999999999996e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.187412  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  36.96 
 
 
594 aa  320  5e-86  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5045  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  34.94 
 
 
808 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.420321  normal  0.303158 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.58 
 
 
797 aa  319  1e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.41 
 
 
900 aa  318  2e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3097  sigma 70 (RpoD)  35.17 
 
 
784 aa  315  9.999999999999999e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.884131  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3789  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  36.74 
 
 
584 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1406  RpoD family RNA polymerase sigma factor  34.21 
 
 
781 aa  315  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.95 
 
 
754 aa  314  2.9999999999999996e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  35.5 
 
 
698 aa  313  6.999999999999999e-84  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.5 
 
 
698 aa  313  6.999999999999999e-84  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  34.79 
 
 
697 aa  310  4e-83  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.38 
 
 
621 aa  309  1.0000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.64 
 
 
678 aa  308  2.0000000000000002e-82  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  34.78 
 
 
746 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  35.69 
 
 
640 aa  306  5.0000000000000004e-82  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2058  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.8 
 
 
635 aa  305  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.704789  normal  0.0381419 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.79 
 
 
717 aa  304  3.0000000000000004e-81  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  45.1 
 
 
717 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.27 
 
 
681 aa  303  9e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  32.3 
 
 
624 aa  302  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.72 
 
 
714 aa  302  1e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2882  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.27 
 
 
696 aa  302  2e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129916  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  58.62 
 
 
702 aa  300  5e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3450  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.7 
 
 
668 aa  299  1e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.472971  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2235  RNA polymerase sigma factor RpoD  57.47 
 
 
667 aa  298  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.63 
 
 
674 aa  298  3e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.45 
 
 
667 aa  297  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0395  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.45 
 
 
668 aa  298  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2049  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.45 
 
 
668 aa  298  3e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.176039  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  55.84 
 
 
666 aa  298  3e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  54.45 
 
 
664 aa  296  7e-79  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  54.61 
 
 
621 aa  296  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  54.61 
 
 
621 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  53.5 
 
 
602 aa  293  6e-78  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  51.75 
 
 
586 aa  293  7e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3089  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.02 
 
 
577 aa  292  1e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3049  RpoD family RNA polymerase sigma factor  51.35 
 
 
582 aa  292  1e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000323778  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0303  RNA polymerase sigma factor RpoD  51.16 
 
 
612 aa  291  2e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000283425  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  53.45 
 
 
683 aa  291  2e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  53.22 
 
 
819 aa  290  6e-77  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.023937  normal  0.967295 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.31 
 
 
624 aa  290  6e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  53.22 
 
 
802 aa  290  7e-77  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  51.01 
 
 
611 aa  290  7e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2678  RNA polymerase, sigma(70) factor  50.17 
 
 
588 aa  290  7e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0758  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  53.22 
 
 
805 aa  290  8e-77  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4047  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.87 
 
 
586 aa  290  8e-77  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000898252  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  52.96 
 
 
618 aa  290  8e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4300  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.83 
 
 
647 aa  288  1e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0721  sigma 70 (RpoD)  53.22 
 
 
805 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.473729  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3401  RNA polymerase sigma factor RpoD  50.5 
 
 
615 aa  289  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  53.66 
 
 
623 aa  289  1e-76  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>